フィジー（ソフトウェア）

フィジー
開発者ヨハネス・シンデリン、イグナシオ・アルガンダ＝カレーラス、アルバート・カルドナ、マーク・ロングエア、ベンジャミン・シュミット 他
安定版リリース
2.9.0 / 2022年9月14日[ 1 ] ( 2022-09-14 )
リポジトリgithub .com /フィジー/フィジー
書かれたジャワ
オペレーティング·システムJavaをサポートするもの
タイプ画像処理と画像解析
ライセンスGPL v3 [ 2 ]（一部のプラグインは異なるライセンス[ 3 ]）
Webサイトフィジー.sc
Windows 11 の Fiji のスクリーンショット

Fiji [ 4 ] [ 5 ]はImageJ2をベースにしたオープンソースの画像処理パッケージです。

Fijiの主な目的は、多数のプラグインをバンドルしたImageJ2のディストリビューションを提供することです。Fijiは統合されたアップデートシステムを備えており、ユーザーに一貫したメニュー構造、詳細なアルゴリズムの説明やチュートリアルといった充実したドキュメントを提供し、異なるソースから複数のコンポーネントをインストールする手間を省くことを目指しています。

Fiji は、バージョン コントロール システム、問題追跡ツール、専用の開発チャネル、およびBeanShell、Jython、JRuby、Clojure、Groovy、JavaScriptなどのスクリプト言語やジャストインタイム Java 開発をサポートするスクリプト エディター形式のラピッドプロトタイピング インフラストラクチャを使用することで、開発者もターゲットにしています。

プラグイン

ImageJには多くのプラグインが存在し、その用途は多岐にわたるだけでなく、品質も多岐にわたります。[ 6 ]

さらに、一部のプラグインでは、特定のバージョンの ImageJ、特定のバージョンのサードパーティ ライブラリ、または Java コンパイラやJava 3Dなどの追加の Java コンポーネントが必要になります。

Fijiの主な目標の一つは、ImageJ、Java、Java 3D、プラグイン、その他の便利なコンポーネントのインストールを可能な限り容易にすることです。その結果、Fijiはますます多くのアクティブユーザーを獲得しています。[ 7 ]

観客

Fijiはもともと神経科学者向けに設計されていましたが（現在もその傾向が続いています[ 8 ] ）、細胞生物学[ 9 ] 、 [ 10 ] 、遺伝学、一般的な生命科学、材料科学など、さまざまな分野の科学者を惹きつけるのに十分な機能を蓄積してきました。公式ウェブサイトに記載されているように、Fijiは一般的な科学的画像分析を支援する多くのツールを提供していますが、主な焦点は「生命科学」です。[ 11 ]

Fijiは生命科学コミュニティで最も人気があり、3Dビューア[ 12 ]は光学顕微鏡で得られたデータを視覚化するのに役立ち、Fijiはレジストレーション[ 13 ]やセグメンテーション、その他の高度な画像処理アルゴリズムを提供しています。

FijiコンポーネントTrakEM2は、ショウジョウバエの幼虫脳の神経細胞系統の解析に効果的に使用され、強化されました。[ 14 ]

フィジーは、Nature Methodsの視覚化に関するレビュー補足で大きく取り上げられました。[ 15 ]

CdSe量子ドットの格子縞間隔をFijiを用いて解析した。[ 16 ]

発達

Fijiは完全にオープンソースです。ソースコードは公開Gitリポジトリに保存されています。

Fiji は、Google Summer of Code 2009に組織として受け入れられ、2 つのプロジェクトを完了しました。

JavaScript、Jython、JRuby、Clojure、BeanShellなどの言語をサポートするスクリプトフレームワークは、Fijiの開発に不可欠な要素です。多くの開発者は、上記のスクリプト言語のいずれかでプラグインのプロトタイプを作成し、徐々に適切なJavaコードに変換しています。この目的のため、前述のGoogle Summer of Codeプロジェクトの1つとして、構文のハイライトとインプレースコード実行機能を備えたスクリプトエディタが追加されました。

スクリプト フレームワークは Fiji リリースに含まれているため、上級ユーザーはこのようなスクリプトを一般的なワークフローで使用できます。

開発は、計算のバックグラウンドを持つ生命科学者が集まり、それぞれの興味のあるプラグインを改良する、 不定期のハッカソンの恩恵を受けています。

スクリプトエディター

FijiのスクリプトエディタはスクリプトとImageJプラグインの迅速なプロトタイピングをサポートしており、Fijiは新しい画像処理アルゴリズムを開発し、ImageJを使った新しい画像処理技術を探求するための強力なツールとなっています。[ 17 ] [ 18 ]

サポートされているプラ​​ットフォーム

Fiji は、Windows、Linux、Mac OS X、Intel 32 ビットまたは 64 ビットで実行され、MacOSX/PPC は限定的にサポートされます。

