Orac（MDプログラム）

Orac
Orac
原著者	マッシモ・マルキ、ピエロ・プロカッチ
開発者	CEA、サクレー、パリ、フランス；フィレンツェ大学、イタリア
初期リリース	1990 （1990年）
安定版リリース	5.4.1 / 2010 （2010年）
プレビューリリース	6.0 / 2016 （2016年）
言語	Fortran
オペレーティングシステム	Unix、Linux
プラットフォーム	IA-32、x86-64、NUMA
利用可能な言語	英語
タイプ	分子動力学
ライセンス	GPL
ウェブサイト	www.chim.unifi.it/orac

コンピュータソフトウェアにおいて、Oracは古典的な分子動力学プログラムであり、原子レベルで複雑な分子システムをシミュレートします。このコードは、1989年から1990年にかけて、Massimo MarchiがInternational Business Machines ( IBM )、キングストン (米国)に在籍していたときに最初に書かれました。1995年に、このコードは Centre européen de calcul atomique et moléculaire (CECAM)でさらに開発されました。プログラミング言語はFortranです。1997年に、 GNU General Public License (GPL)の下でリリースされました。^{[ 1 ]} Oracの最新リリース^{[ 2 ]}は、標準のMessage Passing Interface (MPI)ライブラリを使用して並列実行することができ、レプリカ交換シミュレーション、マルチウォーカーメタダイナミクス^{[ 3 ]}シミュレーション、およびマルチステアリング分子動力学^{[ 4 ]}非平衡軌道が可能です。

参照

^ Procacci, P.; Darden, TA; Paci, E.; Marchi, M. (1997). 「ORAC: 現実的な静電相互作用を持つ複雑な分子系をシミュレートする分子動力学プログラム」. Journal of Computational Chemistry . 18 (15): 1848– 1862. CiteSeerX 10.1.1.554.895 . doi : 10.1002/(SICI)1096-987X(19971130)18:15<1848::AID-JCC2>3.0.CO;2-O .
^ Marsili, S.; Signorini, GF; Chelli, R.; Marchi, M.; Procacci, P. (2010). 「ORAC: 生体分子システムの自由エネルギー面を原子レベルで探索する分子動力学シミュレーションプログラム」. Journal of Computational Chemistry . 31 (5): 1106– 1116. doi : 10.1002/jcc.21388 . PMID 19824035 .
^ Laio, A.; Gervasio, FL (2008). 「メタダイナミクス：生物物理学、化学、材料科学における稀な事象をシミュレートし、自由エネルギーを再構築する手法」. Reports on Progress in Physics . 71 (12) 126601. Bibcode : 2008RPPh...71l6601L . doi : 10.1088/0034-4885/71/12/126601 .
^ Isralewitz, B.; Gao, M.; Schulten, K. (2001). 「ステアリング分子動力学とタンパク質の機械的機能」Current Opinion in Structural Biology . 11 (2): 224– 230. doi : 10.1016/S0959-440X(00)00194-9 . PMID 11297932 .