SBDS

SBDS
利用可能な構造
PDBオーソログ検索: PDBe RCSB
識別子
エイリアスSBDS、SDS、SWDS、CGI-97、SBDS リボソーム組み立てグアニンヌクレオチド交換因子、リボソーム成熟因子、SBDS リボソーム成熟因子、SDO1
外部IDオミム: 607444 ; MGI : 1913961 ;ホモロジーン: 6438 ;ジーンカード: SBDS ; OMA : SBDS - オルソログ
オーソログ
種人間ねずみ
エントレズ

51119

66711

アンサンブル

ENSG00000126524

ENSMUSG00000025337

ユニプロット

Q9Y3A5

P70122

RefSeq (mRNA)

NM_016038

NM_023248

RefSeq（タンパク質）

NP_057122

NP_075737

場所（UCSC）7章: 66.99 – 67 MB5章: 130.27 – 130.28 Mb
PubMed検索[ 3 ][ 4 ]
ウィキデータ
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リボソーム成熟タンパク質SBDSは、ヒトにおいてSBDS遺伝子によってコードされるタンパク質である。[ 5 ]代替転写産物が報告されているが、その生物学的性質は解明されていない。この遺伝子には、末端に位置する密接に連鎖した偽遺伝子が存在する。[ 6 ]この遺伝子は、すべての古細菌および真核生物に存在する高度に保存されたタンパク質ファミリーのメンバーをコードしている。

関数

コードされているタンパク質は、リボソームの生合成において重要な役割を果たしている。 SBDS は伸長因子様 GTPase 1 ( Efl1 ) と相互作用して、真核生物開始因子 6 ( eIF6 ) を後期細胞質プレ 60S リボソームサブユニットから解離し、80S の組み立てを可能にする。[ 6 ]リボソーム P サイトにおける SBDS タンパク質の動的回転は、60S リボソームサブユニット上の重複結合部位をめぐる競合を通じて eIF6 の置換を促進する EFL1 の構造スイッチと連動している。[ 7 ]酵母 SBDS オルソログである Sdo1 は、 Efl1 を含む経路内で機能し、後期細胞質プレ 60S リボソームサブユニットからの核小体シャトル因子 Tif6 (酵母 eIF6 オルソログ) の放出とリサイクルを促進する。[ 8 ] SBDS発現のノックダウンは、分化過程にある赤血球系細胞のROS上昇によるアポトーシスの増加をもたらす。ツールチップ活性酸素種レベルである。[ 9 ]したがって、SBDSは正常な赤血球生成にとって重要である。[ 10 ]

このファミリーは、古細菌から脊椎動物、植物に至るまで、幅広い種で高度に保存されています。このファミリーには、マウスとヒトの両方に由来するシュワッハマン・ボディアン・ダイアモンド症候群（SBDS）タンパク質が複数含まれています。シュワッハマン・ダイアモンド症候群は、膵外分泌機能不全、血液機能障害、骨格異常などの臨床的特徴を伴う常染色体劣性疾患です。このファミリーのメンバーはRNA代謝に関与しています。[ 5 ] [ 11 ]

分子量約30kDaの、未解明の親水性タンパク質の多くは、相同性領域を共有している。これには以下が含まれる。

この特定のタンパク質配列は、古細菌から脊椎動物、植物に至るまでの種において高度に保存されている。[ 5 ]

構造

SBDSタンパク質は、N末端の保存されたFYSHドメイン、中央のヘリカルドメイン、およびRNA結合モチーフを含むC末端ドメインの3つのドメインを含む。 [ 9 ]

N末端ドメイン

SBDSタンパク質N末端ドメイン
識別子
シンボルSBDS
ファムPF01172
インタープロIPR019783
プロサイトPDOC00974
SCOP21nyn /スコープ/ SUPFAM
利用可能なタンパク質構造:
PDB  IPR019783 PF01172 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド

このタンパク質ドメインは、シュワッハマン・ボディアン・ダイアモンド症候群の病因となることが多いため、非常に重要であると考えられます。このドメインは、酵母サッカロミセス・セレビシエに見られるYHR087Wというタンパク質と構造および配列において低い相同性を有しています。YHR087WはRNA代謝に関与しているため、SBDSのN末端ドメインも同様の機能を有すると考えられます。[ 11 ]

N末端ドメインには、新しい混合アルファベットフォールド、4つのベータストランド、および3つのベータストランド反平行シートとして配置された4つのアルファヘリックスが含まれています。[ 11 ]

中央ドメイン

このタンパク質ドメインの機能は解明が困難であった。DNAまたはRNAへの結合に関与している可能性が考えられる。また、タンパク質が結合してタンパク質複合体を形成する可能性もある。この特定のドメイン構造は古細菌に見られるため、構造から機能を推測することは困難であった。[ 11 ]

