Fam89A
ヒトのタンパク質と遺伝子
FAM89A
識別子
別名FAM89A、C1orf153、配列類似性89のファミリーメンバーA
外部IDMGI : 1916877; HomoloGene : 18887; GeneCards : FAM89A; OMA : FAM89A - オーソログ
オーソログ
種ヒトマウス
Entrez

375061

69627

Ensembl

ENSG00000182118

ENSMUSG00000043068

UniProt

Q96GI7

Q14BJ1

RefSeq (mRNA)

NM_198552

NM_001081120

RefSeq（タンパク質）

NP_940954

NP_001074589

場所 (UCSC)1 番地: 231.02 – 231.04 Mb8 番地: 125.47 – 125.48 Mb
PubMed検索[3][4]
ウィキデータ
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タンパク質 FAM89A（配列相同性89のファミリー、メンバーA）は、ヒトにおいてFAM89A遺伝子によってコードされるタンパク質です。これは、染色体1のオープンリーディングフレーム153（C1orf153）としても知られています。FAM89A遺伝子の発現は胎盤と脂肪組織で最も高く観察されます。その機能はほとんど解明されていませんが、FAM89Aはインターロイキンへの曝露に応じて発現が異なり、免疫応答経路や、アテローム性動脈硬化症や神経膠腫細胞の発現など、様々な病態に関与していることが示唆されています。[5] [6]

遺伝子

ARV1遺伝子の下流に位置するFAM89A

FAM89A遺伝子は、ヒトのタンパク質をコードする遺伝子であり、1番染色体のマイナス鎖、1q42.2のマップ位置に位置しています。1番染色体オープンリーディングフレーム153（C1orf153）としても知られています。[7] [8] [9] FAM89A遺伝子の一次mRNA転写産物は1,503塩基対の長さです。[10] FAM89Aには他の転写産物バリアントは存在しません。この遺伝子は、1つの大きなイントロン領域を挟む2つのエクソンで構成されています。[11] FAM89Aは、染色体1のプラス鎖上のFAM89Aの下流に位置するTRIM67（Tripartite Motif Containing 67）遺伝子と、染色体1のプラス鎖上のFAM89Aの上流に位置するARV1（ARV1ホモログ、脂肪酸恒常性調節因子）遺伝子に隣接している。[11] [12]

タンパク質

生化学

FAM89Aタンパク質は184アミノ酸から成り、予測分子量は18.6kDa、予測等電点は5.64です。[13]タンパク質配列内には、GARAAとASGGという2つの小さな反復配列が2回見つかりました。FAM89Aタンパク質の構成は、ロイシン（14.1%）、グリシン（12.0%）、アラニン（11.4%）、セリン（11.4%）の4つのアミノ酸の豊富さで特徴付けられます。FAM89Aは、81～115番目のアミノ酸位置で7つごとにロイシン残基の5つの周期的な反復を示しており、これは予測されるロイシンジッパー構造モチーフの特徴です。[14] [15]

保存されたドメイン

FAM89Aは、アミノ酸位置84～122に位置するPF14854と呼ばれる保存されたロイシンリッチアダプタータンパク質ドメイン（LURAP）を含みます。 [16] [17] LURAPスーパーファミリーのタンパク質は、標準的なNF- κB経路の活性化因子であり、樹状細胞における抗原提示と炎症性サイトカインの産生の促進に関与しています。[18]

二次構造

FAM89Aは、40%がαヘリックス、11%が伸長鎖、49%がランダムコイルであると予測されています。 [19]保存されたLURAPドメインは、αヘリックスを形成すると予測されています。[20] [21] [22] [23]

三次構造

FAM89Aの三次構造は、X線結晶構造解析によってまだ決定されていません。I -TASSERソフトウェアは、ロイシンジッパーモチーフを示唆するαヘリックスモノマーの二量体化を予測しています。[21] [22] [23]

遺伝子レベルの制御

プロモーター

RH-30細胞株の免疫蛍光染色により、FAM89Aがゴルジ体、小胞、核質（緑色で表示）に局在することが明らかになった。[24]

FAM89Aプロモーター領域の長さは1,104塩基対である。[25]この領域には、TFIIB（RNAポリメラーゼII転写因子IIB）、PLAG1（多形性腺腫遺伝子1）、MZF1（骨髄性ジンクフィンガー1因子）、SP1（GCボックス因子SP1/GC）など、さまざまな転写因子の結合部位が含まれている。 [11] [25]

発現パターン

FAM89Aの最も高い発現は胎盤と脂肪組織で観察されます。[26] [27] RNAシーケンシングデータでは、副腎、肺、皮膚、脾臓、乳房でも中程度のFAM89A発現が明らかになっています。[8] [12]マイクロアレイハイブリダイゼーションでは、胎盤での高いFAM89A発現と、肺、脊髄、皮膚、副腎、網膜での中程度の発現が裏付けられています。[28]

