ファム89A
ヒトのタンパク質と遺伝子
FAM89A
識別子
エイリアスFAM89A、C1orf153、配列類似性89のメンバーAを持つファミリー
外部IDMGI : 1916877; HomoloGene : 18887; GeneCards : FAM89A; OMA :FAM89A - オルソログ
オルソログ
種人間ねずみ
エントレズ

375061

69627

アンサンブル

ENSG00000182118

ENSMUSG00000043068

ユニプロット

Q96GI7

Q14BJ1

RefSeq (mRNA)

NM_198552

NM_001081120

RefSeq（タンパク質）

NP_940954

NP_001074589

場所（UCSC）1章: 231.02 – 231.04 Mb8章: 125.47 – 125.48 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
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タンパク質 FAM89A（配列相同性89のファミリー、メンバーA）は、ヒトにおいてFAM89A遺伝子によってコードされるタンパク質です。これは、染色体1のオープンリーディングフレーム153（C1orf153）としても知られています。FAM89A遺伝子の発現は胎盤と脂肪組織で最も高く観察されます。その機能はほとんど解明されていませんが、FAM89Aはインターロイキンへの曝露に応じて発現が異なり、免疫応答経路や、アテローム性動脈硬化症や神経膠腫細胞の発現など、様々な病態に関与していることが示唆されています。[5] [6]

遺伝子

FAM89AはARV1遺伝子の下流に位置します。

FAM89A遺伝子は、ヒトのタンパク質をコードする遺伝子であり、1番染色体のマイナス鎖、1q42.2のマップ位置に位置しています。1番染色体オープンリーディングフレーム153（C1orf153）としても知られています。[7] [8] [9] FAM89A遺伝子の一次mRNA転写産物は1,503塩基対の長さです。[10] FAM89Aには他の転写産物バリアントは存在しません。この遺伝子は、1つの大きなイントロン領域を挟む2つのエクソンで構成されています。[11] FAM89Aは、染色体1のプラス鎖上のFAM89Aの下流に位置するTRIM67（Tripartite Motif Containing 67）遺伝子と、染色体1のプラス鎖上のFAM89Aの上流に位置するARV1（ARV1ホモログ、脂肪酸恒常性調節因子）遺伝子に隣接している。[11] [12]

タンパク質

生化学

FAM89Aタンパク質は184アミノ酸から構成され、分子量は18.6kDa、等電点は5.64と予測されています。[13]タンパク質配列内には、GARAAとASGGという2つの小さな反復配列が2回確認されています。FAM89Aタンパク質の構成は、ロイシン（14.1%）、グリシン（12.0%）、アラニン（11.4%）、セリン（11.4%）の4つのアミノ酸の豊富さで特徴付けられます。FAM89Aは、81位から115位まで、7アミノ酸ごとにロイシン残基が5回周期的に繰り返しており、これは予測されるロイシンジッパー構造モチーフの特徴です。[14] [15]

保存されたドメイン

FAM89Aには、アミノ酸位置84-122に位置するPF14854と呼ばれる保存されたロイシンリッチアダプタータンパク質ドメイン（LURAP）が含まれています。 [16] [17] LURAPスーパーファミリーのタンパク質は、標準的なNF- κB経路の活性化因子であり、樹状細胞における抗原提示と炎症性サイトカインの産生の促進に関与しています。[18]

二次構造

FAM89Aは40%がαヘリックス、11%が伸長鎖、49%がランダムコイルであると予測されている。 [19]保存されたLURAPドメインはαヘリックスを形成すると予測されている。[20] [21] [22] [23]

三次構造

FAM89Aの三次構造はX線結晶構造解析によってまだ決定されていない。I -TASSERソフトウェアは、ロイシンジッパーモチーフを示唆するαヘリックスモノマーの二量体化を予測している。[21] [22] [23]

遺伝子レベルの制御

プロモーター

RH-30細胞株の免疫蛍光染色により、FAM89Aがゴルジ体、小胞、核質（緑色で表示）に局在することが明らかになった。[24]

FAM89Aプロモーター領域の長さは1,104塩基対である。[25]この領域には、TFIIB（RNAポリメラーゼII転写因子IIB）、PLAG1（多形性腺腫遺伝子1）、MZF1（骨髄性ジンクフィンガー1因子）、SP1（GCボックス因子SP1/GC）など、さまざまな転写因子の結合部位が含まれている。 [11] [25]

