長鎖非コードRNAデータベースのリスト

これはlncRNAに関する情報を提供する長鎖非コードRNAデータベースのリストです。[1] [2]

長鎖非コードRNAデータベース

名前 説明 参考文献
ディープベース ディープシーケンシングデータからの長鎖非コードRNA （LncRNA）、小分子RNA、環状RNAの同定、発現、進化、機能 [3]
LNCipedia ヒトの長鎖非コードRNAの包括的な概要。 [4] [5]
lncRNAdb 機能的な長鎖非コードRNAのリファレンスデータベース。 [6]
LncRNAウィキ ヒト長鎖非コードRNA（lncRNA）のコミュニティキュレーションのための、Wikiベースの公開編集可能でオープンコンテンツのプラットフォーム [7]
LncBook 270,044個のヒトlncRNAの包括的なコレクションと、マルチオミクスデータ統合、機能アノテーション、疾患関連によるlncRNAのアノテーションの体系的なキュレーション [8]
モノクラルデビシ MOuse NOnCode Lung データベースは、インフルエンザおよびSARS-CoV感染に関与するマウスの長鎖非コード RNA (lncRNA) の注釈と発現プロファイルを提供します。 [9]
非コード ncRNA、特にlncRNAに特化した統合知識データベース [10]
lncRNome ヒトの長鎖非コード RNA に関する包括的で検索可能な生物学指向の知識ベース。
NRED 長い非コードRNA発現のデータベース。 [11]
C-It-Loci 3つの生物の様々な組織間で保存された遺伝子座の発現プロファイルを探索し比較するためのツール

[12]

Miトランスクリプトーム 多様な癌および組織タイプ にわたる6,500以上のサンプルからの高スループットRNA -Seqデータの計算分析から得られたヒト長鎖ポリアデニル化RNA転写産物のカタログ [13]
slncky Evolutionブラウザ このサイトには、保存された lncRNA のアラインメントと進化メトリクスが含まれています。 [14]
がんLncRNAセンサス（CLC） 生体内、生体外、およびその他の証拠 を通じてがんの原因となると考えられる長い非コードRNAのデータベース。 [15]
BIGTranscriptome 数百の擬似鎖および鎖 RNA-seq データセットから組み立てられた、信頼性の高いコーディングおよび非コーディングトランスクリプトーム。 [16]
lncRNAKB 長鎖非コードRNAの組織特異的機能アノテーションと形質関連の知識ベース [17]
lncHUB2 lncRNA と遺伝子の共発現の相関関係に基づく、ヒトとマウスの長い非コード RNA の機能予測。 [18]

