無料でアクセスできる生物医学ジャーナル記事のリポジトリ

PubMedセントラル
プロデューサー米国国立医学図書館（米国）
歴史2000年～現在
アクセス
料金無料
カバレッジ
分野薬
記録深度索引、抄録、全文
フォーマットカバレッジジャーナル記事
レコード数10,800,000 ウィキデータで編集する
リンク
Webサイトpmc .ncbi .nlm .nih .gov
タイトルリストpmc .ncbi .nlm .nih .gov /ジャーナル/

PubMed Central（PMC）は、生物医学および生命科学のジャーナルに掲載されたオープンアクセスの全文学術論文をアーカイブする無料のデジタルリポジトリです。国立生物工学情報センター（NCBI）が開発した主要な研究データベースの1つであるPubMed Centralは、単なる文書リポジトリではありません。PMCに投稿された論文は、拡張メタデータ、医療オントロジー、および一意の識別子用にインデックス付けおよびフォーマットされ、各論文のXML構造化データを充実させます。 [ 1 ] PMC内のコンテンツは、他のNCBIデータベースにリンクされ、Entrez検索および取得システムを介してアクセスできるため、一般の人々が生物医学知識を発見し、読み、構築する能力がさらに強化されます。[ 2 ]

PubMed CentralはPubMedとは異なります。[ 3 ] PubMed Centralは論文全文を無料でデジタルアーカイブ化したサービスで、ウェブブラウザを介して誰でもどこからでもアクセスできます（再利用に関する規定は異なります）。一方、PubMedは生物医学分野の引用文献と抄録を検索できるデータベースですが、論文全文は別の場所（印刷版またはオンライン版、無料または有料購読）に保存されています。

歴史

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PubMed CentralはE-biomedとして始まり、1999年5月に当時のNIH所長 ハロルド・ヴァーマスによって提案されました。[ 4 ]このアイデアは1998年12月に「突然」思いつきました。スタンフォード大学のパット・ブラウンとNCBI所長デビッド・リップマンのプレゼンテーションの後、プレプリントのためのarXivの初期の使用に触発されたのです。[ 5 ] [ 6 ]

しかし、1998年12月のある朝、サンフランシスコを訪れていた際に、パット・ブラウンとコーヒーを飲みにいった時、私の視野は一気に広がりました。コール通りとパルナサス通りの角にあった、かつて名店だったタッサジャラ・ベーカリーだったカフェです。[...] コーヒーを飲む数週間前、パットはロスアラモス大学の物理学者ポール・ギンスパーグとその同僚たちが、物理学者と数学者がインターネット上で研究成果を共有するために使っている手法について知りました。彼らは「プレプリント」（まだ投稿も出版もされていない論文）を、誰でも閲覧・批評できるウェブサイト（LanXまたはarXivと呼ばれる）に投稿していました。[...] このことについて考えれば考えるほど、生物医学研究報告の出版、伝達、保存、そして利用方法を根本的に再構築することが可能であり、かつ有益であるという確信が深まりました。私は熱意と政治的純真さから、E-biomed と呼ばれる NIH 支援のオンライン システムの創設を提案する長い宣言文を書きました。

E-biomedの目標は、あらゆる生物医学研究への無料アクセスを提供することでした。E-biomedに投稿された論文は、プレプリントとして即時公開されるか、従来の査読プロセスを経るかの2つのルートで公開されました。査読プロセスは、現代のオーバーレイジャーナルに類似したもので、外部編集委員会が論文の査読、キュレーション、掲載プロセスを管理し、本来であればE-biomedの中央サーバー上で無料公開される論文は、外部編集委員会によって管理されることになります。ヴァーマスは、科学的成果をデジタルで伝達することでもたらされる新たな可能性、つまり、出版された論文に関する継続的な会話、バージョン管理された文書、そして複数のレベルの詳細を可能にする充実した「階層化」フォーマットを実現しようとしました。[ 4 ]

