| タイプIIメチル指向性制限酵素DpnI | |||||||
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| 識別子 | |||||||
| 生物 | |||||||
| シンボル | dpnC | ||||||
| PDB | 4ESJ | ||||||
| ユニプロット | P0A460 | ||||||
| その他のデータ | |||||||
| EC番号 | 3.1.21.4 | ||||||
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DpnI（発音は「DPNワン」）は、肺炎球菌（Streptococcus pneumonae、旧称Diplococcus pneumonae ）から単離されたIIM型制限酵素である。メチル化DNAをG m6A ↓TC配列で認識し、切断する。 [ 1 ] [ 2 ]
構造
DpnIの構造は、N末端触媒ドメインとC末端翼状ヘリックスDNA結合ドメインから構成され、どちらもメチル化されたGATC配列に特異性を示す。触媒ドメインは溶液中では無秩序であるが、DNAに結合すると秩序化する。[ 3 ] [ 4 ]
分子生物学における用途
DpnIは、部位特異的変異誘発後の鋳型DNAの消化によく用いられます。分子生物学で使用される大腸菌株のほとんどは、GATC配列でDNAをメチル化するタンパク質であるDamメチラーゼを発現しています。PCR反応産物にDpnIを添加すると、鋳型DNAのみが消化されます。これは、鋳型DNAは大腸菌から単離されているため、この配列がメチル化されているのに対し、新たに合成されたDNAはメチル化されていないためです。[ 5 ] DpnIは、単独でも、部位特異的変異誘発反応の処理に用いられるキナーゼ酵素とリガーゼ酵素を含む「KLD」酵素ミックスとしても広く市販されています。 [ 6 ]
DpnIはDamIDにおいてメチル化されたGATC配列を消化するためにも使用されます。DamIDはDamのメチル化と配列決定を組み合わせてタンパク質-DNA相互作用を識別する技術です。[ 7 ] [ 8 ]
参照
- DpnII制限酵素ファミリー、S. pneumonaeからも単離される
- 制限酵素切断部位のリスト
- 制限変更システム
参考文献
- ^ Lacks, S.; Greenberg, B. (1975-06-10). 「メチル化DNAに特異的な肺炎球菌由来のデオキシリボヌクレアーゼ」 . The Journal of Biological Chemistry . 250 (11): 4060– 4066. doi : 10.1016/S0021-9258(19)41386-0 . ISSN 0021-9258 . PMID 236309 .
- ^ Roberts, RJ (2003-04-01). 「制限酵素、DNAメチルトランスフェラーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、およびそれらの遺伝子の命名法」 . Nucleic Acids Research . 31 (7): 1805– 1812. doi : 10.1093/nar/gkg274 . PMC 152790. PMID 12654995 .
- ^ Siwek, Wojciech; Czapinska, Honorata; Bochtler, Matthias; Bujnicki, Janusz M.; Skowronek, Krzysztof (2012年8月). 「N6-メチルアデニン依存性IIM型制限酵素R.DpnIの結晶構造と作用機序」 . Nucleic Acids Research . 40 (15): 7563– 7572. doi : 10.1093 / nar/gks428 . ISSN 1362-4962 . PMC 3424567. PMID 22610857 .
- ^カロリーナ州ミエジェフスカ;シウェク、ヴォイチェフ。チャピンスカ、オノラタ。カウス・ドロベック、マグダレナ。ラドリンスカ、モニカ。スコヴロネク、クシシュトフ。ブジニッキ、ヤヌシュ M.ダドレス、ミハル。ボクトラー、マティアス (2014-07-29)。「R.DpnI のメチル化特異性の構造基盤」。核酸研究。42 (13): 8745–8754。土井: 10.1093/nar/gku546。ISSN 0305-1048。PMC 4117772。PMID 24966351。
- ^ Weiner, Michael P.; Costa, Gina L.; Schoettlin, Warren; Cline, Janice; Mathur, Eric; Bauer, John C. (1994年12月). 「ポリメラーゼ連鎖反応による二本鎖DNAの部位特異的変異誘発」 . Gene . 151 ( 1–2 ): 119–123 . doi : 10.1016/0378-1119(94)90641-6 . PMID 7828859 .
- ^ 「KLD酵素ミックス | NEB」 . New England Biolabs . 2024年9月7日閲覧。
- ^ Aughey, Gabriel N.; Southall, Tony D. (2016年1月). 「Dam it's good! DamID profiling of protein-DNA interactions」 . Wiley Interdisciplinary Reviews. Developmental Biology . 5 (1): 25– 37. doi : 10.1002/wdev.205 . ISSN 1759-7684 . PMC 4737221. PMID 26383089 .
- ^ Aughey, Gabriel N.; Cheetham, Seth W.; Southall, Tony D. (2019-03-15). 「遺伝子制御を理解するための多用途ツールとしてのDamID」 . Development . 146 ( 6): dev173666. doi : 10.1242/dev.173666 . ISSN 0950-1991 . PMC 6451315. PMID 30877125 .