簡単に言えば、シストロームとは、転写因子結合部位やヒストン修飾（ヒストンのアセチル化、脱アセチル化、メチル化、脱メチル化など）を含む、遺伝子群の制御要素の集合を指します。より具体的には、「ゲノムワイドスケールにおけるトランスアクティング因子のシス作用標的の集合。これは、生体内におけるゲノムワイドな転写因子結合部位またはヒストン修飾の位置とも呼ばれます。」[1]シストロームという用語は、cistr（cistronから）とome （ genomeから）を組み合わせた造語です。シストロームという用語は、ダナ・ファーバーがん研究所とハーバード大学医学部の研究者によって造られました。[2]
マイクロアレイ解析「ChIP-on-chip」や超並列DNAシーケンシング「ChIP-Seq 」と組み合わせたクロマチン免疫沈降法などの技術により、転写因子やその他のクロマチン関連タンパク質のシストロムの定義が大幅に容易になりました。
参考文献
- ^ Liu T, Ortiz JA, Taing L, Meyer CA, Lee B, Zhang Y, Shin H, Wong SS, Ma J, Lei Y, Pape UJ, Poidinger M, Chen Y, Yeung K, Brown M, Turpaz Y, Liu XS (2011). 「Cistrome：転写制御研究のための統合プラットフォーム」. Genome Biol . 12 (8): R83. doi : 10.1186/gb-2011-12-8-r83 . PMC 3245621. PMID 21859476 .
- ^ "cistrome / FrontPage". PBWiki, Inc.
さらに読む
- Lupien M, Eeckhoute J, Meyer CA, Wang Q, Zhang Y, Li W, Carroll JS, Liu XS, Brown M (2008年3月). 「FoxA1はエピジェネティックシグネチャーをエンハンサー駆動型の系統特異的転写へと変換する」. Cell . 132 (6): 958–70 . doi :10.1016/j.cell.2008.01.018. PMC 2323438. PMID 18358809 .
- Lupien M, Brown M (2009年6月). 「ホルモン依存性癌のシストロミクス」.内分泌腫瘍学関連癌. 16 (2): 381–9 . doi : 10.1677/ERC-09-0038 . PMID 19369485.
