ピウィ

Piwiドメイン
Pyrococcus furiosus Argonaute タンパク質の構造。 [ 1 ]
識別子
シンボルピウィ
ファムPF02171
インタープロIPR003165
プロサイトPS50822
CDDcd02826
利用可能なタンパク質構造:
PDB  1u04 ​, 1w9h ​, 1ytu ​, 1yvu ​, 1z25 ​, 1z26 ​, 2bgg ​​​, 2f8s ​, 2f8t ​, 2nub ​, 2w42 ​IPR003165 PF02171 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド
RNA 干渉による遺伝子サイレンシングを媒介するRNA 誘導サイレンシング複合体の構成要素であるsiRNAが結合したアルゴノートタンパク質の piwi ドメイン。
ヒトPiwiタンパク質とアルゴノートタンパク質はすべて同じRNA結合ドメイン、PAZとPiwiを持っています。[ 2 ]
Piwi-piRNA相互作用:核内では、この経路はDNAメチル化(A)、ヘテロクロマチンタンパク質1(HP1)およびH3K9ヒストンメチルトランスフェラーゼとの相互作用を介したヒストンH3K9のメチル化(B)に関与する。Piwi-piRNA経路はelF翻訳開始因子とも相互作用する(C)。[ 3 ]

Piwi (またはPIWI )遺伝子は、幹細胞生殖細胞の分化を担う調節タンパク質として同定されました。[ 4 ] Piwi は、ショウジョウバエP -element I nduced WI mpy testis [ a ]の略称です。[ 6 ] Piwi タンパク質は高度に保存されたRNA 結合タンパク質で、植物と動物の両方に存在します。[ 7 ] Piwi タンパク質はArgonaute / Piwi ファミリーに属し、核タンパク質に分類されています。ショウジョウバエの研究では、Piwi タンパク質には Piwi ドメインの存在によるスライサー活性がないことも示されています。[ 8 ]さらに、Piwi は、エピジェネティック モディファイアーであるヘテロクロマチンタンパク質 1や piRNA 相補配列と会合します。これらは、エピジェネティック制御における Piwi の役割を示しています。 Piwi タンパク質は、多くの Piwi 様タンパク質にスライサー活性が含まれており、これにより Piwi タンパク質が前駆体 piRNA を成熟した piRNA に処理できるようになるため、piRNA の生合成も制御すると考えられています。

タンパク質の構造と機能

いくつかの Piwi タンパク質とArgonaute タンパク質(Ago)の構造が解読されました。Piwi タンパク質は 2 つまたは 3 つのドメインを持つ RNA 結合タンパク質です。N 末端のPAZ ドメインはガイド RNA の 3' 末端に結合します。中央のMID ドメインはRNA の 5' リン酸に結合します。C 末端のPIWI ドメインはRNA を切断できるRNase H エンドヌクレアーゼとして機能します。 [ 9 ] [ 10 ] Ago タンパク質の小さな RNA パートナーはマイクロ RNA (miRNA) です。Ago タンパク質は、転写後に遺伝子をサイレンシングするために miRNA を使用するか、転写および転写後のサイレンシング機構の両方で小さな干渉 RNA (siRNA) を使用します。Piwi タンパク質は、miRNA や siRNA (約 20 ヌクレオチド) よりも長い piRNA (28~33 ヌクレオチド) と相互作用するため、Piwi タンパク質の機能は Ago タンパク質とは[ 9 ]

ヒトPiwiタンパク質

現在、ヒトPiwiタンパク質は4種類、すなわちPIWI様タンパク質1、PIWI様タンパク質2、PIWI様タンパク質3、およびPIWI様タンパク質4が知られています。ヒトPiwiタンパク質はすべて、PAZとPiwiという2つのRNA結合ドメインを有しています。4つのPIWI様タンパク質は、PAZドメイン内に広い結合部位を有しており、Piwiと相互作用するRNAの3'末端にあるかさばる2'-OCH3に結合することができます。[ 11 ]

主要なヒトホモログの一つは、その発現上昇が精上皮腫などの腫瘍の形成に関与していることが示唆されておりヒウィ(ヒトピウィ)と呼ばれている[ 12 ]

マウスの相同タンパク質はmiwi(mouse p iwi)と呼ばれています。[ 13 ]