生物医学研究の中央索引を作成するという提案は、当時の出版慣行から大きく逸脱するものでした。インターネットが登場する以前は、出版物の索引は主にISBNのように、登録機関が二次出版社に割り当てるものでした。誰もがドメイン名を通じて独自のアドレス空間を所有し、独自の索引システムを作成できるという考え方は、全く新しいものでした。 [ 7 ] [ 8 ]大手商業出版社は、1993年には既に出版社間で共有される科学論文の索引システムの実験を始めており、E-biomed提案を受けて行動を促されました。1999年10月のSTM年次フランクフルト会議では、シュプリンガー・フェアラークを筆頭とする複数の出版社が、会議室で急遽、競合のプロトタイプを発表することで合意しました。[ 9 ]

10月11日（月）午後、フェア開催日（水）に先立って開催されたSTM協会の理事会では、1999年春に米国国立衛生研究所（NIH）のハロルド・ヴァーマス氏が提案した、米国国立医学図書館（NLM）の新たな取り組みであるE-Biomed（後のPubMed Central）について議論が交わされました。ヴァーマス氏は、無料でアクセスでき、参考文献へのリンクという付加価値を備えたジャーナルのデジタルアーカイブを構想していました。「リンク付けは出版社が行うべきだというのが私たちのコンセンサスでした」と、議長を務めたボブ・キャンベル氏は述べました。「いわば私たちは『上流』にいるのですから、論文制作プロセスの一環として、NLMよりも先に論文へのリンク付けができるはずです。そこで、シュテファン・フォン・ホルツブリンク氏が、Natureの出版物を他のどの出版物ともリンク付けできると申し出ることで、この流れが動き始めました。私たちは、STMにおける広範な参考文献リンク付けの取り組みを発表することを決定しました。もちろん、計画もプロトタイプもなかったため、これはあくまで戦略的な動きに過ぎませんでした。」

シュプリンガー・フェアラーク社のアルヌー・デ・ケンプ率いる小グループは、理事会直後に隣の部屋に集まり、発表の草案を作成しました。この草案は翌日のSTM年次総会の出席者全員に配布され、STM会員向けの出版物にも掲載されました。[...] 後にCrossRefとなるサービスの潜在的なメリットはすぐに明らかになりました。AIPやIOP（物理学会）といった組織は既に互いの出版物へのリンクを開始しており、このような単発的な取り決めを業界全体に再現することは不可能であることは明白でした。ティム・インゴルズビーが後に述べたように、「こうしたリンク協定は、私たちを破滅させるだろうと思われていた」のです。

利益の損失を懸念する商業出版社や科学学会からの激しいロビー活動の圧力を受け、[ 10 ] NIH職員は1999年8月にPubMed Centralの改訂案を発表した。[ 5 ] PMCは、E-biomedのように著者からではなく、出版社から投稿を受け付けるようになった。出版物には最長1年間の期限付き有料購読が認められた。PMCは査読済み論文のみを許可し、プレプリントは認めなかった。[ 11 ]当時は名前が付けられていなかった出版社主導のリンクシステムは、その後まもなくCrossRefとより大規模なDOIシステムへと発展した。ヴァーマス、ブラウン、そしてマイケル・アイゼンらは2001年にPublic Library of Science ( PLoS )を設立し、「科学研究の出版を真に変えたいのであれば、出版は自分たちで行わなければならない」という結論に達した。[ 12 ]

採択

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参照: NIHパブリックアクセスポリシー

2000年2月に開設されたこのリポジトリは、NIHパブリックアクセスポリシーが米国国立衛生研究所（NIH）の資金提供を受けたすべての研究に誰でも自由にアクセスできるようにすることを目的としているため、急速に成長しました。また、多くの出版社がNIHと協力して作品への無料アクセスを提供しています。[要出典] 2007年後半には、2008年統合歳出法（HR 2764）が成立し、NIHにポリシーを修正し、査読済みの研究とNIH資金提供研究の成果の完全な電子コピーをPubMed Centralに登録することを義務付ける条項が盛り込まれました。これらの論文は、出版後12か月以内に登録する必要があります。これは、米国政府が機関に研究へのオープンアクセスの提供を義務付けた初めてのケースであり、NIHが研究者に自主的に研究をPubMed Centralに登録するよう求めた2005年のポリシーから発展したものです。[ 13 ]

PubMed Centralシステムの英国版であるUK PubMed Central（UKPMC）は、英国の9つの研究資金提供機関からなるグループの一員として、ウェルカム・トラストと大英図書館によって開発されました。このシステムは2007年1月に稼働を開始し、2012年11月1日にヨーロッパPubMed Centralとなりました。PubMed Central InternationalネットワークのカナダメンバーであるPubMed Central Canadaは、2009年10月に開設されました。

