BitterDB

BitterDB

内容
説明	苦味成分
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研究センター	イスラエル、エルサレム・レホヴォトにあるヘブライ大学
研究室	ロバート・H・スミス農学部
著者	アヤナ・ウィーナー
主要引用	Wienerら (2012) [1]
発売日	2011
アクセス
ウェブサイト	https://bitterdb.agri.huji.ac.il
ツール
ウェブ	ブラスト

BitterDBは、ヒトにとって苦味があると報告されている化合物のデータベースです。^{[1] BitterDBデータベースの目的は、苦味のある天然および合成化合物、およびそれらの対応する苦味}受容体（T2RまたはTAS2R ）に関する情報を収集することです。^[2]

概要

BitterDBには、ヒトにとって苦味があると報告されている670種類以上の化合物が収録されています。化合物は、名称、化学構造、他の苦味化合物との類似性、特定のヒト苦味受容体との関連性、その他の特性で検索できます。また、このデータベースには、苦味化合物による受容体活性化に影響を与えることが示されている苦味受容体の変異に関する情報も含まれています。

データベースの概要

苦味化合物

BitterDBで苦味化合物の例を検索

BitterDBには現在、文献で苦味物質として引用されている670種類以上の化合物が収録されています。各化合物について、分子特性、化合物の苦味に関する参考文献（化合物の苦味カテゴリーに関する追加情報（「ほろ苦い」や「わずかに苦い」などの注釈）、様々な化合物識別子（SMILES、CAS登録番号、IUPAC体系名）、化合物が天然由来か合成かの表示、化合物のPubChemエントリへのリンク、ダウンロード用の様々なファイル形式（sdf、image、smiles）などに関する情報がデータベースに提供されています。200種類以上の苦味化合物が、対応するヒト苦味受容体と実験的に関連付けられています。これらの化合物について、BitterDBは、これらのリガンド-受容体相互作用を示す出版物へのリンク、受容体活性化の有効濃度および/またはEC50値、BitterDB内の関連する苦味受容体エントリへのリンクなどの追加情報を提供しています。

クエリと閲覧

苦味化合物は、さまざまな方法でクエリと閲覧が可能です。例えば、「詳細検索」オプションを使用すると、特定の物理的特性の組み合わせや、関連するヒトの苦味受容体の組み合わせなど、さまざまな基準に適合する化合物を検索できます。クエリオプションに加えて、ユーザーはBitterDBに登録されているすべての化合物を含む並べ替え可能なテーブルを閲覧できます

苦味受容体

BitterDBには、既知の25種類のヒト苦味受容体に関するデータが含まれています。各受容体にはいくつかの特性が表示されています。苦味受容体は、名称、既知のリガンド、UniProtアクセッション番号など、さまざまな基準で検索できます。すべての苦味受容体とそれらに関する情報を示す表を使用して、ユーザーは受容体に関連する苦味リガンドの数など、さまざまなオプションで閲覧および並べ替えることができます

ローカルBLASTサービスとグローバルアライメント

BitterDBには、2つの追加機能があります。1つは、クエリ配列と様々なヒト苦味受容体間の局所的な類似性を決定するローカルBLASTサービス、もう1つは、25種類のヒト苦味受容体のグローバルアライメントです。このアライメントはClustalW2を用いて生成され、TOPCONSサーバーによって予測された各受容体の二次構造を表示します。

化合物のアップロード

BitterDBには「アップロード」オプションがあり、ユーザーは苦味化合物に関する情報を提出できます。このデータは著者によってレビューされ、データベースにアップロードされます。ユーザーはデータベースの更新情報を受け取るためにメーリングリストに参加できます

例

参照

• 苦い

参考文献

1. Wiener, Ayana; Shudler Marina; Levit Anat; Niv Masha Y (2012年1月). 「BitterDB：苦味化合物のデータベース」. Nucleic Acids Res . 40 (データベース号). イギリス: D413–9. doi :10.1093/nar/gkr755  . PMC  3245057. PMID 21940398
2. "BitterDB". BitterDB . 2022年2月14日閲覧。

外部リンク

• https://bitterdb.agri.huji.ac.il/