化学開発キット
化学開発キット
原作者クリストフ・スタインベック、エゴン・ウィリハーゲン、ダン・ゲゼルター
開発者CDKプロジェクト
初回リリース2001年5月11日[ 1 ] （2001年5月11日）
安定版リリース2.11 [ 2 ] (2025年3月29日) [±] （2025年3月29日）
プレビューリリース2.2 [ 3 ]（2018年10月30日）[±] ( 2018-10-30 )
リポジトリgithub .com /cdk /cdk
書かれたジャワ
オペレーティング·システムWindows、Linux、Unix、macOS
プラットフォームIA-32、x86-64
入手可能な英語
タイプケモインフォマティクス、分子モデリング、バイオインフォマティクス
ライセンスLGPL 2.0
Webサイトcdk .github .io

化学開発キット（CDK ）は、化学情報科学および生命情報科学のためのコンピュータソフトウェアであり、プログラミング言語Javaで書かれたライブラリです。[ 4 ] [ 5 ] Windows、Linux、Unix、macOSで利用可能です。GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0 に基づいて配布される無料のオープンソースソフトウェアです。

歴史

CDKは、共通コードベースを提供するために、当時JmolとJChemPaintの開発者であったChristoph Steinbeck、Egon Willighagen、Dan Gezelterによって、 2000年9月27日から29日にノートルダム大学で作成されました。最初のソースコードリリースは2011年5月11日に行われました。[ 6 ]それ以来、100人以上がプロジェクトに貢献し、[ 7 ]以下に示すように、豊富な機能セットにつながっています。2004年から2007年の間、CDK Newsはプロジェクトのニュースレターであり、そのすべての記事はパブリックアーカイブから入手できます。[ 8 ]貢献率が不安定だったため、ニュースレターは保留されました。

CDKニュース
言語英語
編集者エゴン・ヴィリガーゲン、クリストフ・スタインベック
出版の詳細
歴史2004-2007
標準的な略語ISO 4 ( alt )  · Bluebook ( alt ) NLM ( alt )  · MathSciNet ( alt有料サブスクリプションが必要です )
ISO 4CDKニュース
インデックス作成CODEN ( alt  · alt2 )  · JSTOR ( alt )  · LCCN ( alt ) MIAR  · NLM ( alt )  · Scopus  · W&L
ISSN1614-7553

その後、ユニットテスト、コード品質チェック、Javadocによる検証が導入されました。Rajarshi GuhaはNightlyというナイトリービルドシステムを開発し、現在もウプサラ大学で運用されています。[ 9 ] 2012年、このプロジェクトは継続的な開発を促進するため、 InChI Trustの支援を受けました。ライブラリはJNI-InChI [ 10 ]を使用して国際化学物質識別子（InChI）を生成します。[ 11 ] 2013年4月、John Mayfield（旧姓May）がCDKのリリースマネージャーに加わり、開発ブランチを担当することになりました。[ 12 ]

図書館

CDKはユーザープログラムではなくライブラリです。しかし、その機能を利用するために様々な環境に統合されています。CDKは現在、プログラミング言語R [ 13 ]、CDK-Taverna（Tavernaワークベンチプラグイン）[ 14 ] 、 Bioclipse、PaDEL [ 15 ]、Cinfony [ 16 ]など、様々なアプリケーションで使用されています。また、Konstanz Information Miner（ KNIME）[ 17 ]やExcel用のCDK拡張機能（LICSS [1] ）も存在します。[ 18 ]

2008年、GPLライセンスのコードの一部がライブラリから削除されました。これらのコードはメインのCDKライブラリとは独立しており、コピーレフト化も行われていませんでしたが、ユーザー間の混乱を軽減するため、ChemoJavaプロジェクトが立ち上げられました。[ 19 ]

主な特徴

ケモインフォマティクス

バイオインフォマティクス

  • タンパク質活性部位検出
  • 同族リガンド検出[ 25 ]
  • 代謝物の同定[ 26 ]
  • パスウェイデータベース
  • 2Dおよび3Dタンパク質記述子[ 27 ]

一般的な

参照

ロゴ
Scholia には、Chemistry Development Kitのトピックプロファイルがあります。

参考文献

  1. ^ 「The Chemistry Development Kit - SourceForge.net で /OldFiles を参照」。
  2. ^ "cdk/cdk: CDK 2.11".ゼノド。 2025年3月29日。土井：10.5281/zenodo.15105090。
  3. ^ジョン・メイフィールド;ウィリハーゲン、エゴン。氏原和也；ラーマン、サイード・アサド。アルヴァルソン、ジョナサン。グラジュリス、サウリウス。シズ、ダニエル。ウィリアムソン、マーク・J。コチェフ、ニコライ。イェリアスコワ、ニーナ。バッハ、エリック。バーグ、アルビッド。クラーク、アレックス。ステファン、ラルフ。ウェンク、マイケル。ステューカー、オリバー。クラス・ヨンソン。ライル州バーグーン;カツボ、ドミトリー。ケーラー、ウリ。サイラス、ハーモン（2018年10月30日）。 「CDK/CDK：CDK 2.2」。ゼノド。土井：10.5281/zenodo.1474247。
  4. ^ Steinbeck, C.; Han, YQ; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, EL (2003). 「The Chemistry Development Kit (CDK): 化学情報・バイオインフォマティクスのためのオープンソースJavaライブラリ」 . Journal of Chemical Information and Computer Sciences . 43 (2): 493– 500. doi : 10.1021/ ci025584y . PMC 4901983. PMID 12653513 .  
  5. ^ Willighagen, Egon L.; Mayfield, John W.; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomáš; Rojas-Chertó, Miquel (2017-06-06). 「The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom types, drawing, molecular formulas, and substructure search」 . Journal of Cheminformatics . 9 (1): 33. doi : 10.1186/ s13321-017-0220-4 . ISSN 1758-2946 . PMC 5461230. PMID 29086040 .   
  6. ^ 「The Chemistry Development Kit - SourceForge.net で /OldFiles を参照」。
  7. ^ 「The Chemistry Development Kit (CDK)」 . GitHub . 2021年10月12日.
  8. ^ 「The Chemistry Development Kit - SourceForge.net で /CDK ニュースを参照」。
  9. ^ “CDK 1.5.x ナイトリービルド - 2013-05-10 (21:21) [コミット 2abcb5d61304e58d55ea26a23ebd0d375deea36d]” . 2013年5月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年8月5日閲覧。
  10. ^ 「ホーム」 . jni-inchi.sourceforge.net .
  11. ^ Spjuth, O.; Berg, A.; Adams, S.; Willighagen, EL (2013). 「CDKとBioclipseを用いたケミインフォマティクスにおけるInChIの応用」 . Journal of Cheminformatics . 5 (1): 14. doi : 10.1186/1758-2946-5-14 . PMC 3674901. PMID 23497723 .  
  12. ^ 「John May が CDK 1.5.x のリリース マネージャーになりました」。
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  26. ^ Rojas-Cherto, M.; Kasper, PT; Willighagen, EL; Vreeken, RJ; Hankemeier, T.; Reijmers, TH (2011). 「MSnに基づく元素組成測定」 .バイオインフォマティクス. 27 (17): 2376– 2383. doi : 10.1093/bioinformatics/btr409 . PMID 21757467 . 
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