生殖細胞における役割

PIWIタンパク質は、動物および繊毛虫類の生殖能力および生殖細胞の発生において極めて重要な役割を果たしています。最近、極性顆粒成分として同定されたPIWIタンパク質は、生殖細胞形成を非常に強く制御しているようで、PIWIタンパク質が欠如すると生殖細胞形成が著しく減少します。同様の観察結果は、PIWI、MILI、MIWI、およびMIWI2のマウスホモログでも得られました。これらのホモログは精子形成に存在することが知られています。Miwiは精母細胞形成および精細胞伸長の様々な段階で発現し、Miwi2はセルトリ細胞で発現します。MiliまたはMiwi-2のいずれかを欠損したマウスは精子形成幹細胞の停止を経験し、Miwi-2を欠損したマウスは精原細胞の劣化を経験しました。[ 14 ] ヒトおよびマウスの生殖細胞系におけるpiwiタンパク質の効果は、Piwiと小さな非コードRNAであるpiwi相互作用RNA(piRNA)がポリソームを共分画することが知られていることから、翻訳制御への関与に起因していると思われます。piwi-piRNA経路はまた、セントロメアにおけるヘテロクロマチン形成を誘導し、[ 15 ]転写に影響を与えます。piwi-piRNA経路はゲノムを保護するようでもあります。ショウジョウバエで初めて観察された変異型piwi-piRNA経路は、卵巣生殖細胞におけるdsDNA切断を直接的に増加させました。トランスポゾンサイレンシングにおけるpiwi-piRNA経路の役割は、生殖細胞におけるdsDNA切断の減少に関与している可能性があります。

RNA干渉における役割

piwiドメイン[ 16 ]piwiタンパク質および多数の関連核酸結合タンパク質、特にRNAに結合して切断するタンパク質に見られるタンパク質ドメインである。このドメインの機能は、アルゴノートファミリーの関連タンパク質で決定されている、二本鎖RNA誘導性一本鎖RNA加水分解である。 [ 1 ]アルゴノートは、最もよく研​​究されている核酸結合タンパク質ファミリーであり、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)の触媒機能を実行するRNase H酵素である。よく知られているRNA干渉の細胞プロセスにおいて、RISC複合体のアルゴノートタンパク質は、リボヌクレアーゼダイサーによって生成される外因性二本鎖RNAから生成される低分子干渉RNA(siRNA)と内因性非コードRNAから生成されるマイクロRNA(miRNA)の両方に結合し、RNA-RISC複合体を形成できる。この複合体は相補的な塩基対を形成するメッセンジャーRNAに結合して切断し、それを破壊してタンパク質への翻訳を阻害する。結晶化されたpiwiドメインは、結合したRNAの5'末端に対する保存された塩基結合部位を有する。siRNA鎖に結合するアルゴノートタンパク質の場合、siRNAの最後の不対ヌクレオチド塩基も、塩基と隣接するチロシン残基との間の塩基スタッキング相互作用によって安定化される。[ 17 ]

最近の知見は、piwiタンパク質が生殖細胞系列決定において機能的役割を果たすのは、miRNAと相互作用する能力によることを示唆している。miRNA経路の構成要素は極質に存在し、ショウジョウバエ(Drosophila melanogaster)の初期発生形態形成において重要な役割を果たしていると考えられており、ショウジョウバエ における生殖細胞系列の維持については広く研究されている。[ 18 ]

piRNAとトランスポゾンサイレンシング

哺乳類細胞において、 Piwi相互作用RNA (piRNA)として知られる、平均よりも長いmiRNAの新しいクラスが同定されました。piRNAの長さは約26~31ヌクレオチドで、一般的なmiRNAやsiRNAの長さは約21ヌクレオチドです。これらのpiRNAは、主に哺乳類の精巣にある精子形成細胞で発現します。[ 19 ]しかし、研究では、piRNAの発現は無脊椎動物の卵巣体細胞や神経細胞、そして他の多くの哺乳類の体細胞でも見られることが報告されています。piRNAはマウスラットヒトゲノムで同定されており、通常とは異なる「クラスター化された」ゲノム構成をしています。 [ 20 ]このクラスター構成は、レトロトランスポゾンなどのゲノムの反復領域、または通常はヘテロクロマチンに組織化される領域に由来する可能性があり、通常は二本鎖RNAのアンチセンス鎖のみに由来します。[ 21 ] piRNAはリピート関連低分子干渉RNArasiRNA )に分類されている。[ 22 ]

piRNAとPiwiタンパク質の生合成はまだ十分に解明されていないが、レトロトランスポゾンなどの利己的遺伝要素の発現を抑制し、そのような配列の遺伝子産物が生殖細胞の形成を妨げるのを防ぐ内因性システムを形成すると考えられている。[ 21 ] [ 23 ]