参考文献

  1. ^ 「Tags - fiji/fiji」. 2022年11月26日閲覧– GitHub経由。
  2. ^ 「LICENSE.txt ファイル」 。 2022年11月25日閲覧– GitHub経由。
  3. ^ 「LICENSES ファイル」 。 2022年11月25日閲覧– GitHub経由。
  4. ^主な参考文献: Johannes Schindelin;イグナシオ・アルガンダ・カレーラス。アーウィン・フリーゼ。ヴェレナ・カイニッヒ;マーク・ロングエア。トビアス・ピエチュ;ステファン・プレイビシュ;カーティス・ルーデン;ステファン・ザールフェルト;ベンジャミン・シュミット;ジャン＝イヴ・ティネベス。ダニエル・ジェームス・ホワイト;フォルカー・ハルテンシュタイン;ケビン・エリシリパベル・トマンカク。アルバート・カルドナ (2012)。「フィジー: 生物学的画像解析のためのオープンソース プラットフォーム」。ネイチャーメソッド。9 (7): 676–682 .土井: 10.1038/nmeth.2019。PMC 3855844。PMID 22743772。  
  5. ^ Fiji は、2008 年 11 月に開催された ImageJ ユーザーおよび開発者会議で初めて公開されました。
  6. ^ 2008年11月の第2回ImageJユーザーおよび開発者会議（ 2021年1月28日アーカイブ）と2010年10月の第3回ImageJおよびユーザー開発者会議でのプレゼンテーションを比較してください。
  7. ^フィジーの使用地図と比較
  8. ^ Longair Mark; Baker DA; Armstrong JD. (2011). 「Simple Neurite Tracer: 神経プロセスの再構築、可視化、解析のためのオープンソースソフトウェア」 . Bioinformatics . 27 (17): 2453–4 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr390 . hdl : 20.500.11850/39228 . PMID 21727141 . 
  9. ^ Preibisch S, Saalfeld S, Tomancak P (2009年4月). 「タイル状3D顕微鏡画像取得における全体最適ステッチング」 .バイオインフォマティクス. 25 (11): 1463–5 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp184 . PMC 2682522. PMID 19346324 .  
  10. ^ Hegge S, Kudryashev M, Smith A, Frischknecht F (2009年5月). 「Plasmodium sporozoite movement patterns の自動分類により、唾液腺感染中の生産的な運動性への移行が明らかになった」 . Biotechnology Journal . 4 (6): 903–13 . doi : 10.1002/biot.200900007 . PMID 19455538. S2CID 7371409. 2009年8月1日時点のオリジナルよりアーカイブ。  
  11. ^ The Fiji Wiki、2012年11月1日閲覧。
  12. ^ Benjamin Schmid、Johannes Schindelin、Albert Cardona、Mark Longair、Martin Heisenberg (2010). 「JavaとImageJのための高レベル3D可視化API」 . BMC Bioinformatics . 11 : 274. doi : 10.1186/1471-2105-11-274 . PMC 2896381. PMID 20492697 .  
  13. ^ Stephan Preibisch; Stephan Saalfeld; Johannes Schindelin; Pavel Tomancak (2010). 「選択的平面照明顕微鏡データのビーズベース登録ソフトウェア」Nature Methods . 7 (6): 418– 419. doi : 10.1038/nmeth0610-418 . PMID 20508634 . S2CID 39609830 .  
  14. ^ Albert Cardona; Stephan Saalfeld; Ignacio Arganda; Wayne Pereanu; Johannes Schindelin; Volker Hartenstein (2010). 「軸索束の配列解析によるショウジョウバエの神経系統の同定」 . The Journal of Neuroscience . 30 (22): 7538– 7553. doi : 10.1523/JNEUROSCI.0186-10.2010 . PMC 2905806. PMID 20519528 .  
  15. ^ Thomas Walter; David W Shattuck; Richard Baldock; Mark E Bastin; Anne E Carpenter; Suzanne Duce; Jan Ellenberg; Adam Fraser; Nicholas Hamilton; Steve Pieper; Mark A Ragan; Jurgen E Schneider; Pavel Tomancak; Jean-Karim Hériché (2010). 「細胞から生物への画像データの可視化」 . Nature Methods . 7 (3s): S26– S41. doi : 10.1038/ nmeth.1431 . PMC 3650473. PMID 20195255 .  
  16. ^ Allahverdi, Cagdas (2025). 「Fijiを用いた量子ドットの格子縞の解析」 .会議録. V. 国際チャナッカレ科学研究会議. チャナッカレ: ASES. pp.  747– 748.
  17. ^ Scripting in Fiji (Fiji Is Just ImageJ) at 3rd User and Developer Conference Archived 7 February 2019 at the Wayback Machine in October 2010
  18. ^ Albert Cardona のFiji を使用した Jython スクリプトの集中講座。
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