国立医学図書館の「NLMジャーナル出版タグセット」ジャーナル記事マークアップ言語は無料で利用可能です。[ 14 ]学術専門出版社協会は、「これは書籍とジャーナルの両方における学術コンテンツの作成における標準となる可能性が高い」とコメントしています。[ 15 ]書籍用の関連DTDも利用可能です。[ 16 ]米国議会図書館と大英図書館はNLM DTDのサポートを発表しました。[ 17 ]また、ジャーナルサービスプロバイダーにも好評です。[ 18 ]

NIH以外の多くの機関の公開アクセス計画の発表に伴い、PMCはより幅広い論文のリポジトリとなる過程にあります。[ 19 ]これにはNASAのコンテンツも含まれており、インターフェースは「PubSpace」としてブランド化されています。[ 20 ] [ 21 ]

2018年12月現在[アップデート]、PMCアーカイブには520万件を超える論文が収蔵されており[ 22 ] 、 NIHパブリックアクセスポリシーに従って出版社や著者がリポジトリに原稿を寄託したことによります。以前のデータでは、2013年1月から2014年1月までの12か月間で、著者主導の寄託が103,000件を超えました。[ 23 ] PMCは、何らかの形で出版コンテンツをPMCリポジトリに寄託している約4,000誌を特定しています。[ 24 ]一部の出版社は、出版後一定期間、PubMed Centralへの論文の公開を「エンバーゴ期間」と呼ばれる期間遅らせており、期間は雑誌によって数か月から数年に及びます。 （6ヶ月から12ヶ月の配信停止期間が最も一般的です。）PubMed Centralは「第三者による体系的な外部配信」の重要な例であり、[ 25 ]一部の出版社は私的契約を通じてこれを禁止していると主張しています。[要出典]

テクノロジー

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出版社は、様々な論文DTDを用いて、 XMLまたはSGML形式で論文をPubMed Centralに送信します。歴史が古く、規模の大きい出版社は独自のDTDを社内で確立している場合もありますが、多くの出版社はNLM Journal Publishing DTD（上記参照）を使用しています。

受領した論文はXSLTを介して、非常に類似したNLMアーカイブおよび交換DTDに変換されます。このプロセスによってエラーが発見される場合があり、出版社に修正を依頼します。グラフィックも標準の形式とサイズに変換されます。元の形式と変換後の形式はアーカイブされます。変換後の形式は、グラフィック、マルチメディア、その他の関連データなどの関連ファイルとともに、リレーショナルデータベースに移動されます。多くの出版社は論文のPDFも提供しており、これらは変更なしで提供されています。[ 26 ]

書誌引用は解析され、PubMed 内の関連する抄録、PubMed Central 内の論文、そして出版社のウェブサイト上のリソースに自動的にリンクされます。PubMed へのリンクも PubMed Central につながります。これらの情報源でまだ利用できないジャーナルや特定の論文など、解決できない参照はデータベースで追跡され、リソースが利用可能になると自動的に「ライブ」になります。

社内の索引システムにより検索機能が提供され、一般的な薬剤名と独自の薬剤名、生物、疾患、解剖学的部位の別名 などの生物学用語と医学用語を認識します。

ユーザーがジャーナルの号にアクセスすると、その号のすべての記事、レター、論説などを取得し、自動的に目次が生成されます。記事などの実際の項目に到達すると、PubMed CentralはNLMマークアップをHTMLに変換して配信し、関連するデータオブジェクトへのリンクを提供します。これは、入力される多様なデータがまず標準DTDとグラフィック形式に変換されているため可能です。

別の投稿方法として、NIHの助成を受けている著者は、NIH Manuscript Submission（NIHMS）を利用してPubMed Centralに論文を投稿することができます。NIHMSで投稿された論文は通常、XMLマークアップを経てNLM DTDに変換されます。

受付

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学術出版界におけるPubMed Centralに対する反応は、一部の人々の心からの熱狂[ 27 ]から、他の人々の慎重な懸念[ 28 ]までさまざまである。

