結核菌sRNA

結核菌（Mycobacterium tuberculosis）のゲノムには、少なくとも9つのsmall RNAファミリー。^{[1]これらのsmall RNA（sRNA）ファミリーは、RNomics（}結核菌の培養物から単離されたRNA分子の直接分析）によって同定されました。^[2]^{[3]これらのsRNAは、}RACEマッピングとノーザンブロット実験によって特徴付けられました^{。 [1]これらのsRNAの}二次構造は、Mfoldを用いて予測されました。^[4]

バイオインフォマティクスツールであるsRNAPredict2は、M. tuberculosisにおいて56個の推定sRNAを示唆したが、これらはまだ実験的に検証されていない。^[5] Hfqタンパク質相同体はM. tuberculosisではまだ見つかっていない。^[6]代替経路（おそらく保存されたCリッチモチーフを含む）が、トランスアクティングsRNAの機能を可能にすると理論づけられている。^[1]

sRNAはM. tuberculosisにおいて重要な生理学的役割を持つことが示されている。例えば、G2 sRNAの過剰発現はM. tuberculosisの増殖を阻害し、 M. smegmatisの増殖を大幅に抑制した。ASdes sRNAは脂肪酸デサチュラーゼ（desA2）のシス作用性調節因子であると考えられており、一方ASpksはポリケチド合成酵素12（pks12）のオープンリーディングフレームに存在し、 pks12 mRNAのアンチセンス調節因子である。^[1]

sRNA ncrMT1302は、MT1302とMT1303のオープンリーディングフレームに挟まれていることが判明した。MT1302はATPを cAMPに変換するアデニル酸シクラーゼをコードしており、ncrMT1302の発現はcAMPとpHによって制御される。^[7]

mcr7遺伝子によってコードされている Mcr7 sRNAはtatC mRNAの翻訳を調節し、ツインアルギニン転座（Tat）タンパク質分泌装置の活性に影響を与えます。^[8]

npcTB_6715は、結核患者の検出における潜在的なバイオマーカーとして同定された最初のsRNAである。^[9]

参照

参考文献

^ abcd Arnvig KB, Young DB (2009年8月). 「Mycobacterium tuberculosisにおけるsmall RNAの同定」. Molecular Microbiology . 73 (3): 397– 408. doi :10.1111/j.1365-2958.2009.06777.x. PMC 2764107. PMID 19555452 .
^ Vogel J, Bartels V, Tang TH, Churakov G, Slagter-Jäger JG, Hüttenhofer A, Wagner EG (2003年11月). 「大腸菌のRNomicsは新規sRNA種を検出し、細菌における並行転写出力を示唆する」. Nucleic Acids Research . 31 (22): 6435– 6443. doi :10.1093/nar/gkg867. PMC 275561. PMID 14602901 .
^ Kawano M, Reynolds AA, Miranda-Rios J, Storz G (2005). 「大腸菌における5′-および3′-UTR由来のsmall RNAとcisエンコードアンチセンスRNAの検出」. Nucleic Acids Research . 33 (3): 1040– 1050. doi :10.1093/nar/gki256. PMC 549416. PMID 15718303 .
^ Zuker M (2003 年7月). 「核酸のフォールディングとハイブリダイゼーション予測のためのMfoldウェブサーバー」. Nucleic Acids Research . 31 (13): 3406– 3415. doi :10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.
^ Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). 「バイオインフォマティクスツールsRNAPredict2を用いた17種のPseudomonas aeruginosa sRNAの同定と10種の多様な病原体におけるsRNAエンコーディング遺伝子の予測」Nucleic Acids Research . 34 (12): 3484– 3493. doi :10.1093/nar/gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723 .
^ Sun X, Zhulin I, Wartell RM (2002年9月). 「RNA結合タンパク質Hfqの予測構造と系統分布」. Nucleic Acids Research . 30 (17): 3662– 3671. doi :10.1093/nar/gkf508. PMC 137430. PMID 12202750 .
^ Pelly S, Bishai WR, Lamichhane G (2012年5月). 「結核菌における非コードRNAのスクリーニングにより、感染時に発現するcAMP応答性RNAが明らかになった」. Gene . 500 (1): 85– 92. doi :10.1016/j.gene.2012.03.044. PMC 3340464. PMID 22446041 .
^ ソランス L、ゴンサロ＝アセンシオ J、サラ C、ベンジャック A、ウプレカー S、ルージュモン J、ギホット C、マラガ W、マルティン C、コール ST (2014 年 5 月)。「PhoP 依存性 ncRNA Mcr7 は結核菌の TAT 分泌システムを調節する」。PLOS 病原体。10 (5) e1004183。土井：10.1371/journal.ppat.1004183。PMC 4038636。PMID 24874799。
^ Kanniappan P, Ahmed SA, Rajasekaram G, Marimuthu C, Ch'ng ES, Lee LP, Raabe CA, Rozhdestvensky TS, Tang TH (2017年10月). 「結核菌検出のための潜在的バイオマーカーとしての非タンパク質コードRNA遺伝子npcTB_6715のRNAノミック同定と評価」Journal of Cellular and Molecular Medicine . 21 (10): 2276– 2283. doi :10.1111/jcmm.13148. PMC 5618688. PMID 28756649 .

