PHF1

PHF1
利用可能な構造 PDB オーソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 2E5P、2M0O、4HCZ
識別子
エイリアス	PHF1、MTF2L2、PCL1、PHF2、TDRD19C、hPHDフィンガータンパク質1
外部ID	オミム：602881; MGI : 98647;ホモロジーン: 7567;ジーンカード：PHF1; OMA :PHF1 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） キリスト 染色体6（ヒト）[1] バンド 6p21.32 始める 33,410,399 bp [1] 終わり 33,416,453 bp [1]
遺伝子の位置（マウス） キリスト 17番染色体（マウス）[2] バンド 17 A3.3|17 13.6 cM 始める 27,152,026 bp [2] 終わり 27,156,882 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） 上位の表現 左精巣 右精巣 下垂体 下垂体前葉 左卵巣 右卵巣 甲状腺の左葉 甲状腺の右葉 子宮頸管 胃粘膜 上位の表現 顆粒球 接合子 精母細胞 二次卵母細胞 一次卵母細胞 精子細胞 網膜の神経層 足首関節 精細管 嗅内皮質 より多くの参照表現データ バイオGPS より多くの参照表現データ
遺伝子オントロジー 分子機能 DNA結合転写因子活性 金属イオン結合 メチル化ヒストン結合 タンパク質結合 クロマチン結合 ヌクレオソーム結合 配列特異的DNA結合 細胞成分 細胞質 二本鎖切断部位 ESC/E(Z)複合体 核質 微小管形成中心 細胞骨格 核 中心体 生物学的プロセス ヒストンH3-K27メチル化の負の制御 転写の制御、DNAテンプレート 転写、DNAテンプレート DNA損傷刺激に対する細胞応答 ヒストンのメチル化の制御 遺伝子発現の負の調節、エピジェネティック ヒストンH3-K27メチル化の正の制御 クロマチン組織 転写の正の制御、DNAテンプレート 出典：Amigo / QuickGO
オーソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 5252 21652 アンサンブル ENSG00000112511 ENSG00000225553 ENSG00000239756 ENSMUSG00000024193 ユニプロット O43189 Q9Z1B8 RefSeq (mRNA) NM_002636 NM_024165 NM_009343 NM_001302397 RefSeq（タンパク質） NP_002627 NP_077084 NP_001289326 NP_033369 場所（UCSC） 6章: 33.41 – 33.42 Mb 17章: 27.15 – 27.16 Mb PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
人間の表示/編集 マウスの表示/編集

PHDフィンガータンパク質1は、ヒトではPHF1遺伝子によってコードされるタンパク質である。^{[5] [6] [7]}

関数

この遺伝子は、ショウジョウバエの Polycomblikeと高い配列相同性を示すタンパク質をコードしています。コードされているタンパク質は、他の種類のジンクフィンガーモチーフとは異なる、典型的なCys4-His-Cys3配列を示すジンクフィンガー様PHD （植物ホメオドメイン）フィンガーを含んでいます。PHDフィンガー遺伝子は、クロマチン構造に影響を及ぼすことで真核生物の遺伝子発現に影響を与える可能性のある、多様な転写制御因子群に属すると考えられています。この遺伝子には2つの転写バリアントが見つかっています。^[7]

参考文献

1. ENSG00000225553, ENSG00000239756 GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000112511, ENSG00000225553, ENSG00000239756 – Ensembl、2017年5月
2. GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000024193 – Ensembl、2017年5月
3. 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
4. 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
5. Coulson M, Robert S, Eyre HJ, Saint R (1998年3月). 「ショウジョウバエのポリコーム様遺伝子と配列類似性を持つヒト遺伝子の同定と局在」. Genomics . 48 (3): 381–3 . doi :10.1006/geno.1997.5201. PMID  9545646.
6. Hong Z, Jiang J, Lan L, Nakajima S, Kanno S, Koseki H, Yasui A (2008年5月). 「ポリコームグループタンパク質PHF1はヒト細胞におけるDNA二本鎖切断への応答に関与している」. Nucleic Acids Research . 36 (9): 2939–47 . doi :10.1093/nar/gkn146. PMC 2396414. PMID  18385154 . 
7. 「Entrez Gene: PHF1 PHD フィンガー タンパク質 1」。

さらに読む

• Cao R, Wang H, He J, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (2008年3月). 「H3K27メチル化およびHox遺伝子サイレンシングにおけるhPHF1の役割」. Molecular and Cellular Biology . 28 (5): 1862–72 . doi :10.1128/MCB.01589-07. PMC 2258785.  PMID 18086877  .
• O'Connell S, Wang L, Robert S, Jones CA, Saint R, Jones RS (2001年11月). 「ポリコーム様PHDフィンガーはゼステタンパク質エンハンサーとの保存された相互作用を媒介する」. The Journal of Biological Chemistry . 276 (46): 43065–73 . doi : 10.1074/jbc.M104294200 . PMID  11571280.
• 鈴木雄三、中川吉智、丸山健、須山明生、菅野誠一（1997年10月）「全長エンリッチドcDNAライブラリーおよび5'末端エンリッチドcDNAライブラリーの構築と特性解析」Gene . 200 ( 1–2 ): 149–56 . doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID  9373149.
• 丸山 憲治、菅野 誠（1994年1月）. 「オリゴキャッピング：真核生物mRNAのキャップ構造をオリゴリボヌクレオチドで置換する簡便法」.遺伝子. 138 ( 1–2 ): 171–4 . doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.

外部リンク

• PHF1+タンパク質、+ヒト 米国国立医学図書館医学件名表題集（MeSH）

この記事には、パブリック ドメインである米国国立医学図書館のテキストが組み込まれています。