相対的および絶対的な定量のための同重体タグ（iTRAQ）は、タンデム質量分析による定量的プロテオミクスにおいて、異なるソースからのタンパク質の量を単一の実験で決定するために使用される同重体標識法です。 [1] [2] [3]タンパク質のN末端および側鎖アミンに共有結合できる 安定同位体標識分子を使用します。
手順
ITRAQ法は、タンパク質消化物由来のペプチドのN末端および側鎖 アミンを、様々な質量のタグで共有結合標識する手法に基づいています。現在、主に使用されている試薬は4プレックスと8プレックスの2種類で、これらを用いて異なるサンプル／処理から得られた全てのペプチドを標識することができます。[要出典] これらのサンプルはプールされ、通常は液体クロマトグラフィーによって分画され、タンデム質量分析法（MS/MS）によって分析されます。その後、断片化データを用いてデータベース検索を実行し、標識されたペプチド、ひいては対応するタンパク質を同定します。付加されたタグの断片化により、低分子量のレポーターイオンが生成され、これを用いてペプチドとその由来タンパク質を相対的に定量することができます。
データ評価
ペプチドレベルでは、各 MS/MS スペクトルのレポーターイオンの信号により、このスペクトルによって識別されたペプチドの相対的な存在量 (比率) を計算することができます。[要出典]レポーターイオンの存在量は、MS/MS データ内の複数の単一信号で構成される場合があり、これらの信号はヒストグラムスペクトルから何らかの方法で統合する必要があります。
タンパク質レベルでは、タンパク質のペプチドの総合比率はそのタンパク質の相対的な定量を表します。
MS/MSスペクトルは、無料で入手できるソフトウェアi-Tracker [4]とjTraqX [5] [6]を使用して解析することができます。
参考文献
- ^ Ross PL, Huang YN, Marchese JN, Williamson B, Parker K, Hattan S, Khainovski N, Pillai S, Dey S, Daniels S, Purkayastha S, Juhasz P, Martin S, Bartlet-Jones M, He F, Jacobson A, Pappin DJ (2004). 「アミン反応性同重体タグ試薬を用いたSaccharomyces cerevisiaeにおけるマルチプレックスタンパク質定量」. Mol. Cell. Proteomics . 3 (12): 1154–69 . doi : 10.1074/mcp.M400129-MCP200 . PMID 15385600.
- ^ Zieske LR (2006). 「タンパク質複合体およびプロファイリング研究におけるiTRAQ試薬技術の利用に関する展望」J. Exp. Bot . 57 (7): 1501–8 . doi : 10.1093/jxb/erj168 . PMID 16574745.
- ^ Gafken PR, Lampe PD (2006). 「質量分析法によるリン酸化タンパク質の特性評価方法」. Cell Commun. Adhes . 13 ( 5–6 ): 249–62 . doi :10.1080/15419060601077917. PMC 2185548. PMID 17162667 .
- ^ Shadforth IP, Dunnley PJ, Lilley KS, Bessant C (2005). 「i-Tracker：iTRAQを用いた定量的プロテオミクス」BMC Genomics . 6 : 145. doi : 10.1186/1471-2164-6-145 . PMC 1276793 . PMID 16242023.
- ^ Muth, T., et al., jTraqX: タンパク質レベルでの同重体タグ定量のための無料のプラットフォーム非依存ツール、Proteomics、2010、10(6): 1223-1225、doi :10.1002/pmic.200900374
- ^ protein-ms - SourceForge.net で /jTraqX を参照
さらに読む
- Ow, Saw Yen; Salim, Malinda; Noirel, Josselin; Evans, Caroline; Rehman, Ishtiaq; Wright, Phillip C. (2009). 「単純混合物と複雑混合物におけるiTRAQの過小評価：『良い点、悪い点、そして醜い点』」プロテオーム研究ジャーナル.8 ( 11) : 5347–5355.doi : 10.1021 / pr900634c.ISSN 1535-3893.PMID 19754192 .
