Q(ソフトウェア)

分子動力学シミュレーションソフトウェア
質問
原作者ヨハン・オクヴィスト、ジョン・マレリウス、ポール・バウアー、リン・カマーリン
開発者スウェーデンウプサラ大学の Q 開発チームUppsala Molekylmekaniska HB
初回リリース1999年; 26年前 (1999年
安定版リリース
6.0 / 2017 ; 8年前 (2017年
リポジトリ
  • github.com/qusers/qsource
書かれたフォートラン
オペレーティング·システムLinuxmacOSCygwinによるWindows、その他のUnix
プラットフォームx86x86-64
入手可能な英語
タイプ分子動力学シミュレーション
ライセンスオープンソースGNU 一般公衆利用許諾書 バージョン 2 ( GPLv2 )
Webサイトgithub.com/qusers/Q6

Qは分子動力学(MD)シミュレーション用のコンピュータソフトウェアパッケージです(現在のリリース:Q6)。他のMDコードとは異なり、Qは開発当初(Marelius et al. 1998)から3種類の自由エネルギー計算に特化しています。これらの計算は、経験的原子価結合(EVB)、自由エネルギー摂動法(FEP)、線形相互作用エネルギー(LIE)といった手法に基づいており、最近では二分量子古典経路(BQCP)アプローチを用いた 経路積分計算もサポートしています。

このプログラムが特化した手法は、 タンパク質核酸におけるエネルギーバランスの定量的な計算結果を返すことができます。ミトコンドリアリボソームの翻訳機構におけるエネルギー特性の詳細(Lind et al. 2013)や酵素反応の詳細(Mones et al. 2013)など、生化学における重要な問題への洞察を提供します。

このプログラムは、力場に依存しないという点でGROMACSに似ています。つまり、力場は提供されませんが、CHARMMAMBEROPLSGROMOSなどの一般的な力場を使用できます。

このソフトウェアは、 qdynと呼ばれる分子動力学のための主要なユーティリティ 1 つと、 qprep (X 線座標から入力ファイルを準備する)、qfep (FEP の MD 計算を処理する)などのさまざまなサブプログラムを提供します。

実行する一般的なコマンド

Q を実行するための一般的なコマンドは他の MD プログラムのコマンドと非常に似ており、ダイナミクス実行の構文は次のとおりです。

qdyn inputfile.inp > outputfile.out

qdyn– これはダイナミクスを実行するメイン プログラムの名前です。

inputfile.inp– これは、シミュレーションの長さやタイムステップ、シミュレートされる温度など、プログラムのすべてのオプションを指定するテキスト ファイルです。

outputfile.out– これはエネルギー計算結果の詳細な説明を提供する出力ファイルです。出力ファイルの情報の詳細度は入力ファイルで制御されます。出力では、溶媒溶液、そしてそれらの間の相互作用について、ファンデルワールス力静電相互作用などの非結合相互作用の詳細な報告に重点が置かれます

参照

参考文献

  • Marelius J.、Kolmodin K.、Feierberg I.、Åqvist J. (1998).「Q: 生体分子系における自由エネルギー計算と経験的原子価結合シミュレーションのための分子動力学プログラム」、Journal of Molecular Graphics and Modelling16、213-225
  • Lind C.、Sund J.、Åqvist J. (2013).「ミトコンドリア解離因子のコドン読み取り特異性と非標準終止コドンでの翻訳終結」Nature Communications , 4,2940 .
  • Mones L.、Tang W.、Florian J. (2013). 「炭疽菌浮腫因子によるATPからcAMPへの変換の化学メカニズムに関する経験的原子価結合シミュレーション」、生化学52、2672-2682
  • 公式サイト
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