MDynaMix

混合物の分子動力学
混合物の分子動力学
	MDynaMixでのDNAシミュレーション
原作者	アット・ラークソネン、アレクサンダー・リュバルツェフ
開発者	ストックホルム大学、材料・環境化学部、物理化学部門
初回リリース	1993年; 32年前（1993年）
安定版リリース	5.3.0 / 2019年1月15日; 6年前 ( 2019-01-15 )
書かれた	Fortran 77-90
オペレーティング·システム	Unix、Unixライク、Linux、Windows
プラットフォーム	x86、x86-64、クレイ
入手可能な	英語
タイプ	分子動力学
ライセンス	GPL
Webサイト	www.fos.su.se/~sasha/mdynamix

分子モデリングソフトウェア

混合分子動力学（MDynaMix）は、 AMBERやCHARMMのような力場を用いて周期境界条件で相互作用する分子の混合物をシミュレートする汎用分子動力学ソフトウェアパッケージです。^[2]^{[3]静電相互作用を扱うためのNVE、NVT、NPT、異方性NPTアンサンブル、}エワルド和などのアルゴリズムが含まれています。コードはFortran 77と90（並列実行のためのメッセージパッシングインターフェース（MPI）付き）の混合言語で記述されています。このパッケージは、 UnixおよびUnix系（Linux）ワークステーション、ワークステーションクラスター、そしてWindows（シーケンシャルモード）で動作します。

MDynaMixは、スウェーデンのストックホルム大学材料・環境化学学科物理化学部門で開発され、GNU一般公衆利用許諾書（GPL）に基づくオープンソースソフトウェアとして公開されています。

プログラム

mdはメインのMDynaMixブロックです
makemolは分子構造と力場を記述するファイルを作成するのに役立つユーティリティです。
tranalは軌道を解析するためのユーティリティスイートです
mdeeは、自由エネルギーと化学ポテンシャルを計算するための拡張アンサンブル法を実装したプログラムのバージョンです（並列化されていません）。
mgeは分子モデルを構築し、動力学プロセスを監視できるグラフィカルユーザーインターフェースを提供します。

応用分野

液体の熱力学的性質^[4]
核酸-イオン相互作用^[5]
脂質二重層のモデリング^[6]
高分子電解質^[7]
イオン液体^[8]^[9]
液体の水のX線スペクトル^[10]
フォースフィールド開発^[11]^[12]

参照

参考文献

^ 「MDynaMixホームページ」. fos.su.se . 2021年4月15日閲覧。
^ APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). 「MDynaMix - 任意の分子混合物のためのスケーラブルでポータブルな並列MDシミュレーションパッケージ」. Computer Physics Communications . 128 (3): 565– 589. Bibcode :2000CoPhC.128..565L. doi :10.1016/S0010-4655(99)00529-9.
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外部リンク

公式サイト
Ascalaph、MDynaMix 用のグラフィカルシェル (GNU GPL)

[1] 「MDynaMixホームページ」. fos.su.se . 2021年4月15日閲覧。

[2] APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). 「MDynaMix - 任意の分子混合物のためのスケーラブルでポータブルな並列MDシミュレーションパッケージ」. Computer Physics Communications . 128 (3): 565– 589. Bibcode :2000CoPhC.128..565L. doi :10.1016/S0010-4655(99)00529-9.

[3] APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). 「生体分子システムの並列分子動力学シミュレーション」.応用並列コンピューティング大規模科学産業問題. コンピュータサイエンス講義ノート. 第1541巻. ハイデルベルク: Springer Berlin. pp. 296– 303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490。

[4] T. Kuznetsova & B. Kvamme (2002). 「モデル水–二酸化炭素系の熱力学的特性と界面張力」. Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937– 941. Bibcode :2002PCCP....4..937K. doi :10.1039/b108726f.

[5] Y. Cheng, N. Korolev & L. Nordenskiöld (2006). 「凝縮秩序化DNAとK+およびNa+の相互作用における類似点と相違点。分子動力学コンピュータシミュレーション研究」. Nucleic Acids Research . 34 (2): 686– 696. doi :10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204 .

[6] C.-J. Högberg; AMNikitin & AP Lyubartsev (2008). 「DMPC脂質二重層におけるCHARMM力場の修正」. Journal of Computational Chemistry . 29 (14): 2359– 2369. doi :10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.

[7] A. Vishnyakov & AV Neimark (2008). 「水、ジメチルメチルホスホネート、およびそれらの混合物におけるスルホン化高分子電解質の溶媒和特性：分子シミュレーション研究」J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode :2008JChPh.128p4902V. doi :10.1063/1.2899327. PMID: 18447495. S2CID : 948639.

[8] G. Raabe & J. Köhler (2008). 「分子シミュレーションによるイミダゾリウム系イオン液体の熱力学的および構造的特性」J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode :2008JChPh.128o4509R. doi :10.1063/1.2907332. PMID: 18433237.

[9] X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). 「精密力場による[bmim][BF _{4 ]とアセトニトリルの室温イオン液体混合物の分子動力学シミュレーション」.}Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771– 2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.

[10] RLC Wang, HJ Kreuzer & M. Grunze (2006). 「液体の水のX線吸収スペクトルの理論モデル化と解釈」. Phys. Chem. Chem. Phys . 8 (41): 4744– 4751. Bibcode :2006PCCP....8.4744W. doi :10.1039/b607093k. PMID 17043717.

[11] AM Nikitin & AP Lyubartsev (2007). 「液体アセトニトリルとその水性混合物のシミュレーションのための新しい6サイトアセトニトリルモデル」J. Comput. Chem . 28 (12): 2020– 2026. doi :10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.

[12] ES Böesa; E. Bernardia; H. Stassena; PFB Gonçalves (2008). 「ホルムアミドおよびメタノール中における一価アニオンの溶媒和：IEF-PCMモデルのパラメータ化」.化学物理学. 344 ( 1–2 ): 101– 113. Bibcode :2008CP....344..101B. doi :10.1016/j.chemphys.2007.12.006.