| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | 化学シフトデータベース |
キャプチャされたデータの種類 | 再参照されたタンパク質およびポリペプチドの化学シフト割り当て |
| 接触 | |
| 研究センター | アルバータ大学 |
| 研究室 | デビッド・S・ウィシャート |
| 主な引用 | RefDB: タンパク質化学シフトを統一的に参照したデータベース。[1] |
| アクセス | |
| Webサイト | http://refdb.wishartlab.com/ |
| ダウンロードURL | http://refdb.wishartlab.com/ |
| その他 | |
| データ公開 頻度 | 毎週、定期的な修正と更新を実施 |
| キュレーションポリシー | 自動的にキュレーション |
再参照タンパク質化学シフトデータベース（RefDB） [ 1]は、BioMagResBank（BMRB）（図1）から得られた、慎重に補正または再参照された化学シフトのNMR分光法データベースです。データベースは、構造ベースの化学シフト計算プログラム（SHIFTX）を使用して、BMRBで以前に報告された割り当てられたタンパク質のX線またはNMR座標データから予想されるタンパク質の(1)H、(13)C、および(15)N化学シフトを計算することで組み立てられました。比較はSHIFTCORと呼ばれるプログラムによって自動的に行われます。RefDBデータベースは現在、2000を超える割り当てられたペプチドとタンパク質の参照補正された化学シフトデータを提供しています。データベースのデータによると、タンパク質が(13)Cに割り当てられたBMRBエントリの約25％と、タンパク質が(15)Nに割り当てられたBMRBエントリの27％で、大幅な化学シフト参照の再調整が必要です。さらに、BioMagResBank に登録されているタンパク質エントリの約 40% に、少なくとも 1 つの割り当てエラーがあるようです。ユーザーは、RefDB ウェブサイトから利用可能な様々な方法でデータベースをダウンロード、検索、または閲覧できます。RefDB は、ペプチドやタンパク質の化学シフト傾向を導出または計算したい生体分子 NMR 分光学者のための標準的な化学シフトリソースを提供します。
範囲とアクセス
RefDBのすべてのデータは非独占的であるか、非独占的情報源から取得されています。誰でも自由にアクセスでき、利用可能です。さらに、ほぼすべてのデータ項目は完全に追跡可能であり、元の情報源への参照が明示的に示されています。RefDBのデータは、公開Webインターフェースとダウンロードを通じて入手できます。
特徴
RefDB 内のすべての化学シフトは、計算により DSS (一般的な NMR化学シフト標準)に再参照されています。 [1] RefDB は継続的に更新されるリソースで、ウェブボットを使用して公開データベース (BMRB、GenBank、Protein Data Bank ) にクエリを実行し、割り当て、配列、構造データを毎週取得します。次に、一連のデータチェックルーチン (常磁性または変性タンパク質を除外するためのキーワードを使用) を適用し、一連の計算を実行して化学シフト参照エラーを特定し修正します。RefDB は完全にウェブ対応のデータベースで、2 つの標準形式 ( NMR-STARおよび Shifty) でデータを保存し、自動化されたデータの更新、チェック、検証を実行し、完全にダウンロード可能なフラットファイル形式とハイパーリンクされた参照可能なテーブル (図 2 を参照) で出力データへのオープンアクセスを提供します。RefDB は、キーワードクエリと配列検索 (ローカルBLASTを使用) もサポートしています。RefDB は通常毎週更新されます。 RefDBデータベースとその関連ソフトウェアは、http://refdb.wishartlab.comおよびBMRBのウェブサイトから無料で入手できます。[1]
プロトコル
RefDBは、3つの異なるコンピュータプログラムを組み合わせて作成されています。最初のプログラム（SHIFTX）は、タンパク質の3次元座標データからバックボーンの1H、13C、15Nの化学シフトを計算します。2番目のプログラム（ SHIFTCOR）は、計算されたシフトと観測されたシフトを比較し、統計的に有意な差を評価し、必要な化学シフト補正を行います。3番目のプログラム（UPDATE）は、新たに登録されたBMRBデータと対応するPDBデータを自動的に取得します。UPDATEは、データをSHIFTCORに送信し、「補正された」化学シフトファイルをRefDBデータベースに追加します。[1]
RefDBが提供するもの
- 2162個の再参照されたタンパク質化学シフトファイルのダウンロード可能なデータベース
- BMRBおよび再参照されたBMRBエントリと対応するPDBエントリの包括的なリスト（図2を参照）
- すべてのRefDBエントリのタブ区切りの要約
- 各タンパク質配列の二次構造情報をShifty形式で表示
- 統計情報
- バックボーン原子の参照誤差（ppm）
- 二次構造の割り当てのための平均バックボーン化学シフト値（アルファヘリックス、ベータ、コイル）
参照
参考文献
- ^ abcde Zhang, H; Neal, S.; Wishart, DS (2003年3月). 「RefDB: 統一的に参照されたタンパク質化学シフトのデータベース」. J. Biomol. NMR . 25 (3): 173– 195. doi :10.1023/A:1022836027055. PMID 12652131. S2CID 12786364.
一般的な参考文献
- Wishart, DS (2011年2月). 「タンパク質化学シフトデータの解釈」.核磁気共鳴分光法の進歩. 58 ( 1–2 ): 62– 87. Bibcode :2011PNMRS..58...62W. doi :10.1016/j.pnmrs.2010.07.004. PMID : 21241884.
- Wishart, DS; Case DA (2001). 「高分子構造決定における化学シフトの利用」.生体高分子の核磁気共鳴法 パートA. Methods in Enzymology. 第338巻. pp. 3– 34. doi :10.1016/s0076-6879(02)38214-4. ISBN 9780121822392. PMID 11460554。
- Wang, L; Eghbalnia HR; Bahrami A; Markley JL (2005年5月). 「炭素13化学シフト差の線形解析と、その参照およびスピンシステム同定におけるエラーの検出と修正への応用」. Journal of Biomolecular NMR . 32 (1): 13– 22. doi :10.1007/s10858-005-1717-0. PMID 16041479. S2CID 33690078.
