パブメッド

パブメッド
接触
研究センター米国国立医学図書館（NLM）
発売日1996年1月 （1996年1月）
アクセス
Webサイトpubmed.gov​

PubMedは、生命科学および生物医学分野の参考文献と抄録を収録したMEDLINEデータベースを主として含む、オープンアクセスの無料データベースです。米国国立衛生研究所（NIH）の国立医学図書館（NLM）が、Entrez情報検索システムの一部としてこのデータベースを管理しています。[ 1 ]

1971年から1997年まで、MEDLINEデータベースへのオンラインアクセスは、主に大学図書館などの機関施設を通じて、電話回線を利用したコンピュータ経由で提供されていました。[ 2 ] 1996年1月に初めてリリースされたPubMedは、個人、家庭、オフィスを拠点とする無料のMEDLINE検索の時代を切り開きました。[ 3 ] PubMedは「Internet Grateful Med」（ Grateful Medのウェブ版）と同時にリリースされました。2001年にGrateful Medは削除され、PubMedに完全に置き換えられました。PubMedシステムは1997年6月から一般に無料で提供されました。[ 2 ]

コンテンツ

MEDLINE に加えて、PubMed では以下の情報も入手できます。

PubMedのレコードの多くには全文記事へのリンクが含まれており、その一部は無料で利用でき、PubMed Central [ 5 ]やヨーロッパPubMed Centralなどのローカルミラーで公開されていることが多い。[ 6 ]

MEDLINEに索引付けされ、PubMedを通じて利用可能なジャーナルに関する情報は、NLMカタログに掲載されています。[ 7 ]

2023年5月23日現在、PubMedには1966年まで遡り、一部は1865年まで、さらに一部は1809年まで遡る3500万件以上の引用と抄録が登録されている。同日現在、PubMedのレコードのうち2460万件が抄録とともに掲載されており、2680万件のレコードには全文版へのリンクがある（そのうち1090万件の記事は全文無料で閲覧可能）。[ 8 ]過去10年間（2019年12月31日まで）、毎年平均100万件近くの新規レコードが追加されている。

2016年にNLMは索引システムを変更し、出版社がPubMedに索引付けされた論文内の誤字や誤りを直接修正できるようになりました。[ 9 ]

PubMedには、略奪的ジャーナルに掲載された論文が一部含まれていると報告されています。MEDLINEとPubMedでは、データベースへの掲載対象となるジャーナルの選定に関するポリシーが若干異なります。PubMed Centralにおけるジャーナルの索引付け基準と手順に欠陥があるため、略奪的ジャーナルの論文がPubMedに流出する可能性があります。[ 10 ]

2025年3月4日、PubMedデータベースが一時的に世界中で停止しました。停止は約1日間続き、「データベースの将来に対する懸念をかき立てました」。世界中の研究者が査読済みの科学文献へのアクセスにPubMedに依存していたためです。この停止は意図的なものではなく、サービスは復旧しましたが、この事象は重要な研究インフラの信頼性と緊急時対応計画に対する懸念を浮き彫りにしました[ 11 ]。

特徴

ウェブサイトのデザイン

2009年10月に新しいPubMedインターフェースが開始され、Googleのような素早い検索方式の使用が推奨されました。これは「テレグラム」検索とも呼ばれています。[ 12 ]デフォルトでは、結果は最新で並べ替えられますが、ベストマッチ、出版日、最初の著者、最後の著者、ジャーナル、またはタイトルに変更することもできます。[ 13 ]

PubMedのウェブサイトのデザインとドメインは2020年1月に更新され、2020年5月15日に更新された新機能とともにデフォルトになりました。[ 14 ]サイトを頻繁に利用する多くの研究者から批判的な反応がありました。[ 15 ]

ハンドヘルド/モバイル向けPubMed

PubMed/MEDLINEは、例えばNLMが作成した「PICO」オプション（特定の臨床的質問用）などを使用して、携帯端末からアクセスできます。 [ 16 ]モバイルフレンドリーで簡素化されたPubMedバージョンにアクセスできる「PubMed Mobile」オプションも利用できます。[ 17 ]

PubMed で簡単な検索を行うには、PubMed の検索ウィンドウに主題の主要な側面を入力します。

PubMed は、この最初の検索式を変換し、フィールド名、関連する MeSH (Medical Subject Headings) 用語、同義語、ブール演算子を自動的に追加し、結果の用語を適切に「ネスト」して、特にテキストワードと MeSH 用語を定期的に組み合わせる (OR 演算子を使用) ことにより、検索式を大幅に強化します。

PubMedで最適な検索を行うには、その中核を成すMEDLINE、特にMEDLINE論文の索引付けに用いられるMeSH（Medical Subject Headings）統制語彙を理解する必要があります。また、複雑な検索戦略、フィールド名（タグ）の使用、検索範囲の適切な使用など、様々な機能が必要となる場合もあります。参考図書館員や検索専門家が検索サービスを提供しています。[ 18 ] [ 19 ]

