ジンクフィンガータンパク質684
ヒトに存在するタンパク質

ZNF684
識別子
エイリアスZNF684、ジンクフィンガータンパク質684
外部IDHomoloGene : 65042; GeneCards : ZNF684; OMA :ZNF684 - オルソログ
オルソログ
種人間ねずみ
エントレズ

127396

該当なし

アンサンブル

ENSG00000117010

該当なし

ユニプロット

Q5T5D7

該当なし

RefSeq (mRNA)

NM_152373

該当なし

RefSeq（タンパク質）

NP_689586

該当なし

場所（UCSC）1章: 40.53 – 40.55 Mb該当なし
PubMed検索[2]該当なし
ウィキデータ
人間の表示/編集
図1. ヒトZNF684 5' UTR二次構造

ジンクフィンガータンパク質684は、ヒトではZNF684遺伝子によってコードされているタンパク質 である。[3]

遺伝子

ジンクフィンガータンパク質684は、クルッペル関連ボックスタンパク質としても知られています。[4]ヒトでは、ZNF684遺伝子はプラス鎖1q34.2に存在し、40,548,167から40,531,573までの16,594ヌクレオチドにわたります。[5] [6]

トランスクリプト

現在、ZNF684をコードする転写変異体が1つ存在します。[3]この転写変異体はZNF684内に5つのエクソン領域が同定されており、2,019塩基対（bp）にわたります。[5]

タンパク質

図2. ヒトZNF684 3' UTR二次構造

ヒトの ZNF684 タンパク質は、378 個のアミノ酸から構成されています。[4]ヒトの ZNF684 の分子量は 32,945 Da で、基底等電点は 9.06 です。[7] ZNF684 タンパク質には、転写抑制因子として機能するKruppel 関連ボックスA (KRAB-A) ドメインが含まれています。[4] [8] ZNF684 タンパク質には、亜鉛イオンまたは核酸に結合することが知られている 8 つの C2H2 ジンクフィンガー構造モチーフ (zf-C2H2) ドメインがあります。[4] [9] [10]これらのドメインのうち、亜鉛イオン (Zn 2+ ) または核酸の結合に関与する主要なアミノ酸は、システインとヒスチジンです。 [9]ヒトの ZNF684 タンパク質は、リジンとヒスチジンが豊富で、アラニンが不足しています。[11] ZNF684の予測される二次構造は、タンパク質全体にわたってさまざまな数のαヘリックス、βシート、ヘリカルターン、およびコイルを示している。 [12]

規制

遺伝子

組織分布

遺伝子発現の面では、ZNF684はすべてのヒト組織で普遍的に発現しています。[3]マイクロアレイデータは、肝臓内でZNF684の発現が高いことを示しています。[3] [13]これは、肝臓がん患者の肝細胞におけるZNF684の発現が減少していることを示すデータによってさらに裏付けられています。[14]また、腎臓内では他の組織と比較してZNF684の発現が高かった。[3] [13]腎臓がん患者ではZNF684の発現が低下しているという証拠が観察されています。[15]

胎児においては、妊娠10～20週を通して、ZNF684遺伝子の普遍的な発現がすべての組織に見られます。 [3]妊娠20週目には心臓でZNF684の発現レベルが上昇し、腎臓では発現レベルが低下します。[3]

トランスクリプト

RNAfold を使用して、ヒト配列内の 拡張された 5' および 3'非翻訳領域(UTR)に基づいて最小自由エネルギー構造が作成されました (図 1-2)。

タンパク質

ZNF684は核内に局在すると予測されており、これは転写因子としての既知の機能と一致している。[16]また、細胞質内に局在するとも予測されている。[16]

相同性/進化

図 3. 20 種類の異なる胎盤生物種にわたる Kruppel 関連ボックスの ZNF684 多重配列アライメント。
図 4. 20 種類の異なる胎盤哺乳類における ZNF684 ジンクフィンガードメインの多重配列アライメント。