脚注

  1. ^「Wimpy」という単語自体は、白い目の色とインポテンシー(重度の不妊)に由来しています。Yより発音しやすくまとまりのある単語にするために接尾辞として付けられました。 [ 5 ]

参考文献

  1. ^ a b Rivas FV、Tolia NH、Song JJ、他。 (2005 年 4 月)。 「精製された Argonaute2 と siRNA は組換えヒト RISC を形成します」。ナット。構造体。モル。バイオル12 (4): 340– 9.土井: 10.1038/nsmb918PMID  15800637S2CID  2021813
  2. ^Uniprot:ユニバーサルナレッジデータベース」 . Nucleic Acids Research . 45 (D1): D158– D169. 2017. doi : 10.1093/nar/gkw1099 . PMC 5210571. PMID 27899622 .  
  3. ^ Lindse K (2013). 「Piwi-RNA、ゲノムの守護者」 Bio -Synthesis, Inc.
  4. ^ Cox DN, Chao A, Lin H (2000). 「piwiは核質因子をコードし、その活性は生殖細胞系幹細胞の数と分裂速度を調節する」. Development . 127 (3): 503–14 . doi : 10.1242/dev.127.3.503 . PMID 10631171 . 
  5. ^ Ross RJ, Weiner MM, Lin H (2014). 「細胞体におけるPIWIタンパク質とPIWI相互作用RNA」 . Nature . 505 ( 7483): 353– 359. Bibcode : 2014Natur.505..353R . doi : 10.1038/nature12987 . PMC 4265809. PMID 24429634 .  
  6. ^ Lin H, Spradling AC (1997). 「Pumilio遺伝子変異の新規群はショウジョウバエ卵巣における生殖系列幹細胞の非対称分裂に影響を与える」. Development . 124 (12): 2463–2476 . doi : 10.1242/dev.124.12.2463 . PMID 9199372 . 
  7. ^ Cox DN, Chao A, Baker J, Chang L, Qiao D, Lin H (1998). 「piwiによって定義される進化的に保存された新しい遺伝子群は幹細胞の自己複製に必須である」 . Genes Dev . 12 (23): 3715–27 . doi : 10.1101/gad.12.23.3715 . PMC 317255. PMID 9851978 .  
  8. ^ Darricarrere N, Liu N, Watanabe T, Lin H (2013). 「核内Piwi/Argonauteタンパク質であるPiwiの機能は、スライサー活性に依存しない」 . Proc Natl Acad Sci USA . 110 (6): 1297– 1302. Bibcode : 2013PNAS..110.1297D . doi : 10.1073/ pnas.1213283110 . PMC 3557079. PMID 23297219 .  
  9. ^ a b Zeng, Lei; Zhang, Qiang; Yan, Kelley; Zhou, Ming-Ming (2011-06-01). 「ヒトPIWI-like 1 PAZドメインによるpiRNA認識の構造的知見」 . Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics . 79 (6): 2004– 2009. doi : 10.1002/prot.23003 . ISSN 1097-0134 . PMC 3092821. PMID 21465557 .   
  10. ^ Wei, Kai-Fa; Wu, Ling-Juan; Chen, Juan; Chen, Yan-feng; Xie, Dao-Xin (2012年8月). 「アルゴノートタンパク質の構造進化と機能多様化解析」. Journal of Cellular Biochemistry . 113 (8): 2576– 2585. doi : 10.1002/jcb.24133 . ISSN 1097-4644 . PMID 22415963. S2CID 25990631 .   
  11. ^ Tian Y, Simanshu D, Ma J, Patel D (2010). 「Piwi PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille)ドメインによるpiRNA 2'-O-メチル化3'-末端認識の構造的基盤」 . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 108 (3): 903– 910. doi : 10.1073/pnas.1017762108 . PMC 3024652. PMID 21193640 .  
