StarBase（生物学データベース）

スターベース
コンテンツ
説明	Argonaute CLIP-Seq および Degradome-Seq データからのmicroRNA - mRNA相互作用マップ。
接触
研究センター	中山大学
研究室	文部省遺伝子工学重点実験室
著者	ヤン・ジャンファ
主な引用	ヤンら（2011）
発売日	2010
アクセス
Webサイト	http://starbase.sysu.edu.cn/

StarBase ^[2]は、CLIP-Seq (HITS-CLIP、PAR-CLIP、iCLIP、CLASH ⁾およびデグラドームシーケンスデータからmiRNA - mRNA 、 miRNA - lncRNA、^[3] miRNA -sncRNA、miRNA-circRNA、^[3] miRNA-擬似遺伝子、タンパク質-lncRNA 、 [4] タンパク質-ncRNA、タンパク質 -mRNA相互作用、およびceRNA ネットワーク^[5]をデコードするためのデータベースです。^[1]^{[6] StarBase は、miRNA および ceRNA}^[7]調節ネットワークから ncRNA (miRNA、lncRNA、擬似遺伝子) およびタンパク質コード遺伝子の機能を予測するための miRFunction および ceRNAFunction Web ツールを提供します。 StarBase はまた、The Cancer Genome Atlas (TCGA) データポータルから 14 種類の癌 (6,000 を超えるサンプルを含む) の臨床プロファイルと発現プロファイルをマイニングして、lncRNA、miRNA、ceRNA、および RNA 結合タンパク質 (RBP) の Pan-Cancer Analysis Networks を解読するための Pan-Cancer Analysis Platform も開発しました。

参照

参考文献

^ ab Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (2011年1月). 「starBase: Argonaute CLIP-SeqおよびDegradome-SeqデータからmicroRNA-mRNA相互作用マップを探索するためのデータベース」Nucleic Acids Res . 39 (データベース号). イギリス: D202-9. doi :10.1093/nar/gkq1056. PMC 3013664. PMID 21037263 .
^ 「starBaseまたはENCORI：RNAインタラクトーム百科事典の解読」rnasysu.com。
^ ab 「LncRNABase miRNA-lncRNA相互作用：miRNA-lncRNA相互作用マップのデコード」starbase.sysu.edu.cn . 2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。
^ 「RBP-LncRNA相互作用、starBase：RNA-LncRNA相互作用マップのデコード」starbase.sysu.edu.cn。2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。
^ 「CeRNABase starBase: CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH) データからのceRNA制御ネットワークのデコード。競合する内因性RNA (CeRNA)」。2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年12月8日閲覧。
^ Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (2013年12月1日). 「starBase v2.0：大規模CLIP-SeqデータからのmiRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA、およびタンパク質-RNA相互作用ネットワークのデコード」. Nucleic Acids Research . 42 (1): D92-7. doi :10.1093/nar/gkt1248. PMC 3964941. PMID 24297251 .
^ 「Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network. StarBase: CLIP-Seq(PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH)データからのmiRNA-target、miRNA-ceRNA、タンパク質-RNA相互作用マップのデコード」starbase.sysu.edu.cn . 2014年3月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2022年1月13日閲覧。

外部リンク

「StarBaseへようこそ」。2011年2月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。

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[pmid21037263-1] Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (2011年1月). 「starBase: Argonaute CLIP-SeqおよびDegradome-SeqデータからmicroRNA-mRNA相互作用マップを探索するためのデータベース」Nucleic Acids Res . 39 (データベース号). イギリス: D202-9. doi :10.1093/nar/gkq1056. PMC 3013664. PMID 21037263 .

[2] 「starBaseまたはENCORI：RNAインタラクトーム百科事典の解読」rnasysu.com。

[starbase.sysu.edu.cn-3] 「LncRNABase miRNA-lncRNA相互作用：miRNA-lncRNA相互作用マップのデコード」starbase.sysu.edu.cn . 2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。

[4] 「RBP-LncRNA相互作用、starBase：RNA-LncRNA相互作用マップのデコード」starbase.sysu.edu.cn。2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。

[5] 「CeRNABase starBase: CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH) データからのceRNA制御ネットワークのデコード。競合する内因性RNA (CeRNA)」。2013年9月22日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年12月8日閲覧。

[6] Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (2013年12月1日). 「starBase v2.0：大規模CLIP-SeqデータからのmiRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA、およびタンパク質-RNA相互作用ネットワークのデコード」. Nucleic Acids Research . 42 (1): D92-7. doi :10.1093/nar/gkt1248. PMC 3964941. PMID 24297251 .

[7] 「Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network. StarBase: CLIP-Seq(PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH)データからのmiRNA-target、miRNA-ceRNA、タンパク質-RNA相互作用マップのデコード」starbase.sysu.edu.cn . 2014年3月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2022年1月13日閲覧。