このドメインには非常に一般的な構造である翼状ヘリックス・ターン・ヘリックスが含まれています。[ 11 ]

C末端ドメイン

SBDSタンパク質C末端ドメイン
識別子
シンボルSBDS_C
ファムPF09377
インタープロIPR018978
SCOP21nyn /スコープ/ SUPFAM
利用可能なタンパク質構造:
PDB  IPR018978 PF09377 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド

分子生物学では、SBDS C末端タンパク質ドメインは、古細菌から脊椎動物、植物に至るまでの種で高度に保存されています。[ 5 ]

このファミリーのメンバーはRNA代謝において役割を果たしていると考えられている。[ 11 ]しかし、その正確な機能は未だ解明されていない。さらに、その構造上、タンパク質ドメインの機能を予測することは非常に困難である。[ 11 ]

C末端ドメインの構造にはフェレドキシン様フォールドが含まれています[ 12 ]。この構造は片側に2つのヘリックスを持つ4本鎖βシートを持っています。 [ 11 ]

臨床的意義

この遺伝子の変異はシュワッハマン・ボディアン・ダイアモンド症候群と関連している。[ 6 ]この症候群に関連する最も一般的な2つの変異は、位置183-184（TA→CT）の早期終止コドン（K62X）と、位置258（2T→C）のフレームシフト変異で、終止コドン（C84fsX3）をもたらす。[ 9 ]

参考文献

  1. ^ a b c GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000126524 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ a b c GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000025337 – Ensembl、2017年5月
  3. ^ 「ヒトPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  4. ^ 「マウスPubMedリファレンス：」米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  5. ^ a b c d Boocock GR, Morrison JA, Popovic M, Richards N, Ellis L, Durie PR, Rommens JM (2003年1月). 「SBDSの変異はシュワッハマン・ダイアモンド症候群と関連している」. Nature Genetics . 33 (1): 97– 101. doi : 10.1038 / ng1062 . PMID 12496757. S2CID 5091627 .  
  6. ^ a b c「Entrez Gene: SBDS Shwachman-Bodian-Diamond症候群」。
  7. ^ Weis F, Giudice E, Churcher M, Jin L, Hilcenko C, Wong CC, et al. (2015年11月). 「新生60SリボソームサブユニットからのeIF6放出のメカニズム」 . Nature Structural & Molecular Biology . 22 (11): 914–9 . doi : 10.1038/nsmb.3112 . PMC 4871238. PMID 26479198 .  
  8. ^ Menne TF, Goyenechea B, Sánchez-Puig N, Wong CC, Tonkin LM, Ancliff PJ, et al. (2007年4月). 「シュワッハマン・ボディアン・ダイアモンド症候群タンパク質は酵母におけるリボソームの翻訳活性化を媒介する」Nature Genetics . 39 (4): 486–95 . doi : 10.1038/ng1994 . PMID 17353896 . S2CID 8076230 .  
  9. ^ a b c Orelio C、van der Sluis RM、Verkuijlen P、Nethe M、Hordijk PL、van den Berg TK、Kuijpers TW (2011)。「シュワッハマン・ダイアモンド症候群における突然変異によるSBDSタンパク質の細胞内局在性と移動性の変化」。プロスワン。6 (6) e20727。Bibcode : 2011PLoSO...620727O。土井：10.1371/journal.pone.0020727。PMC 3113850。PMID 21695142。  
  10. ^ Sen S, Wang H, Nghiem CL, Zhou K, Yau J, Tailor CS, et al. (2011年12月). 「リボソーム関連タンパク質SBDSは正常な赤血球生成に不可欠である」. Blood . 118 (24): 6407–17 . doi : 10.1182/blood - 2011-02-335190 . PMID 21963601. S2CID 16823156 .  
  11. ^ a b c d e f g h Savchenko A, Krogan N, Cort JR, Evdokimova E, Lew JM, Yee AA, et al. (2005年5月). 「Shwachman-Bodian-Diamond症候群タンパク質ファミリーはRNA代謝に関与している」 . The Journal of Biological Chemistry . 280 (19): 19213–20 . doi : 10.1074/jbc.M414421200 . PMID 15701634 . 
  12. ^ Shammas C, Menne TF, Hilcenko C, Michell SR, Goyenechea B, Boocock GR, et al. (2005年5月). 「SBDSタンパク質ファミリーの構造および変異解析．白血病関連シュワッハマン・ダイアモンド症候群への洞察」 . The Journal of Biological Chemistry . 280 (19): 19221–9 . doi : 10.1074/jbc.M414656200 . PMID 15701631 . 

さらに読む

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