PubMedの検索窓での検索は、明確なトピックやMeSH見出しがまだ作成されていない新しい介入、そして医薬品のブランド名や固有名詞の検索にのみ推奨されます。適切な見出しがない場合や、記述子が部分的な側面を表す場合にも有用です。シソーラスMeSHを用いた検索はより正確で、無関係な結果が少なくなります。さらに、綴り、単数形／複数形、略語の違いを考慮しなければならないフリーテキスト検索の欠点を回避できます。一方で、データベースに最近追加された、記述子がまだ割り当てられていない論文は見つかりません。したがって、網羅的な検索を保証するためには、統制言語の見出しとフリーテキストの用語を組み合わせる必要があります。[ 20 ]

ジャーナル記事のパラメータ

ジャーナル論文が索引付けされる際、多数の論文パラメータが抽出され、構造化情報として保存されます。これらのパラメータには、論文の種類（MeSH用語、例：「臨床試験」）、二次識別子（MeSH用語）、言語、ジャーナルの国、または出版履歴（電子出版日、印刷版ジャーナルの出版日）などがあります。

出版タイプ: 臨床クエリ/システマティックレビュー

出版物の種類パラメータを使用すると、様々な種類の臨床研究の報告を含む出版物の種類による検索が可能になります。 [ 21 ]

セカンダリID

2005年7月以降、MEDLINE論文索引作成プロセスでは、論文抄録から識別子を抽出し、二次識別子（SI）と呼ばれるフィールドに格納しています。二次識別子フィールドは、分子配列データ、遺伝子発現、化合物などの様々なデータベースへのアクセッション番号と臨床試験IDを保存するためのものです。臨床試験に関しては、PubMedは2つの最大の試験登録機関、ClinicalTrials.gov（NCT識別子）と国際標準ランダム化比較試験番号登録（IRCTN識別子）の試験IDを抽出します。[ 22 ]

参照

特に関連性が高いと判断された参考文献にはマークを付け、「関連記事」を特定することができます。関連性がある場合は、複数の研究を選択し、「関連データを検索」オプションを使用して、それらすべてに関連する記事を（PubMedまたはその他のNCBI Entrezデータベース上で）生成できます。生成された関連記事は「関連性」の順にリストアップされます。これらの関連記事リストを作成するために、PubMedは、各引用文献のタイトルと要約、および割り当てられたMeSH見出しの単語を、強力な単語重み付けアルゴリズムを用いて比較します。[ 23 ]「関連記事」機能は非常に正確であると評価されており、ある論文の著者は、この機能をフル検索の代わりに使用できると提案しました。[ 24 ]

MeSHへのマッピング

PubMedはMeSH用語と小見出しに自動的にリンクします。例えば、「口臭」は「halitosis（口臭）」にリンクし（検索にも含めます）、また「心臓発作」は「心筋梗塞」にリンクします。適切な場合、これらのMeSH用語は自動的に「拡張」され、より具体的な用語が含まれます。「看護」のような用語は、「看護 [MeSH]」または「看護 [小見出し]」に自動的にリンクされます。この機能は自動用語マッピングと呼ばれ、フリーテキスト検索ではデフォルトで有効ですが、完全一致フレーズ検索（つまり、検索クエリを二重引用符で囲む）では有効ではありません。[ 25 ]この機能により、PubMed検索の精度が向上し、医学用語の多様性を補正することで偽陰性（検索漏れ）を回避できます。[ 25 ]

PubMedでは、以下の場合には用語の自動マッピングは適用されません：引用符で囲まれたフレーズ（例：kidney allograft）を記述した場合、アスタリスクで切り捨てられた場合（例：kidney allograft*）、フィールドラベルで検索した場合（例：Cancer [ti]）[ 20 ] 。

私のNCBI

PubMedのオプション機能「My NCBI」（無料登録）は、

  • 検索を保存する
  • 検索結果のフィルタリング
  • 電子メールで送信される自動更新の設定
  • PubMed検索で取得した参考文献セットを保存する
  • 表示形式の設定や検索語句の強調表示

その他にも幅広いオプションがあります。[ 26 ]「My NCBI」エリアは、ウェブアクセスが可能なあらゆるコンピュータからアクセスできます。「My NCBI」の以前のバージョンは「PubMed Cubby」と呼ばれていました。[ 27 ]

リンクアウト

LinkOutは、NLMが運営するローカルジャーナルの全文をリンクして公開する機能です。[ 28 ]デンマークのオールボー大学からシアトルのZymoGeneticsまで、約3,200のサイト（主に学術機関）がこのNLM機能に参加しています（2010年3月現在）。[ 29 ]これらの機関のユーザーは、PubMedの検索結果に自分の機関のロゴが表示され（ジャーナルがその機関に所蔵されている場合）、全文にアクセスできます。LinkOutは、2019年夏のプラットフォームのメジャーアップデートでOutside Toolと統合されます。[ 30 ]

PubMedコモンズ

2016年、PubMedは論文著者に対し、PubMedにインデックスされた論文へのコメント機能を開始しました。この機能は当初パイロット版（2013年以降）でテストされ、2016年に正式化されました。[ 31 ] 2018年2月、PubMed Commonsは「利用が極めて少ない」という理由で廃止されました。[ 32 ] [ 33 ]

