ベースコーリングとは、クロマトグラムのピーク、光強度信号、またはナノポアを通過するヌクレオチドの電流変化に核酸塩基を割り当てるプロセスです。この作業を実行するコンピュータプログラムの一つにPhredがあります。Phredは、その高いベースコーリング精度から、学術研究機関と民間企業のDNAシーケンシング研究室の両方で広く使用されているベースコーリングソフトウェアです。 [1]

現在、ベースコーリングは、独自のリアルタイム分析（RTA）パイプラインなどの機器搭載ソフトウェアによって処理されるのが一般的であり、これは高度に統合され、各プラットフォームのリリースごとに更新されます。[2]

GuppyやDoradoのようなナノポアシーケンシング用のベースコーラーは、正確なシーケンシングデータから得られた電流信号でトレーニングされたニューラルネットワークを使用します。 [3]

ベースコール精度

ベースコーリングは、リード精度とコンセンサス精度という2つの指標で評価できます。リード精度とは、コールされた塩基が既知の参照塩基とどの程度一致しているかを指します。コンセンサス精度とは、コンセンサス配列が、同じ遺伝子座位からの重複リードと比較してどの程度正確であるかを指します。[3]

参考文献

  1. ^ Richterich, Peter (1998-03-01). 「生の」DNA配列におけるエラーの推定：検証研究」. Genome Research . 8 (3). Cold Spring Harbor Laboratory: 251– 259. doi :10.1101/gr.8.3.251. ISSN  1088-9051. PMC  310698. PMID  9521928 .
  2. ^ 「NextSeq 1000/2000におけるリアルタイム解析（RTA）の概要」イルミナ. 2025年8月17日閲覧。
  3. ^ ab Wick, Ryan R.; Judd, Louise M.; Holt, Kathryn E. (2019-06-24). 「オックスフォードナノポアシーケンシングにおけるニューラルネットワークベースコーリングツールの性能」. Genome Biology . 20 (1). Springer Science and Business Media LLC: 129. doi : 10.1186/s13059-019-1727-y . ISSN  1474-760X. PMC 6591954. PMID 31234903  .