ホモサピエンスにおけるタンパク質コード遺伝子
| SETD6 |
|---|
|
| 利用可能な構造 |
|---|
| PDB | オーソログ検索: PDBe RCSB |
|---|
|
|
| 識別子 |
|---|
| エイリアス | SETD6、SETドメイン6含有、SETドメイン6含有、タンパク質リジンメチルトランスフェラーゼ |
|---|
| 外部ID | オミム：616424; MGI : 1913333;ホモロジーン: 38743;ジーンカード：SETD6; OMA :SETD6 - オルソログ |
|---|
|
| 遺伝子の位置（マウス） |
|---|
 | | キリスト | 8番染色体（マウス）[2] |
|---|
| | バンド | 8|8 D1 | 始める | 95,715,881 bp [2] |
|---|
| 終わり | 95,719,010 bp [2] |
|---|
|
| RNA発現パターン |
|---|
| ブギー | | 人間 | マウス（相同遺伝子） |
|---|
| 上位の表現 | - 二次卵母細胞
- 膵臓の体
- 小脳の右半球
- 上腕二頭筋腱
- 右卵管
- 甲状腺の右葉
- 甲状腺の左葉
- 小脳虫部
- 下垂体
- 下垂体前葉
|
| | 上位の表現 | - 耳板
- 上行大動脈
- 球形嚢
- 大動脈弁
- 耳小胞
- 外頸動脈
- 内頸動脈
- 近位尿細管
- 接合子
- 卵黄嚢
|
| | より多くの参照表現データ |
|
|---|
| バイオGPS | |
|---|
|
| 遺伝子オントロジー |
|---|
| 分子機能 |
- メチルトランスフェラーゼ活性
- トランスフェラーゼ活性
- タンパク質結合
- NF-κB結合
- タンパク質リジンN-メチルトランスフェラーゼ活性
| | 細胞成分 | | | 生物学的プロセス |
- 幹細胞集団の維持
- ヒストンリジンメチル化
- メチル化
- NF-κB転写因子活性の負の制御
- ペプチジルリジンモノメチル化
- 幹細胞の分化
- 炎症反応の調節
| | 出典：Amigo / QuickGO |
|
| オーソログ |
|---|
| 種 | 人間 | ねずみ |
|---|
| エントレズ | | |
|---|
| アンサンブル | | |
|---|
| ユニプロット | | |
|---|
| RefSeq (mRNA) | | |
|---|
| RefSeq（タンパク質） | | |
|---|
NP_001030295
NP_001355283 |
|
|---|
| 場所（UCSC） | 16章: 58.52 – 58.52 Mb | 8番染色体: 95.72 – 95.72 Mb |
|---|
| PubMed検索 | [3] | [4] |
|---|
|
| ウィキデータ |
|
SETドメイン6は、ヒトにおいてSETD6遺伝子によってコードされるタンパク質である。[5]
SETD6は、核因子κB（NF-κB）のRelAサブユニットをモノメチル化する。RelAのリジン310位におけるモノメチル化（RelAK310me1）は、PKMT G9a様タンパク質（GLP）をリクルートすることにより、RelA標的遺伝子の恒常的抑制につながる。GLPはH3K9me2を触媒し、クロマチンサイレンシングと遺伝子抑制につながる。TNFαおよびリポ多糖による刺激に応答して、PKCzetaによるRelAのセリン311位におけるリン酸化（RelAS311ph）は、GLPとRelAK310me1の相互作用を物理的に阻害し、転写活性化につながる。[6]
SETD6によるPAK4のメチル化はWnt/β-カテニン経路の活性化を促進する。SETD6は、in vitroおよび細胞内クロマチンにおいてPAK4に結合し、メチル化する。様々な細胞株においてSETD6を欠損させると、Wnt/β-カテニン標的遺伝子の発現が劇的に減少する。[7]
SETD6はDJ1に結合するが、メチル化は行わない。基底状態では、SETD6とDJ1はクロマチンに結合し、DJ1を阻害してNrf2の転写活性を活性化する。酸化ストレスに応答して、SETD6のmRNAおよびタンパク質レベルは劇的に減少する。[8]
SETD6は、有糸分裂中にPLK1のK209およびK413に特異的に結合し、メチル化します。SETD6の欠損、およびリジン残基の二重置換（K209/413R）は、PLK1の触媒活性の上昇につながり、様々な有糸分裂段階の加速につながり、早期の細胞質分裂を招きます。[9]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000103037 – Ensembl、2017年5月
- ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000031671 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ “Entrez Gene: SETドメイン含有6”. 2010年12月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年11月1日閲覧。
