STX6

STX6
利用可能な構造 PDB オーソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 2NPS、4J2C
識別子
エイリアス	STX6、シンタキシン6
外部ID	オミム：603944; MGI : 1926235;ホモロジーン: 115622;ジーンカード：STX6; OMA :STX6 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） キリスト 染色体1（ヒト）[1] バンド 1q25.3 始める 1億8097万2712塩基対[1] 終わり 1億8102万3121bp [1]
遺伝子の位置（マウス） キリスト 染色体1（マウス）[2] バンド 1|1 G3 始める 155,034,461 bp [2] 終わり 155,084,002 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） 上位の表現 二次卵母細胞 内皮細胞 歯肉上皮 神経節隆起 ブロードマン野23 太ももの皮膚 ヒップの皮膚 単球 一次視覚野 軟骨組織 上位の表現 外頸動脈 内頸動脈 吻側回遊流 結膜円蓋 水晶体上皮 髄質集合管 心内膜クッション 毛包 左肺葉 生殖腺隆起 より多くの参照表現データ バイオGPS 該当なし
遺伝子オントロジー 分子機能 タンパク質結合 シンタキシン結合 SNAP受容体活性 SNARE結合 細胞成分 膜 細胞膜 SNARE複合体 初期エンドソーム 貪食小胞 細胞質の核周囲領域 クラスリン被覆小胞 トランスゴルジネットワーク 膜の不可欠な構成要素 ゴルジ膜 トランスゴルジネットワーク膜 ゴルジ体 核質 細胞質 シナプス小胞 シナプス小胞膜の不可欠な構成要素 内膜系 生物学的プロセス エンドソーム組織 タンパク質の局在の制御 小胞ドッキング 逆行輸送、エンドソームからゴルジ体へ ゴルジ小胞輸送 タンパク質輸送 小胞融合 ゴルジリボンの形成 小胞輸送 細胞内タンパク質輸送 エンドサイトーシスリサイクル シナプス小胞からエンドソームへの融合 出典：Amigo / QuickGO
オーソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 10228 58244 アンサンブル ENSG00000135823 ENSMUSG00000026470 ユニプロット O43752 Q9JKK1 RefSeq (mRNA) NM_001286210 NM_005819 NM_021433 RefSeq（タンパク質） NP_001273139 NP_005810 NP_067408 場所（UCSC） 1章: 180.97 – 181.02 Mb 1 章: 155.03 – 155.08 Mb PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
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シンタキシン6は、ヒトではSTX6遺伝子によってコードされるタンパク質である。^{[5] [6]}

相互作用

STX6はSNAP23、^{[7] 、} VAMP3 ^[8]、VAMP4と相互作用することが示されている。^[8]

N末端タンパク質ドメイン

シンタキシン6のN末端タンパク質ドメインは、 エンドソーム輸送小胞に存在する可溶性のN-エチルマレイミド感受性因子結合タンパク質受容体（SNARE）である。これは標的SNARE（t-SNARE）ファミリーの一部であり、細胞輸送と呼ばれるプロセスを通じて細胞内貨物の輸出入に重要な役割を果たしている。そのSNAREモチーフはシンタキシン1aとS25Cの両方に高い相同性を示し、進化的保存による類似性を示している。シンタキシン6のN末端ドメインの構造は、配列類似性は非常に低いものの、シンタキシン1a、Sso1p、およびVam3pのN末端ドメインと高い構造類似性を示している。SNAREは基本的に小胞を保持するつなぎ鎖として機能する。輸送小胞と標的膜に存在するSNAREの細胞質領域が相互作用し、4ヘリックスコイルドコイルが形成される。これは細胞膜と小胞を結びつけ、 2つの脂質二重層の融合におけるエネルギー障壁を克服する。これが細胞内貨物の交換である。本稿では、シンタキシン6のN末端ドメインに焦点を当てる。^[9]

構造

このエントリーのメンバーは、様々なSNAREタンパク質のアミノ末端に存在し、反平行3ヘリックス束からなる構造をとる。その正確な機能は解明されていないが、SNAREモチーフを制御すること、および膜輸送に関与する様々なタンパク質間相互作用を媒介することが知られている。 ^[10]

関数

SNAREは細胞内輸送において重要な役割を果たしている。小胞はSNAREタンパク質の助けを借りて細胞膜に融合する。SNAREモチーフは4ヘリックス束を形成し、2つの膜の融合に寄与する。より具体的には、N末端ドメインがSNAREモチーフに結合し、この分子内相互作用によってパートナーのSNAREとの結合速度が低下する。しかしながら、N末端ドメインの機能はまだ完全には解明されていない。^[10]

参考文献

1. GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000135823 – Ensembl、2017年5月
2. GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000026470 – Ensembl、2017年5月
3. 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
4. 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
5. Martín-Martín B, Nabokina SM, Lazo PA, Mollinedo F (1999年3月). 「好中球および分化HL-60細胞における複数のヒトシンタキシン遺伝子の共発現：変異アイソフォームとシンタキシン1の検出」(PDF) . Journal of Leukocyte Biology . 65 (3): 397– 406. doi :10.1002/jlb.65.3.397. hdl : 10261/59829 . PMID  10080545. S2CID  18988377.
6. 「Entrez Gene: STX6 シンタキシン 6」。
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8. Mallard F, Tang BL, Galli T, Tenza D, Saint-Pol A, Yue X, et al. (2002年2月). 「初期／リサイクリングエンドソームからTGNへの輸送には2つのSNARE複合体とRab6アイソフォームが関与する」. The Journal of Cell Biology . 156 (4): 653– 64. doi :10.1083/jcb.200110081. PMC 2174079. PMID 11839770  . 
9. Jung JJ, Inamdar SM, Tiwari A, Choudhury A (2012年8月). 「シンタキシン6による細胞内膜輸送と細胞ダイナミクスの制御」. Bioscience Reports . 32 (4): 383–91 . doi :10.1042/BSR20120006. PMC 3392101. PMID  22489884 . 
10. Misura KM, Bock JB, Gonzalez LC, Scheller RH, Weis WI (2002年7月). 「SNAP-25 Cホモログであるシンタキシン6のアミノ末端ドメインの3次元構造」. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 99 (14): 9184–9 . doi : 10.1073/pnas.132274599 . PMC 123115. PMID  12082176 . 

さらに読む

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• Bock JB, Lin RC, Scheller RH (1996年7月). 「細胞内輸送小胞への標的化に関与する新規シンタキシンファミリーメンバー」. The Journal of Biological Chemistry . 271 (30): 17961–5 . doi : 10.1074/jbc.271.30.17961 . PMID  8663448.
• Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, et al. (1997年4月). 「大規模連結cDNAシークエンシング」. Genome Research . 7 (4): 353–8 . doi :10.1101/gr.7.4.353. PMC 139146.  PMID 9110174  .
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外部リンク

• UCSC ゲノム ブラウザにおける STX6 ヒト遺伝子の位置。
• UCSC ゲノム ブラウザにおける STX6 ヒト遺伝子の詳細。