PMCは、生物医学的知識の発見と普及を促進するという点で、オープンアクセス出版社にとって歓迎すべきパートナーであるが、その一方で、出版された記録からトラフィックが逸れてしまうこと、読者数の減少による経済的影響、学会における学者コミュニティの維持への影響などを懸念する声も上がっている。[ 29 ] [ 30 ] 2013年の分析では、出版された論文の公開リポジトリが「ジャーナルのウェブサイトから相当数の読者を引き離している」こと、そして「PMCの影響は時間とともに増大している」ことを示す強力な証拠が見出された。[ 30 ]

図書館、大学、オープンアクセス支持者、消費者健康擁護団体、患者権利団体はPubMed Centralを称賛しており、納税者の​​支援による研究出版物を自由に共有するために、他の連邦資金提供機関が同様のパブリックアクセスリポジトリを開発することを期待しています。[ 31 ]

アンテルマンのオープンアクセス出版に関する研究では、哲学、政治学、電気電子工学、数学において、オープンアクセス論文はより大きな研究インパクトを持っていることが判明しました。[ 32 ]ランダム化試験では、オープンアクセス論文のコンテンツダウンロード数が増加しましたが、出版後1年で購読アクセスに対する引用数の利点はありませんでした。[ 33 ]

NIH のポリシーとオープン アクセス リポジトリの取り組みは、2013 年の大統領指令のきっかけとなり、他の連邦機関でも行動を起こすきっかけとなりました。

2020年3月、PubMed Centralはコロナウイルスに関する出版物の全文の寄託手続きを迅速化しました。NLMは、ホワイトハウス科学技術政策局と国際的な科学者からの要請を受け、科学者、医療提供者、データマイニングのイノベーター、AI医療研究者、そして一般の人々へのアクセスを改善するためにこれを行いました。[ 34 ]

PMCID

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PMCID（PubMed Central識別子）は、PMC参照番号とも呼ばれ、PubMed Centralオープンアクセスデータベースの書誌識別子です。これは、 PMIDがPubMedデータベースの書誌識別子であるのと同様です。しかし、これら2つの識別子は異なります。PMCIDは「PMC」に続く数字の列で構成されます。形式は以下のとおりです。[ 35 ]

  • PMCID: PMC1852221

NIH助成金に応募する著者は、申請書に PMCID を含める必要があります。[引用が必要]

参照

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参考文献

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  1. ^ Beck J (2010). 「現場からの報告：PubMed Central、XMLベースの生命科学ジャーナル記事アーカイブ」.国際XMLシンポジウム議事録、長期的なXML：XMLの長期保存における課題. 第6巻. doi : 10.4242/BalisageVol6.Beck01 . ISBN 978-1-935958-02-4。
  2. ^ Maloney C, Sequeira E, Kelly C, Orris R, Beck J (2013年12月5日). PubMed Central . 国立生物工学情報センター (米国). 2020年7月28日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2017年9月8日閲覧。
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  8. セマンティックウェブの目的は、現実世界を 表現することです。現実世界における多くの事柄、私たちが直面するであろう現実的な疑問は、効率的に計算できるものではありません。これには2つの解決策があります。古典的な（ウェブ以前の）解決策は、すべてのクエリが有限時間で終了するように表現言語を制約することです。ウェブのような解決策は、現実世界を表現するのに十分な柔軟性とパワーを備えた包括的な言語で事実とルールを表現できるようにすることです。特定の制約によって特定の計算特性が得られるウェブのサブセットを作成します。類似点は、ウェブ以前に存在していた人間情報システムです。ほとんどのシステムでは、データを階層構造（時には固定深度、あるいは多くの場合特定の次元数を持つマトリックス）に保持することを強制していました。これにより、情報システム内に一貫性がもたらされました。DARPAはこれらのシステムを数多く保有しており、現在も保有しているに違いありません。これらを統合する唯一の方法は、はるかに強力な言語、つまりグローバルハイパーテキストで表現することでした。ハイパーテキストには、これらの安心感を与える特性が全くありませんでした。人々はハイパーテキストの中で迷子になることを恐れていました。リンクを永遠にたどることができたのです。結局のところ、Webではリンクを永遠にたどることができるという問題があるのは当然のことです。「バーナーズ＝リー、ティム。『セマンティックWebが表現できるもの』Webデザインの問題」 。2023年10月19日時点のオリジナルよりアーカイブ。2023年10月20日閲覧。
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