さらに読む

パネク J、ボベク J、ミクリク K、バスラー M、ヴォフラドスキー J (2008 年 5 月)。「放線菌における低分子非コーディング RNA のバイオコンピューター予測」。BMC ゲノミクス。9 : 217.土井: 10.1186/1471-2164-9-217。PMC 2422843。PMID 18477385。
Livny J, Waldor MK (2007年4月). 「多様な細菌種における低分子RNAの同定」Current Opinion in Microbiology . 10 (2): 96– 101. doi :10.1016/j.mib.2007.03.005. PMID 17383222.
Cole ST, Brosch R, Parkhill J, Garnier T, Churcher C, Harris D, 他 (1998年6月). 「Mycobacterium tuberculosis の生物学を完全ゲノム配列から解読する」. Nature . 393 (6685): 537– 544. Bibcode :1998Natur.393..537C. doi : 10.1038/31159 . PMID 9634230.
Arnvig KB, Gopal B, Papavinasasundaram KG, Cox RA, Colston MJ (2005年2月). 「Mycobacterium smegmatisのrrnBオペロンにおける上流活性化のメカニズムは、大腸菌のパラダイムとは異なる」. Microbiology . 151 (Pt 2): 467– 473. doi : 10.1099/mic.0.27597-0 . PMID 15699196.
Matsunaga I, Bhatt A, Young DC, Cheng TY, Eyles SJ, Besra GS, Briken V, Porcelli SA, Costello CE, Jacobs WR, Moody DB (2004年12月). 「Mycobacterium tuberculosis pks12はCD1cによってT細胞に提示される新規ポリケチドを産生する」. The Journal of Experimental Medicine . 200 (12): 1559– 1569. doi :10.1084/jem.20041429. PMC 2211992. PMID 15611286 .

[Arn09-1] Arnvig KB, Young DB (2009年8月). 「Mycobacterium tuberculosisにおけるsmall RNAの同定」. Molecular Microbiology . 73 (3): 397– 408. doi :10.1111/j.1365-2958.2009.06777.x. PMC 2764107. PMID 19555452 .

[2] Vogel J, Bartels V, Tang TH, Churakov G, Slagter-Jäger JG, Hüttenhofer A, Wagner EG (2003年11月). 「大腸菌のRNomicsは新規sRNA種を検出し、細菌における並行転写出力を示唆する」. Nucleic Acids Research . 31 (22): 6435– 6443. doi :10.1093/nar/gkg867. PMC 275561. PMID 14602901 .

[3] Kawano M, Reynolds AA, Miranda-Rios J, Storz G (2005). 「大腸菌における5′-および3′-UTR由来のsmall RNAとcisエンコードアンチセンスRNAの検出」. Nucleic Acids Research . 33 (3): 1040– 1050. doi :10.1093/nar/gki256. PMC 549416. PMID 15718303 .

[4] ^ Zuker M (2003 年7月). 「核酸のフォールディングとハイブリダイゼーション予測のためのMfoldウェブサーバー」. Nucleic Acids Research . 31 (13): 3406– 3415. doi :10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID 12824337.

[5] Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). 「バイオインフォマティクスツールsRNAPredict2を用いた17種のPseudomonas aeruginosa sRNAの同定と10種の多様な病原体におけるsRNAエンコーディング遺伝子の予測」Nucleic Acids Research . 34 (12): 3484– 3493. doi :10.1093/nar/gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723 .

[6] Sun X, Zhulin I, Wartell RM (2002年9月). 「RNA結合タンパク質Hfqの予測構造と系統分布」. Nucleic Acids Research . 30 (17): 3662– 3671. doi :10.1093/nar/gkf508. PMC 137430. PMID 12202750 .

[pmid22446041-7] Pelly S, Bishai WR, Lamichhane G (2012年5月). 「結核菌における非コードRNAのスクリーニングにより、感染時に発現するcAMP応答性RNAが明らかになった」. Gene . 500 (1): 85– 92. doi :10.1016/j.gene.2012.03.044. PMC 3340464. PMID 22446041 .

[8] ソランス L、ゴンサロ＝アセンシオ J、サラ C、ベンジャック A、ウプレカー S、ルージュモン J、ギホット C、マラガ W、マルティン C、コール ST (2014 年 5 月)。「PhoP 依存性 ncRNA Mcr7 は結核菌の TAT 分泌システムを調節する」。PLOS 病原体。10 (5) e1004183。土井：10.1371/journal.ppat.1004183。PMC 4038636。PMID 24874799。

[9] Kanniappan P, Ahmed SA, Rajasekaram G, Marimuthu C, Ch'ng ES, Lee LP, Raabe CA, Rozhdestvensky TS, Tang TH (2017年10月). 「結核菌検出のための潜在的バイオマーカーとしての非タンパク質コードRNA遺伝子npcTB_6715のRNAノミック同定と評価」Journal of Cellular and Molecular Medicine . 21 (10): 2276– 2283. doi :10.1111/jcmm.13148. PMC 5618688. PMID 28756649 .