シーケンスフィーチャ バリアント タイプ(SFVT) は、タンパク質内の特定のシーケンス フィーチャの定義されたシーケンス バリエーション (突然変異) を指します。タンパク質を考えてみましょう。そのアミノ酸配列が構造と機能を決定します。シーケンスの一部の領域は主にタンパク質の折り畳み、つまり構造に関係しますが、他の領域は酵素触媒部位など、タンパク質の機能に関係します。多くの関連種にわたって、対応するタンパク質の領域は種間で保存されていますが、各位置の正確なアミノ酸は変化する可能性があり、多くの場合変化します。機能領域の保存された性質と実際のアミノ酸の正確な変化の両方を明確に示すために、シーケンス フィーチャ バリアント タイプが定義されています。
シーケンス機能
配列特徴とは、基本的にタンパク質中のアミノ酸の集合であり、連続した範囲の場合もあれば、離散的な残基の場合もあります。配列特徴のほとんどは実験結果に基づいていますが、計算解析から得られるものもあります。
シーケンスフィーチャバリアントタイプ
それぞれの配列特徴について、異なる近縁種の多くのタンパク質間には変異が存在します。バリアントタイプは、特徴の各位置における正確なアミノ酸配列を定義します。特徴の各位置における変異が大きいほど、バリアントタイプの数が多くなります。あるタンパク質について、アミノ酸配列が決定されると、その配列特徴のバリアントタイプが決定されます。
応用
SFVTは、多くの関連種におけるタンパク質機能の研究に使用できます。このような研究は、いくつかのヒト病原体を対象に実施されています。
SFVT は、インフルエンザタンパク質についてはインフルエンザ研究データベース、デングウイルスについてはウイルス病原体データベースおよび分析リソースでも入手できます。
外部リンク
- ウイルス病原体研究
- インフルエンザ研究データベース
