シュターデンパッケージ

シュターデンパッケージ
シュターデンパッケージ
原作者	ロジャー・スタデン
開発者	ジェームズ・ボンフィールド他
初回リリース	1977年; 49年前（1977年）
安定版リリース	2.0.0b9 / 2012年1月24日; 13年前（2012年1月24日）
プレビューリリース	2.0.0b11 / 2016年4月25日; 9年前（2016年4月25日）
リポジトリ	sourceforge.net/projects/staden
書かれた	C、C++、Fortran、Tcl
オペレーティング·システム	Unix、Linux、macOS、Windows
プラットフォーム	IA-32、x86-64
入手可能な	英語
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	BSD 3節
Webサイト	staden.sourceforge.net

DNA配列アセンブリソフトウェア

Stadenパッケージは、DNA配列のアセンブリ、編集、および配列解析のためのツールセットであるコンピュータソフトウェアです。BSD 3条項ライセンスに基づいてリリースされたオープンソースソフトウェアです。

パッケージコンポーネント

Stadenパッケージは複数の異なるプログラムで構成されています。主なコンポーネントは次のとおりです。

pregap4 – Phredによるベースコール、エンドクリッピング、ベクタートリミング
trev – トレースの表示と編集
gap4 – 配列アセンブリ、コンティグ編集、およびフィニッシング
gap5 – NGSデータのアセンブリ可視化、編集、仕上げ^[1]
スピン - DNAおよびタンパク質配列解析

歴史

Stadenパッケージは、1977年以来、英国ケンブリッジの医学研究会議（MRC）分子生物学研究所のRodger Stadenのグループによって開発されました。 ^[2]^[3]^[4]このパッケージは学術ユーザーには無料で提供され、2003年には2,500のライセンスが発行され、さらなる開発のための資金が終了した時点で約10,000人のユーザーがいました。^{[5]このパッケージは2004年に}オープンソースに変換され、それ以来いくつかの新しいバージョンがリリースされています。

活発な開発の年月の間に、シュターデングループは、SCFファイル形式^[6] 、正確なコンセンサス配列を生成するための配列品質スコアの使用^{[7] 、ZTRファイル形式}^[8]など、広く使用されているファイル形式とアイデアを数多く発表しました。

参照

参考文献

^ Bonfield JK, Whitwham A (2010). 「Gap5—10億フラグメント配列アセンブリの編集」.バイオインフォマティクス. 26 (14): 1699– 1703. doi :10.1093/bioinformatics/btq268. PMC 2894512. PMID 20513662 .
^ Staden R (1979). 「コンピュータプログラムを用いたDNAシーケンシング戦略」. Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601– 2610. doi :10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874. PMID 461197 .
^ Staden R (1984). 「DNA配列の決定と解析を支援するコンピュータ手法」Biochem Soc Trans . 12 (6): 1005– 1008. doi :10.1042/bst0121005. PMID 6397374.
^ Staden R, Beal KF, Bonfield JK (2000). The Staden package, 1998 . Methods Mol Biol. Vol. 132. pp. 115– 130. doi :10.1385/1-59259-192-2:115. ISBN 1-59259-192-2. PMID 10547834。
^ 「英国のMRCがシュターデン・パッケージへの支援を終了：HGP後の資金配分の優先順位変更の最初の兆候か？」Genomeweb . Genomeweb LLC. 2003年5月5日. 2016年11月15日閲覧。
^ Dear S, Staden R (1992). 「DNAシーケンシング機器のデータのための標準ファイルフォーマット」. DNA Seq . 3 (2): 107– 110. doi :10.3109/10425179209034003. PMID 1457811.
^ Bonfield JK, Staden R (1995). 「塩基呼び出し精度の数値推定値のDNAシークエンシングプロジェクトへの応用」Nucleic Acids Res . 23 (8): 1406– 1410. doi :10.1093/nar/23.8.1406. PMC 306869 . PMID 7753633.
^ Bonfield JK, Staden R (2002). 「ZTR: DNA配列トレースデータの新しいフォーマット」.バイオインフォマティクス. 18 (1): 3– 10. doi : 10.1093/bioinformatics/18.1.3 . PMID 11836205.

外部リンク

公式サイト

[Bonfield2010-1] Bonfield JK, Whitwham A (2010). 「Gap5—10億フラグメント配列アセンブリの編集」.バイオインフォマティクス. 26 (14): 1699– 1703. doi :10.1093/bioinformatics/btq268. PMC 2894512. PMID 20513662 .

[Staden1979ay-2] Staden R (1979). 「コンピュータプログラムを用いたDNAシーケンシング戦略」. Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601– 2610. doi :10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874. PMID 461197 .

[Staden1984to-3] Staden R (1984). 「DNA配列の決定と解析を支援するコンピュータ手法」Biochem Soc Trans . 12 (6): 1005– 1008. doi :10.1042/bst0121005. PMID 6397374.

[Staden2000xp-4] Staden R, Beal KF, Bonfield JK (2000). The Staden package, 1998 . Methods Mol Biol. Vol. 132. pp. 115– 130. doi :10.1385/1-59259-192-2:115. ISBN 1-59259-192-2. PMID 10547834。

[5] 「英国のMRCがシュターデン・パッケージへの支援を終了：HGP後の資金配分の優先順位変更の最初の兆候か？」Genomeweb . Genomeweb LLC. 2003年5月5日. 2016年11月15日閲覧。

[Dear1992il-6] Dear S, Staden R (1992). 「DNAシーケンシング機器のデータのための標準ファイルフォーマット」. DNA Seq . 3 (2): 107– 110. doi :10.3109/10425179209034003. PMID 1457811.

[Bonfield1995jx-7] Bonfield JK, Staden R (1995). 「塩基呼び出し精度の数値推定値のDNAシークエンシングプロジェクトへの応用」Nucleic Acids Res . 23 (8): 1406– 1410. doi :10.1093/nar/23.8.1406. PMC 306869 . PMID 7753633.

[Bonfield2002rf-8] Bonfield JK, Staden R (2002). 「ZTR: DNA配列トレースデータの新しいフォーマット」.バイオインフォマティクス. 18 (1): 3– 10. doi : 10.1093/bioinformatics/18.1.3 . PMID 11836205.