アダム・C・シーペル
アメリカの計算生物学者（1972年生まれ）
アダム・シーペル
2009 年の Adam Siepel。
生まれる
アダム・C・シーペル

（1972年6月24日）1972年6月24日（53歳）
アメリカ合衆国
母校
知られている進化的に保存された配列
受賞歴
科学者としてのキャリア
フィールド
機関
論文比較哺乳類ゲノミクス：進化モデルと機能要素の検出 （2005）
博士課程の指導教員デビッド・ハウスラー
Webサイトsiepellab.labsites.cshl.edu

アダム・C・シーペル（1972年生まれ）は、比較ゲノミクスと集団遺伝学、特に進化的に保存された配列を識別するための統計的手法とソフトウェアツールの開発に関する研究で知られるアメリカの計算生物学者です。[1] [2] [3] [4]シーペルは現在、コールド・スプリング・ハーバー研究所 のシモンズ定量生物学センター長とワトソン生物科学スクールの教授を務めています。[5]

教育とキャリア

シーペル氏は1994年にコーネル大学で農業生物工学の学士号を取得し、その後1996年までロスアラモス国立研究所に勤務しました。1996年から2001年までは、サンタフェにある国立ゲノム資源センターでソフトウェア開発者として勤務し、ニューメキシコ大学でコンピュータサイエンスの修士号を取得しました。2005年にはカリフォルニア大学サンタクルーズ校でコンピュータサイエンスの博士号を取得しました。 2006年から2014年までコーネル大学で教鞭をとり、2014年にコールド・スプリング・ハーバー研究所に異動しました。

研究

シーペル氏は、コンピュータサイエンス、統計学、進化生物学、ゲノミクスが交わる領域における様々な問題に取り組んできた。ロスアラモス国立研究所では、組み換えHIV株を検出するための系統学的手法を開発し[6] 、国立ゲノム資源センターでは、異種のバイオインフォマティクスデータベース、分析ツール、視覚化プログラムを統合する技術であるISYSの開発を主導した[7] 。シーペル氏はまた、ニューメキシコ大学のバーナード・モレ氏と共同で、ゲノム再構成に基づく系統発生再構築 のアルゴリズムに関する理論的研究も行った[8]。シーペル氏はソフトウェア開発を離れ、カリフォルニア大学サンタクルーズ校のデイビッド・ハウスラー研究室 に加わった後、比較ゲノミクスの計算問題に目を向けた。ハウスラーのグループでは、系統学的隠れマルコフモデルに基づくいくつかの解析手法を開発しました。その中には、ゲノム配列中の進化的に保存された配列を識別するためのphastConsと呼ばれる広く使用されているプログラムが含まれています。[9]

コーネル大学では、シーペルの研究グループは保存された非コード配列の同定と特徴付けの研究を継続しました。彼らはまた、ヒト加速領域を含むコード領域[10]と非コード領域[11]の両方で急速に進化する配列を研究しました。近年、シーペル研究室はヒト集団遺伝学にますます重点を置いており、人類初期の歴史で主要な集団グループが最初に分岐した時期を推定する方法[12] 、転写因子結合部位に対する自然選択の影響を測定する方法[13]、およびヒトゲノム全体の突然変異が適応度の結果をもたらす確率を推定する方法[14]を開発しています。このグループはまた、ジョン・T・リスの研究室 と密接に協力して、転写制御 の研究プログラムを活発に実施しています。

シーペルの研究における共通のテーマは、ゲノムが時間とともに進化する複雑なプロセスを精密に記述する数理モデルの開発である。彼の研究グループは、これらのモデルをコンピュータサイエンスと統計学の技術と組み合わせて、過去を考察するとともに、人間の健康にとって実際的な重要性を持つ問題に取り組んでいる。[15]

賞と栄誉

シーペルは2012年にグッゲンハイムフェローシップを受賞しました。[15] また、2007年にはデイビッド・アンド・ルシール・パッカード科学技術フェローシップ、2007年にはマイクロソフトリサーチファカルティフェローシップ、 2009年にはスローンリサーチフェローシップも受賞しました。

