DiaGrid（分散コンピューティングネットワーク）

DiaGridは、 HTCondorシステムを活用した、インディアナ州ウェストラファイエットのパデュー大学を拠点とする、大規模で複数キャンパスにまたがる分散型研究コンピューティングネットワークです。2012年には、約43,000個のプロセッサを搭載し、301テラフロップスの計算能力を誇りました。DiaGridは、Campus Technology誌[ 1 ]のCampus Technology Innovators AwardとIDG InfoWorld 100 Award [ 2 ]を受賞し、オレゴン州ポートランドで開催されたSC09スーパーコンピューティング会議では、科学研究のために約150日間の計算時間を確保するために利用されました。[ 3 ]

パートナー

DiaGridは、パーデュー大学、インディアナ大学、インディアナ州立大学、ノートルダム大学、ルイビル大学、ネブラスカ大学、ウィスコンシン大学、パーデュー大学のカルメットキャンパスとノースセントラルキャンパス、そしてインディアナ大学とパーデュー大学フォートウェイン校とのパートナーシップです。新しいメンバーが加わるたびに、他のキャンパスのコンピュータも利用できるように設計されています。パーデュー大学が参加するプールはBoilerGridと名付けられ、この種のシステムとしては最大規模の学術システムです。

管理

DiaGrid は、パデュー大学ウェストラファイエットキャンパスの中央情報技術組織であるパデュー大学の情報技術部 (ITaP) と、ITaP の研究コンピューティング部門である Rosen Center for Advanced Computing によって管理されています。Rosen Center for Advanced Computing は、Steele、Coates、Rossmann、Hansen、Carter クラスタースーパーコンピュータも運用しています。

HTコンドル

ウィスコンシン大学で開発されたHTCondorを通じて、DiaGridはアイドル状態または十分に活用されていない高性能コンピューティングクラスタノード、サーバー、キャンパスコンピュータやその他のラボのマシン、オフィスコンピュータからコンピューティングサイクルを収集し、管理します。ローカルユーザーまたはスケジュールされたジョブが特定のマシンを必要とすると、HTCondorジョブは停止され、できるだけ早く別のHTCondorノードに自動的に送信されます。この「オポチュニスティック」モデルは並列処理と通信を行う能力を制限しますが、HTCondorプールは、小規模なシリアルジョブに非常に短時間で膨大な数のサイクルを提供できます。HTCondor、そしてその拡張であるDiaGridは、高スループットコンピューティング向けに設計されており、パラメータスイープ、モンテカルロシミュレーション、またはほぼすべてのシリアルアプリケーションに最適です。一部のクラスの並列ジョブ（マスターワーカー）も、HTCondorを介して効率的に実行できます。

ネットワーキング

DiaGridは、インディアナ州と中西部に広がる計算リソースをプールするために、インディアナ州のキャンパス間を結ぶ高速光ファイバーネットワークであるI-Light、インターネット、そしてInternet2やNational LambdaRailなどの国立研究ネットワークを活用しています。DiaGridは、Open Science Gridと米国国立科学財団のExtreme Science and Engineering Discovery Environmentシステム（旧称TeraGrid ）の両方で研究者に計算リソースを提供しています。

用途

DiaGridとBoilerGridは、パーデュー大学やその他の研究者によって様々な目的で使用されています。[ 1 ]原子レベルに近い解像度でウイルスの構造を画像化する、 [ 4 ] [ 5 ]太陽系形成の初期段階のシミュレーション、インディアナ州の電力供給の信頼性の予測、水質汚染物質の拡散のモデル化、タンパク質分子の構造の識別、工業規模で化学反応の触媒として広く使用されているケイ酸塩鉱物であるゼオライトの潜在的な新しい形態の特定などです。 [ 6 ] DiaGridは、大型シノプティックサーベイ望遠鏡のデータ処理技術の開発にも使用されています。パーデュー大学は、2011年にDiaGridを使用したBLAST処理用のWebベースのポータルを追加しました。

参考文献

  1. ^ a b Grush, Mary; Villano, Matt (2009年7月28日). 「キャンパステクノロジーイノベーターアワード2009：ハイパフォーマンスコンピューティング - パデュー大学」 .キャンパステクノロジー.
  2. ^ 「2009年のトップ100ITプロジェクト」 InfoWorld、2009年11月23日。{{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=（ヘルプ）が必要です
  3. ^ 「Cycle ComputingとPurdue大学、SuperComputing 2009でPower Dynamicに最適化されたCondor Poolを発表」（プレスリリース）。2009年11月13日。
  4. ^ Jiang, Wen; et al. (2008年2月28日). 「電子線クライオ顕微鏡法によって明らかになった感染性E15ウイルスカプシドの骨格構造」 ( PDF) . Nature . 451 (7182): 1130– 1134. Bibcode : 2008Natur.451.1130J . doi : 10.1038/nature06665 . PMID 18305544. S2CID 205212346 .  
  5. ^ Wu, Weimin; Jiang, Wen (2008年4月30日). 「Condor in Cryo-EM image processing」 . 2011年7月25日時点のオリジナルよりアーカイブ。2010年1月21日閲覧。
  6. ^ Pophale, Ramdas; Cheeseman, Phillip A.; Deem, Michael W. (2011). 「新しいゼオライト類似物質のデータベース」. Physical Chemistry Chemical Physics . 13 (27): 12407– 12412. Bibcode : 2011PCCP...1312407P . doi : 10.1039/C0CP02255A . PMID 21423937 . 
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