  12. ^ Qiao D, Zeeman AM, Deng W, Looijenga LH, Lin H (2002). 「piwi遺伝子ファミリーに属するヒト遺伝子hiwiの分子生物学的特徴:その過剰発現は精上皮腫と相関する」 . Oncogene . 21 (25): 3988–99 . doi : 10.1038/sj.onc.1205505 . PMID 12037681 . 
  13. ^ Deng W, Lin H (2002). 「piwiのマウスホモログであるmiwiは、精子形成に必須の細胞質タンパク質をコードする」 Dev Cell . 2 (6): 819–30 . doi : 10.1016/s1534-5807(02)00165-x . PMID 12062093 . 
  14. ^ Mani S, Juliano C (2013). 「ウェブを解き明かす:PIWI/piRNA経路の多様な機能」 . Mol. Reprod. Dev . 80 (8): 632– 664. doi : 10.1002 / mrd.22195 . PMC 4234069. PMID 23712694 .  
  15. ^ Thomson T, Lin H (2009). 「PIWIタンパク質とpiRNA生合成と機能:進歩と展望」 . Annu. Rev. Cell Dev. Biol . 25 : 355– 376. doi : 10.1146/annurev.cellbio.24.110707.175327 . PMC 2780330. PMID 19575643 .  
  16. ^ Cerutti L, Mian N, Bateman A (2000年10月). 「遺伝子サイレンシングと細胞分化タンパク質におけるドメイン:新規PAZドメインとPiwiドメインの再定義」. Trends Biochem. Sci . 25 (10): 481–2 . doi : 10.1016/S0968-0004(00)01641-8 . PMID 11050429 . 
  17. ^ Ma J, Yuan Y, Meister G, Pei Y, Tuschl T, Patel D (2005). 「A. fulgidus Piwiタンパク質によるガイドRNAの5'末端特異的認識の構造的基盤」 . Nature . 434 ( 7033): 666– 70. Bibcode : 2005Natur.434..666M . doi : 10.1038/nature03514 . PMC 4694588. PMID 15800629 .  
  18. ^ Megosh HB, Cox DN, Campbell C, Lin H (2006). 「ショウジョウバエの生殖細胞系列決定におけるPIWIとmiRNA機構の役割」 . Curr Biol . 16 (19): 1884–94 . Bibcode : 2006CBio...16.1884M . doi : 10.1016/j.cub.2006.08.051 . PMID 16949822. S2CID 6397874 .  
  19. ^ Kim VN (2006). 「小さなRNAが大きく成長:哺乳類の精巣におけるPiwi相互作用RNA(piRNA)」 Genes Dev . 20 (15): 1993–7 . doi : 10.1101/gad.1456106 . PMID 16882976 . 
  20. ^ Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA (2006). 「生殖細胞特異的な低分子RNAクラスが哺乳類のPiwiタンパク質に結合する」Nature . 442 (7099): 199– 202. Bibcode : 2006Natur.442..199G . doi : 10.1038/nature04917 . PMID 16751776 . S2CID 3185036 .  
  21. ^ a b Vagin VV, Sigova A, Li C, Seitz H, Gvozdev V, Zamore PD (2006). 「明確なsmall RNA経路が生殖細胞系列における利己的遺伝要素をサイレンシングする」. Science . 313 ( 5785): 320–4 . Bibcode : 2006Sci...313..320V . doi : 10.1126/science.11 ​​29333. PMID 16809489. S2CID 40471466 .  
  22. ^ Saito K, Nishida KM, Mori T, Kawamura Y, Miyoshi K, Nagami T, Siomi H, Siomi MC (2006). 「Piwiショウジョウバエゲノム中のレトロトランスポゾンおよびヘテロクロマチン領域由来のrasiRNAとの特異的な関連性」 . Genes Dev . 20 (16): 2214–22 . doi : 10.1101/gad.1454806 . PMC 1553205. PMID 16882972 .  
  23. ^ Ozata DM, Gainetdinov I, Zoch A, Phillip D, Zamore PD (2019). 「PIWI相互作用RNA:大きな機能を持つ小さなRNA」PDF) . Nature Reviews Genetics . 20 (2): 89– 108. doi : 10.1038/s41576-018-0073-3 . PMID 30446728. S2CID 53565676 .