- ^ Levy D、Kuo AJ、Chang Y、Schaefer U、Kitson C、Cheung P、Espejo A、Zee BM、Liu CL、Tangsombatvisit S、Tennen RI、Kuo AY、Tanjing S、Cheung R、Chua KF、Utz PJ、Shi X、Prinjha RK、Lee K、Garcia BA、Bedford MT、Tarakhovsky A、Cheng X、Gozani O （2011年1月）。 「SETD6によるNF-κBサブユニットRelAのリジンメチル化は、クロマチンでのヒストンメチルトランスフェラーゼGLPの活性とNF-κBシグナル伝達の持続性抑制を結びつける。」自然免疫学。12 (1): 29–36 .土井:10.1038/ni.1968。PMC 3074206。PMID 21131967。
- ^ Vershinin Z, Feldman M, Chen A, Levy D (2016年3月). 「SETD6によるPAK4のメチル化はWnt/β-カテニン経路の活性化を促進する」. The Journal of Biological Chemistry . 291 (13): 6786–95 . doi : 10.1074/jbc.M115.697292 . PMC 4807267. PMID 26841865 .
- ^ Chen A, Feldman M, Vershinin Z, Levy D (2016年2月). 「SETD6は酸化ストレス応答の負の調節因子である」. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - 遺伝子制御メカニズム. 1859 (2): 420–7 . doi :10.1016/j.bbagrm.2016.01.003. PMID 26780326.
- ^ Feldman M, Vershinin Z, Goliand I, Elia N, Levy D (2019年1月). 「メチルトランスフェラーゼSETD6はPLK1のメチル化を介して有糸分裂の進行を制御する」. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 116 (4): 1235– 1240. Bibcode :2019PNAS..116.1235F. doi : 10.1073/pnas.1804407116 . PMC 6347700. PMID 30622182 .
さらに読む
- Weil LE, Shmidov Y, Kublanovsky M, Morgenstern D, Feldman M, Bitton R, Levy D (2018年10月). 「ヒトリジンメチルトランスフェラーゼSETD6のオリゴマー化と自己メチル化」. Journal of Molecular Biology . 430 (21): 4359– 4368. doi :10.1016/j.jmb.2018.08.028. PMID 30189201. S2CID 52167348.
- Kublanovsky M, Aharoni A, Levy D (2018年7月). 「非活性部位相互作用によるPKMT-基質認識の強化」.生化学および生物理学的研究コミュニケーション. 501 (4): 1029– 1033. doi :10.1016/j.bbrc.2018.05.103. PMID 29778536. S2CID 205956659.
- Feldman M, Levy D (2018年1月). 「SETD6メチルトランスフェラーゼの触媒活性に対するペプチド阻害」. Oncotarget . 9 (4): 4875– 4885. doi :10.18632/oncotarget.23591. PMC 5797019. PMID 29435148 .
- マルティン＝モラレス L、フェルドマン M、ヴェルシニン Z、ガレ P、カルデス T、レヴィ D (2017 年 11 月)。 「家族性結腸直腸癌 X 型における SETD6 ドミナントネガティブ変異」。ヒト分子遺伝学。26 (22): 4481–4493 .土井: 10.1093/hmg/ddx336。PMID 28973356。
- Chang Y, Levy D, Horton JR, Peng J, Zhang X, Gozani O, Cheng X (2011年8月). 「SETD6を介したメチルリジンシグナル伝達によるNF-κBネットワーク制御の構造基盤」. Nucleic Acids Research . 39 (15): 6380–9 . doi :10.1093/nar/gkr256. PMC 3159447. PMID 21515635 .
- Levy D, Liu CL, Yang Z, Newman AM, Alizadeh AA, Utz PJ, Gozani O (2011年10月). 「新規リジンメチルトランスフェラーゼ基質の同定に向けたプロテオミクスアプローチ」.エピジェネティクス＆クロマチン. 4 : 19. doi : 10.1186/1756-8935-4-19 . PMC 3212905. PMID 22024134 .
