シミュレーション実験に関する最小限の情報
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シミュレーション実験に関する最小限の情報（MIASE ） [ 1]は、与えられた定量的モデルのセットから導き出された数値シミュレーション実験の実行と再現を可能にするためにモデル作成者が必要とする共通情報セットのリストである。

MIASEはMIBBI （生物学および生物医学研究のための最小限の情報）の登録プロジェクトです。[2]

歴史

MIASEプロジェクトは、2007年にDagmar KöhnとNicolas Le Novèreによって開始され、2007年10月の第12回SBMLフォーラム会議で初めて発表されました。それ以来、MIASEはSBMLコミュニティ内だけでなく、様々な会議で議論されてきました。MIASEは、様々な標準化コミュニティやシミュレーションツール開発者を含むコミュニティの取り組みとなっています。2009年4月、MIASEは「CellML、SBGN、SBO、BioPAX、MIASEスーパーワークショップ2009」に参加しました。

ガイドライン

MIASE ガイドラインは、使用するモデルに関する情報、シミュレーション手順に関する情報、および出力に関する情報で構成されています。

使用するモデルに関する情報

実験で使用されるすべてのモデルは識別され、アクセス可能であり、完全に説明されている必要があります。

  1. シミュレーション実験の説明は、実験に必要なモデルとともに提供されるか、またはそれらのモデルにアクセスするための正確かつ明確な方法とともに提供される必要があります。
  2. シミュレーションに必要なモデルには、すべての支配方程式、パラメータ値、および必要な条件 (初期状態および/または境界条件) が提供される必要があります。
  3. モデルが標準形式でエンコードされていない場合は、モデルコードをユーザーに公開する必要があります。モデルがオープンな形式またはコードでエンコードされていない場合は、再実装するのに十分な完全な説明を提供する必要があります。
  4. シミュレーション実験のステップを実行する前に必要なモデルの変更 (前処理) を記述する必要があります。

シミュレーション手順に関する情報

実験で使用されるシミュレーション手順やその他の手順を正確に説明する必要があります。

  1. 使用するシミュレーション アルゴリズム、各シミュレーションを適用するモデル、シミュレーション ステップの順序、シミュレーション ステップ間で実行されるデータ処理など、すべてのシミュレーション ステップを明確に記述する必要があります。
  2. 必要なシミュレーション手順を正しく実装するために必要なすべての情報は、正確な説明または明確な情報ソースへの参照を通じて含められる必要があります。
  3. ソース コードが利用できないコンピュータ プログラムを使用してシミュレーション手順を実行する場合、シミュレーションを繰り返すだけでなく、シミュレーションを再現するために必要なすべての情報 (元のソフトウェアで使用されるアルゴリズムや、離散化および積分方法など、それらを実装するために必要な情報など) を提供する必要があります。
  4. シミュレーション手順を異なるシミュレーション環境または異なる計算プラットフォームで実行すると異なる結果が生成されることが判明している場合は、実験の目的を達成するために、指定された環境/プラットフォームでモデルをどのように実行する必要があるかを説明する必要があります。

出力に関する情報

望ましい数値結果を得るために必要なすべての情報を提供する必要があります。

  1. 最終結果を生成するために、シミュレーションステップの生の数値結果に適用されたすべての後処理ステップを詳細に記述する必要があります。これには、処理対象のデータの識別、変更が適用された順序、そして変更の性質が含まれます。
  2. 期待される洞察が、ある結果と別の結果のプロットなど、異なる結果間の関係に依存する場合は、比較する結果を指定する必要があります。

参照

  • MIASE出版物
  • SED-ML - MIASEガイドラインの実装
  • KiSAO - 運動シミュレーションアルゴリズムのオントロジー

参考文献

  1. ^ D. Waltemath; Richard Adams; Daniel A. Beard; rank T. Bergmann; Upinder S. Bhalla; Randall Britten; Vijayalakshmi Chelliah; Michael T. Cooling; Jonathan Cooper; Edmund J. Crampin; Alan Garny; Stefan Hoops; Michael Hucka; Peter Hunter; Edda Klipp; Camille Laibe; Andrew K. Miller; Ion Moraru; David Nickerson; Poul Nielsen; Macha Nikolski; Sven Sahle; Herbert M. Sauro; Henning Schmidt; Jacky L. Snoep; Dominic Tolle; Olaf Wolkenhauer; Nicolas Le Novère (2011). 「シミュレーション実験に関する最小情報 (MIASE)」. PLOS Computational Biology . 7 (4) e1001122. Bibcode :2011PLSCB...7E1122W. doi : 10.1371/journal.pcbi.1001122 . PMC  3084216. PMID  21552546 .
  2. ^ http://www.mibbi.org/ 生物学および生物医学研究のための最小限の情報
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