| バイオインフォマティクスハーベスター | |
|---|---|
| 開発者 | アーバン・リーベル、ビョルン・キンドラー |
| 安定版リリース | 4 / 2011年5月24日 （2011年5月24日） |
| オペレーティングシステム | ウェブベース |
| タイプ | バイオインフォマティクスツール |
| ウェブサイト | harvester.kit.edu [永久リンク切れ] |
バイオインフォマティクス・ハーベスターは、欧州分子生物学研究所[1]によって開発され、その後KITカールスルーエ工科大学によってホストされ、遺伝子およびタンパク質関連情報のためのバイオインフォマティクス・メタ検索エンジンとして開発されました。ハーベスターは現在、ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、シロイヌナズナの情報に利用可能です。ハーベスターは50以上の一般的なバイオインフォマティクスリソースを相互リンクし、横断検索を可能にします。ハーベスターは毎日数万ページもの情報を科学者や医師に提供しています。2014年以降、このサービスは停止しています。
ハーベスターの仕組み
ハーベスターは、タンパク質および遺伝子データベースに加えて、いわゆる「予測サーバー」からの情報を収集します。予測サーバーは、例えば、単一のタンパク質のオンライン配列解析を提供します。ハーベスターの検索インデックスは、IPIおよびUniProtタンパク質情報コレクションに基づいています。コレクションは以下のもので構成されています
- 約 72,000 のヒト、約 57,000 のマウス、約 41,000 のラット、約 51,000 のゼブラフィッシュ、約 35,000 のアラビドプシスのタンパク質ページ。約 50 の主要なバイオインフォマティクス リソースを相互リンクします。
ハーベスターは複数の種類の情報を相互にリンクします
テキストベースの情報
以下のデータベースより
- 最大規模のタンパク質データベースの1つであるUniProt
- SOURCE、便利な遺伝子情報の概要
- シンプルモジュラーアーキテクチャリサーチツール（SMART）
- SOSUIは膜貫通ドメインを予測する
- PSORTはタンパク質の局在を予測する
- HomoloGeneは、異なる種のタンパク質を比較します
- gfp-cdna、蛍光顕微鏡によるタンパク質の局在
- 国際タンパク質指数（IPI）
グラフィック要素が豊富なデータベース
これらのデータベースは収集されるのではなく、相互にリンクされており、iframeを介して表示されます。iframe とは、 HTMLページ内に埋め込まれたウィンドウであり、リンクされたデータベースを埋め込み表示し、インタラクティブにアクセスするためのものです。複数の iframe が 1 つの Harvester タンパク質ページに統合されています。これにより、複数のデータベースの情報を同時に、かつ簡単に比較できます。
- NCBI- BLASTは、 NCBIの生物学的配列を比較するためのアルゴリズムである。
- Ensembl、EMBL- EBIとサンガー研究所による自動遺伝子アノテーション
- FlyBaseは、モデル生物であるショウジョウバエのデータベースです。
- GoPubMedは生物医学テキストの知識ベースの検索エンジンです
- iHOP、遺伝子/タンパク質同義語を介してタンパク質にハイパーリンクされた情報
- メンデル遺伝学プロジェクトは、既知のすべての疾患をカタログ化している。
- RZPD、ベルリン/ハイデルベルクのゲノム研究のためのドイツリソースセンター
- STRING は、 EMBL、SIB、UZHによって開発された、相互作用遺伝子/タンパク質の検索ツールです。
- ゼブラフィッシュ情報ネットワーク
- LOCATE細胞内局在データベース（マウス）
外部アプリケーションからのアクセス
- ゲノムブラウザ、ゲノムのワーキングドラフトアセンブリUCSC
- Google Scholar
- ミトコンドリアチェック
- PolyMeta：Google、Yahoo、MSN、Ask、Exalead、AllTheWeb、GigaBlast向けのメタ検索エンジン
何が見つかるか
Harvester では、さまざまな検索用語と単語の組み合わせが可能です。
検索例：
- 遺伝子名：「golga3」
- 遺伝子別名：「ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS」（遺伝子名は1つで十分です）
- 遺伝子オントロジー：「酵素結合受容体タンパク質シグナル伝達経路」
- Unigene -クラスター: "Hs.449360"
- GOアノテーション：「ゴルジ体内輸送」
- 分子機能：「タンパク質キナーゼ結合」
- タンパク質：「Q9NPD3」
- タンパク質ドメイン：「SH2 sar」
- タンパク質の局在：「小胞体」
- 染色体：「2q31」
- 疾患関連：「diseaselink」という単語を使用してください
- 組み合わせ：「ゴルジ疾患リンク」（疾患に関連するすべてのゴルジタンパク質を検索）
- mRNA：「AL136897」
- 単語：「がん」
- コメント：「心臓で強く発現する」
- 著者：「メルケル、シュミット」
- 出版物またはプロジェクト：「cDNA配列決定プロジェクト」
参照
文献
- Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2004年8月). 「『Harvester』：ヒトタンパク質リソースの高速メタ検索エンジン」. Bioinformatics . 20 (12): 1962–3 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth146 . PMID 14988114
- Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). 「バイオインフォマティクス「ハーベスター」：ヒト、マウス、ラットのゲノムワイドタンパク質リソース検索エンジン」.膜ダイナミクスを制御するGTPase . Methods in Enzymology. Vol. 404. pp. 19– 26. doi :10.1016/S0076-6879(05)04003-6. ISBN 9780121828097 PMID 16413254
注記と参考文献
- ^ Manoj, M; Elizabeth, Jacob (2008年10月). 「メタ検索エンジンを用いたインターネット上の情報検索：レビュー」(PDF) . Journal of Scientific & Industrial Research . 67 (10): 739– 746. ISSN 0022-4456.
外部リンク
- 公式ウェブサイト [永久リンク切れ] KITカールスルーエ工科大学のバイオインフォマティクスハーベスターV
- 「KITのHarvester42 - 50種類の汎用検索エンジンを統合」。2013年1月6日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年1月6日閲覧。
