ミルトロン

ミルトロンは、宿主遺伝子をコードするmRNAイントロンに位置するマイクロRNAの一種である[1] [2]これらの短いヘアピン型イントロンは、非定型miRNA生合成経路によって形成される。[3] [4]ミルトロンは、スプライスアウトされたイントロンから発生し、遺伝子発現において機能することが知られている。

ミルトロンは、ショウジョウバエ(Drosophila melanogaster)線虫(Caenorhabditis elegans)で初めて同定されました[5] [6]現在までに同定されたミルトロンの数は、ショウジョウバエ(D. melanogaster)、線虫(C. elegans)哺乳類でそれぞれ14、9、19です[7]ミルトロンは、マイクロRNA生合成の代替前駆体です。短いヘアピン型イントロンは、スプライシングを利用して、標準的な動物マイクロRNAの生成に不可欠なDROSHA切断を回避します。ミルトロンは、スプライシングによって除去されたイントロンから生成され、古典的なマイクロRNA(miR)と同様に機能し、mRNAの不安定化、翻訳阻害、または標的mRNAの切断によって遺伝子発現を制御することが知られています。[8]

現在、植物におけるミルトロンの存在を裏付けるさらなる証拠が浮上しています。植物中のすべてのmiRNAは、プリmiRNAからDCL1による連続的な切断を経てプレmiRNA(またはmiRNA前駆体)へと生成されますが、ミルトロンはDCL1による切断を回避し、プレmiRNAとしてmiRNA成熟経路に入ります。[7]

ミルトロンは標準的なmiRNA配列とは異なり、データ分析において機械学習手法によって区別することができる。[9]

参考文献

  1. ^ Ruby, JG; Jan, CH; Bartel, DP (2007年7月5日). 「Droshaプロセッシングを回避するイントロンマイクロRNA前駆体」. Nature . 448 (7149): 83–6 . Bibcode :2007Natur.448...83R. doi :10.1038/nature05983. PMC 2475599.  PMID 17589500  .
  2. ^ Wen, Jiayu; Ladewig, Erik; Shenker, Sol; Mohammed, Jaaved; Lai, Eric C. (2015). 「約1,000個の哺乳類ミルトロンの解析により、ダイサー基質の新たな特徴が明らかに」. PLOS Computational Biology . 11 (9) e1004441. Bibcode :2015PLSCB..11E4441W. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004441 . PMC 4556696. PMID  26325366 . 
  3. ^ Ruby, JG; Jan, CH; Bartel, DP (2007年7月5日). 「Droshaプロセッシングを回避するイントロンマイクロRNA前駆体」. Nature . 448 (7149): 83–6 . Bibcode :2007Natur.448...83R. doi :10.1038/nature05983. PMC 2475599. PMID 17589500  . 
  4. ^ ダ・フォンセカ、ブルーノ・エンリケ・リベイロ;ドミンゲス、ダグラス・シルバ。パショール、アレクサンドル・ロッシ(2019-10-01)。 「mirtronDB: mirtron 知識ベース」。バイオインフォマティクス35 (19): 3873–3874土井:10.1093/bioinformatics/btz153。ISSN  1367-4803。PMC 6761972PMID  30874795。 
  5. ^ Ruby, JG; Jan, CH; Bartel, DP (2007年7月5日). 「Droshaプロセッシングを回避するイントロンマイクロRNA前駆体」. Nature . 448 (7149): 83–6 . Bibcode :2007Natur.448...83R. doi :10.1038/nature05983. PMC 2475599. PMID 17589500  . 
  6. ^ Jan, CH; Ruby, JG; Friedman, R; Bartel, DP (2011年1月6日). 「Caenorhabditis elegans 3′UTRの形成、制御、進化」(PDF) . Nature . 469 (7328): 97– 101. Bibcode :2011Natur.469...97J. doi :10.1038/nature09616. PMC 3057491. PMID  21085120 . 
  7. ^ ab Zhu, Q.-H.; Spriggs, A.; Matthew, L.; Fan, L.; Kennedy, G.; Gubler, F.; Helliwell, C. (2008年7月30日). 「発達中の米粒における多様なマイクロRNAとマイクロRNA様小分子RNA」. Genome Research . 18 (9): 1456– 1465. doi :10.1101/gr.075572.107. PMC 2527712. PMID  18687877 . 
  8. ^ "mirtron". mirtron.gene-quantification.info . 2022年12月10日閲覧
  9. ^ ロールバッハ、グジェゴシュ;アンノルド、オルギエルド。コノプカ、ボグミル M. (2018)。 「データ探索と機械学習手法を使用してミルトロンを標準 miRNA から区別する」。科学的報告書8 (1): 7560。ビブコード:2018NatSR...8.7560R。土井:10.1038/s41598-018-25578-3。PMC 5953923PMID  29765080。 


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