ターゲットスキャン
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研究室デビッド・バーテル研究室
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Webサイトhttp://www.targetscan.org

バイオインフォマティクスにおいて、TargetScanは、各miRNAのシード領域に一致する部位の存在を検索することで、miRNAの生物学的標的を予測するウェブサーバーです。 [ 1 ]多くの種では、3'-補償部位[ 1 ]として知られる他の種類の部位も特定されています。これらのmiRNA標的予測は、 David Bartelの研究室とホワイトヘッド研究所バイオインフォマティクスおよび研究コンピューティンググループによって定期的に更新・改良されています。

TargetScanにはTargetScanHuman、[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] TargetScanMouse、[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] TargetScanFish、[ 6 ] [ 7 ] TargetScanFly、[ 8 ] [ 9 ] TargetScanWorm [ 10 ]が含まれており、それぞれヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫の遺伝子を中心に哺乳類、ゼブラフィッシュ、昆虫、線虫の予測を提供しています。

他の標的予測ツールと比較して、TargetScanは各miRNAの予測標的の正確なランキングを提供します。[ 6 ]これらのランキングは、進化的に保存された標的の確率（P CTスコア[ 4 ] ）または抑制の予測される有効性（コンテキスト++スコア） に基づいています。[ 6 ]

TargetScanのもう一つの特徴は、追加のmRNAアノテーションの利用です。特に、TargetScanWormとTargetScanFishは、C.エレガンスとゼブラフィッシュのmRNAモデルに基づいており、 3'非翻訳領域（3' UTR）は、高精度なハイスループット法を用いて実験的に決定されたポリアデニル化部位を用いて定義されています。[ 7 ] [ 10 ]

参考文献

  1. ^ a b Bartel DP (2009). 「マイクロRNA：標的認識と制御機能」 . Cell . 136 (2): 215–33 . doi : 10.1016/j.cell.2009.01.002 . PMC  3794896. PMID  19167326 .
  2. ^ a b Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (2005). 「アデノシンに挟まれた保存されたシード対合は、数千ものヒト遺伝子がマイクロRNAの標的であることを示唆している」 . Cell . 120 (1): 15– 20. doi : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477 . 
  3. ^ a b Grimson A, Farh KK, Johnston WK, Garrett-Engele P, Lim LP, Bartel DP (2007). 「哺乳類におけるマイクロRNAの標的特異性：種子対合を超えた決定因子」 . Mol. Cell . 27 (1): 91– 105. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283. PMID 17612493 .  
  4. ^ a b c Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (2009). 「哺乳類のmRNAのほとんどはマイクロRNAの保存された標的である」 . Genome Res . 19 (1): 92– 105. doi : 10.1101/gr.082701.108 . PMC 2612969. PMID 18955434 .  
  5. ^ a b Garcia DM, Baek D, Shin C, Bell GW, Grimson A, Bartel DP (2011). 「シード対合安定性の弱さと標的部位の豊富さがlsy-6などのマイクロRNAの効率を低下させる」 ( PDF) . Nat. Struct. Mol. Biol . 18 (10): 1139– 46. doi : 10.1038/nsmb.2115 . PMC 3190056. PMID 21909094 .  
  6. ^ a b c d e Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (2015-08-12). 「哺乳類mRNAにおける有効なマイクロRNA標的部位の予測」 . eLife . 4 e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN 2050-084X . PMC 4532895. PMID 26267216 .   
  7. ^ a b Ulitsky I, Shkumatava A, Jan CH, Subtelny AO, Koppstein D, Bell GW, Sive H, Bartel DP (2012). 「ゼブラフィッシュの発達における広範な選択的ポリアデニル化」 . Genome Res . 22 (10): 2054–66 . doi : 10.1101/gr.139733.112 . PMC 3460199. PMID 22722342 .  
  8. ^ Ruby JG, Stark A, Johnston WK, Kellis M, Bartel DP, Lai EC (2007). 「大幅に拡張されたショウジョウバエマイクロRNAセットの進化、生合成、発現、および標的予測」 . Genome Res . 17 (12): 1850–64 . doi : 10.1101/gr.6597907 . PMC 2099593. PMID 17989254 .  
  9. ^ Agarwal, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitsky, I; Bartel, DP (2018年10月4日). 「ショウジョウバエにおけるマイクロRNA標的効果の予測」 . Genome Biology . 19 (1): 152. doi : 10.1186/s13059-018-1504-3 . PMC 6172730. PMID 30286781 .  
  10. ^ a b Jan CH, Friedman RC, Ruby JG, Bartel DP (2011). 「Caenorhabditis elegans 3'UTRの形成、制御、進化」 . Nature . 469 ( 7328): 97– 101. Bibcode : 2011Natur.469...97J . doi : 10.1038/nature09616 . PMC 3057491. PMID 21085120 .  
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