ZNF684遺伝子の相同遺伝子は、真核生物および細菌種全体で見つかっている。[17]厳密な相同遺伝子は胎盤を持つ哺乳類にのみ見つかっている。この遺伝子は、ヒトの相同遺伝子ZFP25とも密接に関連している。[18] ZNF684の厳密な相同遺伝子が存在する様々な種において、C2H2結合部位とクルッペル関連ボックスが保存されていることは明らかである（図3-4）。[19]胎盤を持つ様々な哺乳類種のリストは、ホモ・サピエンスからの分岐時期の中央値に基づいて表1にまとめられている。

表1. 胎盤哺乳類におけるZNF684アイソフォーム1の厳密な相同遺伝子表
属と種 通称 分類群 分岐の中央値日 受入番号 配列長（aa） ヒトタンパク質との配列同一性（％） ヒトタンパク質との配列類似性（）
ホモ・サピエンス 人間 霊長類 0.0 NP_689586.3 378 100.0 100.0
パン・トログロダイト チンパンジー 霊長類 6.4 XP_513358.3 378 98.9 98.9
マカカ・ムラッタ アカゲザル 霊長類 28.8 XP_028691269.1 398 77.3 78.0
ツパイア・チネンシス 中国ツパイ スカンデンティア 85.0 XP_006164992.2 401 75.9 82.6
ヘテロセファルス・グラバー ハダカデバネズミ 齧歯類 87.0 XP_021105597.1 380 79.5 88.7
ヒマ（Castor canadensis） アメリカビーバー 齧歯類 87.0 XP_020027280.1 352 77.3 78.0
オリクトラグス・クニクルス うさぎ ウサギ目 87.0 XP_051713856.1 405 48.2 61.0
オコトナ・クルゾニアエ クロナキウサギ ウサギ目 87.0 XP_040830236.1 407 45.5 61.2
ウシ 牛 偶蹄目 94.0 XP_024845985.1 382 81.2 88.7
バラエノプテラ・リセイ ライスクジラ 偶蹄目 94.0 XP_059753474.1 380 85.0 90.5
クマ ヒグマ 食肉目 94.0 XP_057161231.1 380 86.3 90.8
アシノニクス・ジュバトゥス チーター 食肉目 94.0 XP_053068190.1 380 82.9 89.2
ディセロス・ビコルニス・マイナー 南中部クロサイ 奇蹄目 94.0 XP_058409785.1 380 86.8 91.8
プテロプス・アレクト 大きなオオコウモリ 翼手目 94.0 XP_023377766.1 378 84.2 89.5
ミオティス・ダウベントニイ ドーベントンのバット 翼手目 94.0 XP_059545721.1 394 79.0 84.8
コンディルラ・クリスタタ ホシハジロモグラ エウリポティフラ 94.0 XP_012577988.1 386 80.3 87.6
マニス・ペンタダクティラ 中国のパンゴ フォリドタ 94.0 XP_057356056.1 409 74.3 79.2
トリケクス・マナトゥス フロリダマナティー アフロテリア 99.0 XP_023582938.1 380 82.1 88.9
インドゾウ 象 アフロテリア 99.0 XP_049734871.1 392 76.7 84.8
コロエプス・ディダクティルス 二本指ナマケモノ ピロサ 99.0 XP_037683504.1 399 79.2 83.2

相互作用するタンパク質

ZNF684と他のタンパク質との間には複数の相互作用が検出されました。[20] TRIM28はKRABドメインと相互作用する転写因子コリプレッサーです。[21] TRIM28はヒストンのメチル化と脱アセチル化の構成要素をリクルートし、遺伝子発現を抑制するクロマチン構造の変化をもたらします。[22]

機能

ZNF684はmRNA輸出因子と物理的に相互作用し、RNAに直接結合する。[23]

