ORF10

Orf10タンパク質、SARS-CoV-2
Orf10タンパク質、SARS-CoV-2
識別子
シンボル	Orf10_SARS-CoV-2
インタープロ	IPR044342

SARS-CoV-2コロナウイルスのゲノム中に発見されたオープンリーディングフレーム

タンパク質ファミリー

ORF10は、 SARS-CoV-2 コロナウイルスのゲノム中に見られるオープンリーディングフレーム（ORF）である。その長さは38コドンである。^{[1]これは、すべての}サルベコウイルス（SARS-CoVを含む）で保存されているわけではない。COVID -19パンデミックをきっかけとした研究では、ORF10はSARS-CoVとSARS-CoV-2の間で保存されていない2つのウイルスアクセサリタンパク質遺伝子の1つとして研究の関心を集め^{[2] 、当初は}正の選択を受けている可能性が高いタンパク質コード遺伝子として説明された。^[3]しかし、SARS-CoV-2アクセサリ遺伝子のリストに含まれることはあるものの、実験的およびバイオインフォマティクスの証拠は、ORF10が機能的なタンパク質コード遺伝子ではない可能性が高いことを示唆している。^[4]

プロパティ

ORF10は、コロナウイルスのヌクレオカプシドタンパク質をコードするN遺伝子の下流に位置し、ゲノムの3'末端に最も近いアノテーション付きオープンリーディングフレームです。38アミノ酸からなる仮説的タンパク質をコードしています。^[1]

表現と機能

ORF10領域を含むサブゲノムRNAは検出されないものの、リボソームフットプリントシグナルは存在するため、自然条件下ではORF10が翻訳される可能性は低い。^{[5]実験的に}過剰発現させた場合、ORF10タンパク質はZYG11Bおよびそのcullin-RINGリガーゼタンパク質複合体と相互作用することが報告されている。^{[6]しかし、この相互作用は}ウイルスライフサイクルのin vitro研究では不要であることが示されている。^[7]

進化

SARS-CoV-2ゲノムの研究では、ORF10は機能的であり、正の選択を受けている可能性が高いと説明されている。^[3]しかし、SARS-CoV-2変異体^[8]や多くのサルベコウイルス配列で未熟な終止コドンが特定されており、推定タンパク質産物はウイルス複製に必須ではないことが示唆されている。^{[4] ORF10の喪失はまた、}in vitro実験条件下では複製に影響を及ぼさないことがわかっている。^[8]バイオインフォマティクス解析を通じて、SARS-CoV-2 ORF10の見かけの配列保存は、タンパク質コード機能によるものではなく、その領域で保存されたRNA二次構造によるものである可能性が示唆されている。 ^[4] ORF10自体を超えて広がる保存領域は、コロナウイルス3' UTRシュードノット領域と重複しており、この二次構造はゲノム複製に関与することが知られている。^[4]

参考文献

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