表現パターン

FAM89Aの最も高い発現は胎盤と脂肪組織で観察されています。[26] [27] RNAシークエンシングデータでは、副腎、肺、皮膚、脾臓、乳房でも中程度のFAM89A発現が明らかになっています。[8] [12]マイクロアレイハイブリダイゼーションでは、胎盤での高いFAM89A発現と、肺、脊髄、皮膚、副腎、網膜での中程度の発現が裏付けられています。[28]

タンパク質レベルの調節

細胞内局在

FAM89Aタンパク質は、核質、ゴルジ体、および/または小胞に局在することが示唆されている。[29] [30] PSORT II検索結果における細胞質/核識別のためのラインハルト法は、信頼性スコア89で核局在を予測する。FAM89Aの局在予測は、核（52.2％）で最も高く、次いでミトコンドリア（34.8％）、細胞骨格（8.7％）の順で、細胞質が最も低いスコア（4.3％）となっている。[14] PredictProteinツールは、核内の細胞内局在の予測をサポートする。[31]

翻訳後修飾

リン酸化/O結合型β-N-アセチルグルコサミン

FAM89Aには、アミノ酸位置30、32、168に位置する 3つの予測リン酸化部位があり、これらは遠縁の相同遺伝子間で保存されている。 [32]予測される位置32のリン酸化部位は、その相同遺伝子であるFAM89Bの位置28で実験的に確認されている。[33]位置158には、リン酸化とO結合型β-N-アセチルグルコサミン（O-GlcNAc）の競合結合部位が存在する可能性があり、[34] FAM89Aが核質に局在することを裏付けている。[29] [30]

ロイシンリッチアダプタータンパク質 (LURAP) ドメインと翻訳後修飾の注釈が付いた、184 アミノ酸 (aa) 長の FAM89A タンパク質の概略図。

糖化

NetGlycate 1.0サーバーは、57番目と95番目の位置に2つの糖化部位を予測しています。[35]これらの残基は、遠縁のFAM89A相同遺伝子間で保存されています。これらのリジンの糖化は、マクロファージに取り込まれて動脈壁に取り込まれる終末糖化産物（AGE）を生成するため、アテローム性動脈硬化症の重要な因子となることが知られています。 [36]

SUMO化

SUMOplot は、位置 83 にSUMO (Small Ubiquitin-like Modifier) タンパク質部位を予測します。残基は、遠い FAM89A オルソログで保存されています。

相同性/進化

FAM89A とその相同遺伝子である FAM89A とのペアワイズ配列アライメントにより、実験的に検証された FAM89B リン酸化部位を含む未確認の保存領域が明らかになりました。

パラログ

FAM89Aの重要なヒトパラログはFAM89Bで、ヒト11番染色体のマップ位置11q13.1に位置している。[37] FAM89Bは、ロイシンリピートアダプタータンパク質25（LRAP25）および乳腺腫瘍ウイルス受容体ホモログ1（MTVR1）としても知られている。[37] FAM89Aのオーソログは、二枚貝、ウミユリ類、半索動物、ヒトデ、カブトガニに存在するが、 FAM89Bは存在しない。[38] FAM89Bのオーソログは、腕足動物と鰓曳動物に存在するが、FAM89Aは存在しない。パラログは約7億3600万年前に分岐したと考えられる。[39]

オルソログ

FAM89Aは、真口類（骨脊椎動物）において広く保存されています。その相同遺伝子は、哺乳類、両生類、爬虫類、鳥類、魚類、そして様々な昆虫に見られます。[40]遠縁のFAM89A相同遺伝子は、タコ、ホタテガイ、アリ、ハチにも存在します。[41] [42] [43] [44]