参考文献

  1. ^ Rinn, JL; Chang, HY (2012). 「長鎖非コードRNAによるゲノム制御」. Annual Review of Biochemistry . 81 : 145–166 . doi :10.1146/annurev-biochem-051410-092902. PMC  3858397. PMID  22663078 .
  2. ^ Martin, L.; Chang, HY (2012). 「ヒト疾患におけるゲノム「ダークマター」の役割の解明」. Journal of Clinical Investigation . 122 (5): 1589– 1595. doi :10.1172/JCI60020. PMC 3336981. PMID  22546862 . 
  3. ^ Zheng, LL; Li, JH; Wu, J; Sun, WJ; Liu, S; Wang, ZL; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (2016年1月4日). 「deepBase v2.0：ディープシーケンシングデータからのsmall RNA、LncRNA、環状RNAの同定、発現、進化、機能」. Nucleic Acids Research . 44 (D1): D196–202. doi :10.1093/nar/gkv1273. PMC 4702900. PMID  26590255 . 
  4. ^ Volders, P. -J.; Helsens, K.; Wang, X.; Menten, B.; Martens, L.; Gevaert, K.; Vandesompele, J.; Mestdagh, P. (2012). 「LNCipedia: 注釈付きヒトlncRNA転写産物の配列と構造のデータベース」Nucleic Acids Research . 41 (データベース号): D246 – D251 . doi :10.1093/nar/gks915. PMC 3531107 . PMID  23042674.  
  5. ^ ヴォルダース、PJ;フェルヘッゲン、K;メンシャールト、G;ヴァンデポール、K。マーチンズ、L;ヴァンデゾンペレ、J;メストダ、P (2015)。 「LNCipedia の最新情報: 注釈付きヒト lncRNA 配列のデータベース」。核酸研究。43 (データベースの問題): D174–180。土井：10.1093/nar/gku1060。PMC 4383901。PMID  25378313。 
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  7. ^ Ma, Lina; Li, Ang; Zou, Dong; Xu, Xingjian; Xia, Lin; Yu, Jun; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2015). 「LncRNAWiki：ヒト長鎖ノンコーディングRNAの共同キュレーションにおけるコミュニティの知識活用」Nucleic Acids Research . 43 (データベース号): D187 – D92 . doi :10.1093/nar/gku1167. PMC 4383965 . PMID  25399417.  
  8. ^ Ma, Lina; Cao, Jiabao; Liu, Lin; Du, Qiang; Li, Zhao; Zou, Dong; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2019). 「LncBook：ヒト長鎖ノンコーディングRNAのキュレーションされた知識ベース」. Nucleic Acids Research . 47 (データベース号): D128 – D134 . doi :10.1093/nar/gky960. PMC 6323930. PMID 30329098  .  
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  11. ^ Dinger, ME; Pang, KC; Mercer, TR; Crowe, ML; Grimmond, SM; Mattick, JS (2009). 「NRED: 長鎖非コードRNA発現データベース」. Nucleic Acids Research . 37 (データベース号): D122 – D126 . doi :10.1093/nar/gkn617. PMC 2686506. PMID  18829717 .  
  12. ^ Weirick, T.; David, J.; Stefanie, D.; Uchida, S. (2015). 「C-It-Loci：組織濃縮遺伝子座のための知識データベース」.バイオインフォマティクス. 31 (21): 3537– 3543. doi : 10.1093/bioinformatics/btv410 . PMID  26163692.
  13. ^ Iyer, Matthew K.; Niknafs, Yashar S.; Malik, Rohit; Singhal, Udit; Sahu, Anirban; Hosono, Yasuyuki; Barrette, Terrence R.; Prensner, John R.; Evans, Joseph R. (2015年3月). 「ヒトトランスクリプトームにおける長鎖非コードRNAの分布」. Nature Genetics . 47 (3): 199– 208. doi :10.1038/ng.3192. ISSN  1546-1718. PMC 4417758. PMID 25599403  . 
  14. ^ Chen, Jenny; Shishkin, Alexander A.; Zhu, Xiaopeng; Kadri, Sabah; Maza, Itay; Guttman, Mitchell; Hanna, Jacob H.; Regev, Aviv; Garber, Manuel (2016-02-02). 「哺乳類における進化解析により、長鎖非コードRNAの明確なクラスが明らかになる」. Genome Biology . 17-19 . doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . ISSN  1474-760X. PMC 4739325. PMID  26838501 . 
  15. ^ カルレバーロ＝フィタ、ジョアナ;ランソス、アンドレス;フォイエルバッハ、ラース。ホン、チェン。デビッド・マスポンテ;スコウ・ペダーセン、ヤコブ。ロリー・ジョンソン（2020）。 「がん LncRNA センサスにより、腫瘍形成における長い非コード RNA の機能が深く保存されている証拠が明らかになりました。」コミュニケーション生物学。3 (1): 56.土井: 10.1038/s42003-019-0741-7。PMC 7002399。PMID  32024996。 
  16. ^ You, Bo-Hyun; Yoon, Sang-Ho; Nam, Jin-Wu (2017-06-01). 「高信頼コーディングおよび非コーディングトランスクリプトームマップ」. Genome Research . 27 (6): 1050– 1062. doi : 10.1101/gr.214288.116 . ISSN  1088-9051. PMC 5453319. PMID  28396519 . 
  17. ^ Seifuddin, Fayaz; Singh, Komudi; Suresh, Abhilash; Judy, Jennifer T.; Chen, Yun-Ching; Chaitankar, Vijender; Tunc, Ilker; Ruan, Xiangbo; Ping, Li; Chen, Yi; Cao, Haiming; Lee, Richard S.; Goes, Fernando S.; Zandi, Peter P.; Jafri, M. Saleet; Pirooznia, Mehdi (2020-10-05). 「lncRNAKB：長鎖ノンコーディングRNAの組織特異的機能アノテーションと形質関連に関する知識ベース」. Scientific Data . 7 (1) 326: 326. Bibcode :2020NatSD...7..326S. doi : 10.1038/s41597-020-00659-z . PMC 7536183 . PMID  33020484 . 
  18. ^ マリーノ、ジャコモ B;ヴォイチェチョヴィッチ、ミーガン・L;クラーク、ダニエル・JB。クレショフ、マキシム V;謝、卓瑞。チョン、ミンジ。ラッハマン、アレクサンダー。マアヤン、アヴィ (2023-03-04)。 「lncHUB2: ヒトおよびマウスの lncRNA に関する集約および推測された知識」。データベース。2023 baad009。ドイ：10.1093/database/baad009。ISSN  1758-0463。PMC 9985331。PMID  36869839。 
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