ウェブタグ

Webtag ^[1]は、特定のゲノムには存在しないオリゴヌクレオチド配列（通常、タグまたはアンカーと呼ばれる）を提供するオンラインバイオインフォマティクスツールです。これらのタグは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR ）実験用の遺伝子特異的プライマーに付加することができ、ゲノムDNAの混入を回避できます

背景

RT-PCRは、コピー数が非常に少ないmRNA 転写産物の検出にも用いられる技術です。^[2]この技術は感度が高いため、DNAコンタミネーションの影響を受けやすいという欠点があります。PCRは cDNA標的とゲノムDNAコンタミネーションを区別できないため、偽陽性や誤った定量結果が生じる可能性があります。^[3]^[4]

転写研究におけるゲノムDNAのコンタミネーションを克服するために、RT-PCRの改良法である逆テンプレート特異的ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）が用いられる。ゲノムに存在しない配列を持つタグを使用できる可能性は、逆特異的ポリメラーゼ連鎖反応実験をさらに改善する。遺伝子特異的プライマーまたはポリTテールの5'領域にアンカー（タグ）を使用することで、RNA特異的増幅が可能になり、実行可能な戦略となる。RS-PCR ^[5]や(EXACT) RT-PCRなどの技術は、このようなタグ（ゲノムDNAには存在しない固有の配列）を第一鎖cDNAの5'末端に組み込むことをベースとしており、感度を損なうことなくRNA特異的増幅を可能にする。

ウェブタグ

このウェブベースのサービスはTagenerator ^[6]ツールをベースにしていますが、すべてのタグが事前に生成され、データベースに保存されているため、非常に高速です。また、ウェブタグは実験で使用するプライマーとタグの相互作用を考慮しているため、大きな改善点となっています。ウェブベースのサービスであるため、分子生物学者は自分のコンピューターにすべての依存関係を持つソフトウェアをダウンロードしてインストールする必要がありません

Webtagは、RT-PCR実験においてゲノムDNAの不在と優れたプライミング特性を兼ね備えたタグを生成します。このタグを使用することで、ゲノムDNAのPCR増幅を意図的に抑制し、cDNAのみを増幅することが可能となり、RNAサンプル中のゲノムDNAの混入による影響を回避できます。

参考文献

^ ロペス・ピント、フェルナンド、ホーカン・スヴェンソン、ピーター・リンドブラッド（2007年10月25日）「Webtag：原核生物を用いたRT-PCR実験のためのタグ／アンカーを提供する新しいウェブツール」 BMCバイオテクノロジー7:73 . doi : 10.1186/1472-6750-7-73 . PMC 2147000. PMID 17961214
^ Chelly, Jamel; Jean-Claude Kaplan; Pascal Maire; Sophie Gautron; Axel Kahn (1988-06-30). 「ヒト筋組織および非筋組織におけるジストロフィン遺伝子の転写」. Nature . 333 (6176): 858– 860. Bibcode :1988Natur.333..858C. doi :10.1038/333858a0. PMID: 3290682. S2CID : 4315236.
^ Borst, A.; ATA Box; AC Fluit (2004-03-09). 「核酸増幅アッセイにおける偽陽性結果と汚染：予防と排除戦略の提案」. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases . 23 (4): 289– 299. doi : 10.1007/s10096-004-1100-1 . PMID 15015033. S2CID 25894933.
^ Martel, Fatima; Dirk Grundemann; Edgar Schöig (2002-03-31). 「RT-PCRにおける偽陽性結果の除去のための簡便法」J Biochem Mol Biol . 35 (2): 248– 250. doi : 10.5483/BMBRep.2002.35.2.248 . PMID 12297038.
^ Shuldiner, Alan R.; Ajay Nirula; Jesse Roth (1990). 「RNAテンプレート特異的ポリメラーゼ連鎖反応（RS-PCR）：偽陽性を大幅に削減する新たな戦略」. Gene . 91 (1): 139– 142. doi :10.1016/0378-1119(90)90176-R. PMID 1698167.
^ Lopes Pinto, Fernando; Håkan Svensson; Peter Lindblad (2006-06-05). 「RNAテンプレート特異的PCRのための非ゲノムオリゴヌクレオチドタグ配列の生成」. BMC Biotechnology . 6:31 . doi : 10.1186/1472-6750-6-31 . PMC 1526424. PMID 16820068 .

外部リンク

公式ウェブページ
タグジェネレーター

[1] ロペス・ピント、フェルナンド、ホーカン・スヴェンソン、ピーター・リンドブラッド（2007年10月25日）「Webtag：原核生物を用いたRT-PCR実験のためのタグ／アンカーを提供する新しいウェブツール」 BMCバイオテクノロジー7:73 . doi : 10.1186/1472-6750-7-73 . PMC 2147000. PMID 17961214

[2] Chelly, Jamel; Jean-Claude Kaplan; Pascal Maire; Sophie Gautron; Axel Kahn (1988-06-30). 「ヒト筋組織および非筋組織におけるジストロフィン遺伝子の転写」. Nature . 333 (6176): 858– 860. Bibcode :1988Natur.333..858C. doi :10.1038/333858a0. PMID: 3290682. S2CID : 4315236.

[3] Borst, A.; ATA Box; AC Fluit (2004-03-09). 「核酸増幅アッセイにおける偽陽性結果と汚染：予防と排除戦略の提案」. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases . 23 (4): 289– 299. doi : 10.1007/s10096-004-1100-1 . PMID 15015033. S2CID 25894933.

[4] Martel, Fatima; Dirk Grundemann; Edgar Schöig (2002-03-31). 「RT-PCRにおける偽陽性結果の除去のための簡便法」J Biochem Mol Biol . 35 (2): 248– 250. doi : 10.5483/BMBRep.2002.35.2.248 . PMID 12297038.

[5] Shuldiner, Alan R.; Ajay Nirula; Jesse Roth (1990). 「RNAテンプレート特異的ポリメラーゼ連鎖反応（RS-PCR）：偽陽性を大幅に削減する新たな戦略」. Gene . 91 (1): 139– 142. doi :10.1016/0378-1119(90)90176-R. PMID 1698167.

[6] Lopes Pinto, Fernando; Håkan Svensson; Peter Lindblad (2006-06-05). 「RNAテンプレート特異的PCRのための非ゲノムオリゴヌクレオチドタグ配列の生成」. BMC Biotechnology . 6:31 . doi : 10.1186/1472-6750-6-31 . PMC 1526424. PMID 16820068 .