Fam89A オルソログ
属と種 通称 分類群（目） 人類の系統からの分岐の中央値（MYA） 受入番号 配列同一性（％）
ホモ・サピエンス 人間 霊長類 - NP_940954 -
ドブネズミ ドブネズミ 齧歯類 89 NP_001011711 79.3%
アシノニクス・ジュバトゥス チーター 食肉類 94 XP_026902687 92.9%
ネコ科の動物 猫 食肉類 94 XP_023096185 92.4%
イヌ・ルプス・ディンゴ ディンゴ 食肉類 94 XP_025304333 91.3%
ネオモナクス・シャウインスランディ ハワイアンモンクアザラシ 食肉類 94 XP_021551830 90.8%
フィセター・カトドン マッコウクジラ 偶蹄類 94 XP_023972851 90.2%
Bubalus bubalis 水牛 偶蹄類 94 XP_006055609 88.6%
ルーセットス・アエジプティアクス エジプトオオコウモリ 翼手目 94 XP_016018927 75.5%
ノトプロクタ・ペルディカリア チリのティナモウ Tinamiformes 318 XP_025909144 61.1%
ヤモリ シュレーゲルニホンヤモリ 有鱗目 318 XP_015284726.1 49.8%
アフリカツメガエル アフリカツメガエル アヌラ 351.7 NP_001121297 65.6%
ミクロカエシリア・ユニカラー 小さなカイエンアシナシイモリ ギムノフィオナ 351.7 XP_030051069 63.6%
スクレロパゲス・フォルモスス アジアアロワナ 骨舌目 433 XP_018597917 52.6%
カロリンカス・ミリ オーストラリアのゴーストシャーク キマエリ目 465 XP_007893339 54.5%
オニヒトデ オニヒトデ ヴァルヴァティーダ 627 XP_022103224 30.8%
ブランキオストーマ・ベルケリ ランスレット ナミガラス目 637 XP_019630993.1 27.1%
パラステアトダ・テピダリオラム 一般的なイエグモ クモ目 736 XP_015922370 32.8%
ミズホペクテン・イェッソエンシス ホタテ貝 ペクチニダ 736 XP_021378459 22.0%
タコ タコ タコ類 736 XP_029642735 19.2%
キフォミルメクス・コスタス 菌類を育てるアリ 膜翅目 736 KYN04870.1 10.9%
ユーフリーセア・メキシカーナ オーキッドビー 膜翅目 736 OAD57070 10.5%
FAM89A の相対的相違は、急速に進化している遺伝子であるフィブリノーゲンや、ゆっくり進化している遺伝子であるシトクロム c と比較して、FAM89A の変異蓄積速度が速いことを示しています。

進化

分子時計技術を用いた、フィブリノーゲン遺伝子およびシトクロム c遺伝子に対するアミノ酸変化の蓄積率は、FAM89A が急速に進化していることを示しています。

相互作用するタンパク質

FAM89Aは、ゴルジ体と小胞体（ER）の生合成と細胞周期中のERの組み立てと維持に関与するアダプタータンパク質であるUBXN2B（UBXドメインタンパク質2B）と相互作用することが実験的に判明している[45] [46]。

臨床的意義

病理学および疾患協会

FAM89Aは、喫煙が動脈硬化性プラーク負荷リスクに及ぼす影響の調節に関与していることが示唆されている。[5] 2014年に実施された研究では、喫煙頻度の異なる264人のカリブ海諸国出身のヒスパニック系コホートを対象に頸動脈プラーク負荷を評価し、頸動脈プラーク負荷に対する喫煙の影響と顕著な相互作用を示す11の一塩基多型（SNP）が特定された。その中には、FAM89A遺伝子内に位置するSNP rs6700792も含まれていた。[5]

FAM89Aは発熱患者におけるウイルス感染と細菌感染の鑑別にも関与していることが示唆されている。[6] 2016年にロンドン大学インペリアル・カレッジ感染症部門で実施された研究では、血液ベースのトランスクリプトームバイオマーカーを評価し、細菌感染を伴う発熱患者でFAM89Aの発現が増加していることが明らかになった。[47] [48]

2019年に行われたFAM89Aに関する研究は、神経膠腫の原因となるメチル化部位を持つ遺伝子を対象としていました。研究者らは、FAM89Aの異常な発現が神経膠腫の遺伝子発現プロファイリング研究と相関していることを発見しました。[49]

マイクロアレイハイブリダイゼーションデータでは、気道上皮細胞のインターロイキン13への曝露とCD8+ Tリンパ球のインターロイキン10への曝露に対するFAM89A発現のわずかな減少が明らかになった。[50] [51]

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