参考文献

  1. ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000117010 – Ensembl、2017年5月
  2. ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
  3. ^ abcdefg 「ZNF684 ジンクフィンガータンパク質684 [ホモサピエンス（ヒト）] - 遺伝子」。www.ncbi.nlm.nih.gov .国立生物工学情報センター（NCBI） . 2023年12月14日閲覧。
  4. ^ abcd 「ジンクフィンガータンパク質684 [ホモサピエンス] - タンパク質」国立生物工学情報センター (NCBI) . 2023年12月14日閲覧。
  5. ^ ab 「ホモサピエンス ジンクフィンガータンパク質684（ZNF684）、mRNA」。国立生物工学情報センター（NCBI）。2022年12月24日。
  6. ^ “遺伝子: ZNF684 (ENSG00000117010) - 概要 - Homo_sapiens”. Ensemblゲノムブラウザ110. 2023年12月14日閲覧。
  7. ^ "ZNF684". www.phosphosite.org . 2023年12月14日閲覧。
  8. ^ Urrutia R (2003). 「KRAB含有ジンクフィンガーリプレッサータンパク質」.ゲノム生物学. 4 (10): 231. doi : 10.1186/gb-2003-4-10-231 . PMC 328446. PMID  14519192 . 
  9. ^ ab Lupo A, Cesaro E, Montano G, Zurlo D, Izzo P, Costanzo P (2013年6月). 「KRAB-亜鉛フィンガータンパク質：多様な生物学的機能を示すリプレッサーファミリー」Current Genomics . 14 (4): 268– 278. doi :10.2174/13892029113149990002. PMC 3731817. PMID  24294107 . 
  10. ^ 「ジンクフィンガータンパク質684」。UniProt . 2023年12月14日閲覧。
  11. ^ 「SAPS < 配列統計 < EMBL-EBI」www.ebi.ac.uk . 2023年12月14日閲覧。
  12. ^ Chou PY, Fasman GD (1979年1月). 「アミノ酸配列からのタンパク質二次構造の予測」. Meister A (編). 『酵素学および分子生物学関連分野の進歩』. 『酵素学および分子生物学関連分野の進歩』. 第47巻 (第1版). Wiley. pp.  45– 148. doi :10.1002/9780470122921.ch2. ISBN 978-0-471-04116-0. PMID  364941 . 2023年12月14日閲覧.
  13. ^ ab 「ZNF684タンパク質発現概要 - ヒトタンパク質アトラス」www.proteinatlas.org . 2023年12月14日閲覧。
  14. ^ 「肝臓がんにおけるZNF684の発現 - ヒトタンパク質アトラス」www.proteinatlas.org . 2023年12月14日閲覧。
  15. ^ 「腎癌におけるZNF684の発現 - ヒトタンパク質アトラス」www.proteinatlas.org . 2023年12月14日閲覧。
  16. ^ ab 「細胞内 - ZNF684 - ヒトタンパク質アトラス」www.proteinatlas.org . 2023年12月14日閲覧。
  17. ^ 「ヌクレオチドBLAST：ヌクレオチドクエリを用いたヌクレオチドデータベースの検索」blast.ncbi.nlm.nih.gov . 2023年12月14日閲覧。
  18. ^ “Gene: ZNF684 (ENSG00000117010) - Paralogues - Homo_sapiens - Ensembl genome browser 110”. useast.ensembl.org . 2023年12月15日閲覧。
  19. ^ 「Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI」www.ebi.ac.uk . 2023年12月15日閲覧。
  20. ^ "ZNF684タンパク質（ヒト）". STRING相互作用ネットワーク. 2023年12月15日閲覧。
  21. ^ 「ホモサピエンス三分節モチーフ含有28（TRIM28）、mRNA」。2023年11月21日。
  22. ^ “TIF1B_HUMAN”. UniProt . 2023年12月15日閲覧。
  23. ^ Nitoiu A, Nabeel-Shah S, Farhangmehr S, Pu S, Braunschweig U, Blencowe BJ, et al. (2021-10-01), KRAB Zinc Finger protein Znf684 interacts with Nxf1 to regulator mRNA export , doi : 10.1101/2021.09.29.462476 , S2CID  238261558 , 2023-12-15取得

さらに読む

「https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Zinc_finger_protein_684&oldid=1300853739」より取得