メドラインに質問する

askMEDLINEはNLMが開発したMEDLINE/PubMed用のフリーテキスト自然言語検索ツールで、ハンドヘルドにも適しています。[ 34 ]

PubMed識別子

PMID （PubMed識別子またはPubMedユニーク識別子）[ 35 ]は、各PubMedレコードに割り当てられる、から始まるユニークな整数値です。PMIDは、無料でアクセスできるPubMed Centralに掲載されているすべての論文の識別子であるPMCID（PubMed Central識別子）とは異なります。[ 36 ]1

出版物にPMIDまたはPMCIDが付与されても、読者はコンテンツの種類や質について何も知ることはできません。PMIDは、編集者への手紙、論説、論説コラム、編集者がジャーナルに掲載することを選択したその他の記事、そして査読済み論文に割り当てられます。また、識別番号の存在は、論文が詐欺、無能、または不正行為により撤回されていないことの証明にはなりません。原著論文の訂正に関する発表にもPMIDが付与される場合があります。

PubMedの検索ウィンドウに入力された各番号は、デフォルトでPMIDとして扱われます。そのため、PubMed内のあらゆる文献は、PMIDを使用して検索できます。

代替インターフェース

MEDLINEはPubMed経由でアクセスできるデータベースの一つです。複数の企業が自社のプラットフォームを通じてMEDLINEへのアクセスを提供しています。

国立医学図書館は、 Embase、Ovid、Dialog、EBSCO、Knowledge Finderなどの民間ベンダーや、その他多くの営利、非営利、学術機関にMEDLINE情報をリースしている。[ 37 ] 2008年10月現在、500以上のライセンスが発行されており、そのうち200以上が米国外のプロバイダーに付与されている。MEDLINEデータの使用ライセンスは無料であるため、国立医学図書館は事実上、PubMedに対する幅広い代替インターフェースやサードパーティ製追加機能の無料のテストの場を提供している。[ 38 ] PubMedは、専門家によってキュレーションされた大規模データベースの中で、このオプションを提供している数少ない企業の1つである。

Luは、インストールや登録を必要としない、現在無料で利用できるWebベースのPubMedのバージョン28をサンプルとして挙げ、4つのカテゴリーに分類しています。[ 38 ]

  1. 検索結果のランキング、例：eTBLAST、MedlineRanker、[ 39 ] MiSearch、[ 40 ]
  2. トピック、著者、ジャーナルなどによるクラスタリング結果、例：Anne O'Tate ; [ 41 ] ClusterMed; [ 42 ]
  3. セマンティクスと視覚化の強化、例えば：EBIMed; [ 43 ] MedEvi. [ 44 ]
  4. 改善された検索インターフェースと検索エクスペリエンス、例えばaskMEDLINE [ 45 ] [ 46 ] BabelMeSH; [ 47 ] PubCrawler。[ 48 ]

これらやその他の代替手段のほとんどは、基本的にNLM/PubMedからライセンスに基づいてリースされているPubMed/MEDLINEデータに依存しているため、「PubMed派生コンテンツ」という用語が提案されています。[ 38 ]約90GBのオリジナルのPubMedデータセットを保存する必要がなく、Eric Sayers博士の「The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More」で説明されているように、eutilsアプリケーションプログラムインターフェースを使用して誰でもPubMedアプリケーションを作成できます。 [ 49 ] PMID番号を入力として受け取るさまざまな引用形式ジェネレーターは、eutilsアプリケーションプログラムインターフェースを利用するWebアプリケーションの例です。サンプルWebページには、Citation Generator – Mick Schroeder、Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week、Cite this for meなどがあります。

2025年、ドイツ国立医学図書館（ZBMed）は、国際的にサポートされるPubMedのオープンソース版を開発する計画を発表しました。[ 50 ] [ 51 ]

PubMedのデータマイニング

PubMedのデータをマイニングする別の方法としては、Matlab、Python、Rなどのプログラミング環境を利用する方法があります。これらの場合、PubMedへのクエリはコード行として記述され、PubMedに渡され、その応答はプログラミング環境内で直接処理されます。 コードを自動化することで、疾患、年、臓器などの様々なキーワードで体系的にクエリを実行できます。

一括処理のために、PubMedデータベース全体がXML形式で提供されており、FTPサーバーからダウンロードできます。年間ベースラインは12月に公開され、その後毎日更新ファイルが提供されます。[ 52 ]

PubMedは、バイオメディカルデータベースとしての伝統的な役割に加えて、バイオメディカル言語モデルのトレーニングのための共通リソースとなっています。[ 53 ]

PubMedでアクセス可能なデータは、MEDOCなどの非公式ツールを使用してローカルにミラーリングすることができます。[ 54 ]

PubMedのレコード数百万件は、 Unpaywallのようなオープンアクセスに関する様々なオープンデータデータセットを補完しています。Unpaywall Journalsのようなデータ分析ツールは、図書館が大型契約のキャンセルを支援するために利用されています。これにより、図書館はPubMed Centralのようなオープンアーカイブを通じて既にインスタントオープンアクセスで提供されている資料の購読を避けることができます。[ 55 ]

参照

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