参考文献

  1. ^ ab Adam C. Siepelの出版物はGoogle Scholarに索引付けされている
  2. ^ Adam C. Siepelの出版物はScopus書誌データベースに索引付けされています。（購読が必要です）
  3. ^ Brian Couger, M.; Pipes, L.; Squina, F.; Prade, R.; Siepel, A.; Palermo, R.; Katze, MG; Mason, CE; Blood, PD (2014). 「Blacklightによる大規模次世代シーケンスアセンブリの実現」.並行性と計算：実践と経験. 26 (13): 2157– 2166. doi :10.1002/cpe.3231. PMC  4185199. PMID  25294974 .
  4. ^ ENCODEプロジェクトコンソーシアム; Birney E ; Stamatoyannopoulos JA ; Dutta A ; Guigó R; Gingeras TR; Margulies EH; Weng Z; Snyder M; Dermitzakis ET; et al. (2007). 「ENCODEパイロットプロジェクトによるヒトゲノム1%の機能要素の同定と解析」Nature . 447 (7146): 799– 816. Bibcode :2007Natur.447..799B. doi :10.1038/nature05874. PMC 2212820. PMID  17571346 . 
  5. ^ アダム・シーペルの履歴書。
  6. ^ Siepel, AC; Halpern, AL; MacKen, C; Korber, BT (1995). 「HIVタイプ1のサブタイプ間組換え配列を迅速にスクリーニングするために設計されたコンピュータプログラム」. AIDS研究とヒトレトロウイルス. 11 (11): 1413–6 . doi :10.1089/aid.1995.11.1413. PMID  8573400.
  7. ^ Siepel, A.; Farmer, A.; Tolopko, A.; Zhuang, M.; Mendes, P.; Beavis, W.; Sobral, B. (2001). 「ISYS：異種バイオインフォマティクスリソースの統合に向けた分散型コンポーネントベースアプローチ」. Bioinformatics . 17 (1): 83– 94. doi :10.1093/bioinformatics/17.1.83. PMID  11222265.
  8. ^ Siepel, AC (2003). 「符号付き順列のソート反転を列挙するアルゴリズム」(PDF) . Journal of Computational Biology . 10 ( 3–4 ): 575–97 . CiteSeerX 10.1.1.114.8797 . doi :10.1089/10665270360688200. PMID  12935346. 
  9. ^ Siepel, A.; Bejerano, G; Pedersen, JS; Hinrichs, AS; Hou, M; Rosenbloom, K; Clawson, H; Spieth, J; Hillier, LW; Richards, S; Weinstock, GM; Wilson, RK; Gibbs, RA; Kent, WJ; Miller, W; Haussler, D (2005). 「脊椎動物、昆虫、虫、酵母ゲノムにおける進化的に保存された要素」. Genome Research . 15 (8): 1034–50 . doi :10.1101/gr.3715005. PMC 1182216. PMID 16024819  . 
  10. ^ Kosiol, C.; Vinař, T. Š.; Da Fonseca, RR; Hubisz, MJ; Bustamante, CD; Nielsen, R.; Siepel, A. (2008). 「6つの哺乳類ゲノムにおける正の選択パターン」. PLOS Genetics . 4 (8) e1000144. doi : 10.1371/journal.pgen.1000144 . PMC 2483296. PMID  18670650 . 
  11. ^ Pollard, KS; Hubisz, MJ; Rosenbloom, KR; Siepel, A. (2009). 「哺乳類の系統発生における非中立的置換率の検出」. Genome Research . 20 (1): 110–21 . doi :10.1101/gr.097857.109. PMC 2798823. PMID  19858363 . 
  12. ^ Gronau, I.; Hubisz, MJ; Gulko, B.; Danko, CG; Siepel, A. (2011). 「個体ゲノム配列を用いた古代人類の人口統計のベイズ推定」Nature Genetics . 43 (10): 1031–4 . doi :10.1038/ng.937. PMC 3245873. PMID 21926973  . 
  13. ^ Arbiza, L.; Gronau, I.; Aksoy, BA; Hubisz, MJ; Gulko, B.; Keinan, A.; Siepel, A. (2013). 「ヒト転写因子結合部位における自然選択のゲノムワイドな推論」Nature Genetics . 45 (7): 723– 729. doi :10.1038/ng.2658. PMC 3932982. PMID 23749186  . 
  14. ^ Gulko, B.; Hubisz, MJ; Gronau, I.; Siepel, A. (2015). 「ヒトゲノム全体における点突然変異の適応度結果の確率を計算する方法」Nature Genetics . 47 (3): 276– 283. doi :10.1038/ng.3196. PMC 4342276. PMID 25599402  . 
  15. ^ グッゲンハイムのプロフィール。2012年4月18日アーカイブ、Wayback Machineより
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