タンパク質レベルの調節

細胞内局在

FAM89Aタンパク質は、核質、ゴルジ体、および／または小胞に局在することが示唆されています。[29] [30] PSORT II検索結果における細胞質／核識別のためのラインハルト法は、信頼性スコア89で核局在を予測します。FAM89Aの局在予測は、核（52.2%）が最も高く、次いでミトコンドリア（34.8%）、細胞骨格（8.7%）、そして細胞質が最も低く（4.3%）なっています。[14] PredictProteinツールは、核における細胞内局在の予測をサポートしています。[31]

翻訳後修飾

リン酸化/O-結合型β-N-アセチルグルコサミン

FAM89Aには、アミノ酸位置30、32、168に位置する 3つの予測リン酸化部位があり、これらは遠縁の相同遺伝子間で保存されています。 [32]位置32の予測リン酸化部位は、そのパラログであるFAM89Bの位置28で実験的に検証されています。[33]位置158には、リン酸化とO-結合型β-N-アセチルグルコサミン（O-GlcNAc）の競合結合部位が存在する可能性があり、 [34] FAM89Aが核質に局在することを裏付けています。[29] [30]

ロイシンリッチアダプタータンパク質 (LURAP) ドメインと翻訳後修飾の注釈が付いた、184 アミノ酸 (aa) 長の FAM89A タンパク質の概略図。

糖化

NetGlycate 1.0サーバーは、57番目と95番目の2つの糖化部位を予測します。[35]これらの残基は、遠位のFAM89A相同遺伝子に保存されています。これらのリジンの糖化は、マクロファージに取り込まれて動脈壁に取り込まれる終末糖化産物（AGE）を生成するため、アテローム性動脈硬化症の重要な因子となることが知られています。[36]

SUMO化

SUMOplotは、 83番目の位置にあるSUMO（Small Ubiquitin-like Modifier）タンパク質部位を予測します。この残基は、遠く離れたFAM89Aオーソログ間で保存されています

相同性／進化

FAM89AとそのパラログであるFAM89Aとのペアワイズ配列アライメントにより、実験的に検証されたFAM89Bのリン酸化部位を含む未同定の保存領域が明らかになりました

パラログ

FAM89Aの重要なヒトパラログはFAM89Bで、ヒト11番染色体の11q13.1のマップ位置に位置しています。[37] FAM89Bは、ロイシンリピートアダプタータンパク質25（LRAP25）および乳腺腫瘍ウイルス受容体ホモログ1（MTVR1）としても知られています。[37] FAM89Aのオーソログは、二枚貝、ウミユリ類、半索動物、ヒトデ、カブトガニに存在しますが、FAM89Bは存在しません。[ 38] FAM89Bのオーソログは、腕足動物と鰓曳動物に存在しますが、FAM89Aは存在しません。これらのパラログは約7億3600万年前に分岐したと考えられます。[39]

オーソログ

FAM89Aは、真口類（骨脊椎動物）において広く保存されています。その相同遺伝子は、哺乳類、両生類、爬虫類、鳥類、魚類、そして様々な昆虫に見られます。[40]遠縁のFAM89A相同遺伝子は、タコ、ホタテガイ、アリ、ハチに存在します。[41] [42] [43] [44]

Fam89A相同遺伝子
属と種 一般名 分類群（目） 人類の系統からの分岐の中央値（MYA） アクセッション番号 配列同一性（％）
ホモ・サピエンス ヒト 霊長類 - NP_940954 -
ドブネズミ ドブネズミ 齧歯類 89 NP_001011711 79.3%
トゲネズミ チーター 食肉目 94 XP_026902687 92.9%
ネコ科 ネコ 食肉目 94 XP_023096185 92.4%
イヌ科 ディンゴ 食肉目 94 XP_025304333 91.3%
ネオモナクス・シャウインスランディ ハワイアンモンクアザラシ 食肉目 94 XP_021551830 90.8%
ハワイモンクアザラシ マッコウクジラ 偶蹄類 94 XP_023972851 90.2%
スイギュウ 水牛 偶蹄類 94 XP_006055609 88.6%
ルーセットス・アエジプティアクス エジプトオオコウモリ 翼手目 94 XP_016018927 75.5%
ノトプロクタ・ペルディカリア チリシギダマシ ニホンヤモリ目 318 XP_025909144 61.1%
ヤモリ シュレーゲルニホンヤモリ 有鱗目 318 XP_015284726.1 49.8%
アフリカツメガエル アフリカツメガエル 無尾目 351.7 NP_001121297 65.6%
ミクロカエシリア・ユニカラー 小さなカイエンアシナシイモリ ジムノフィオナ 351.7 XP_030051069 63.6%
スクレロパゲス・フォルモスス アジアアロワナ 骨舌目 433 XP_018597917 52.6%
カロリンカス・ミリ オーストラリアオオサメ ギンザメ目 465 XP_007893339 54.5%
オニヒトデ オニヒトデ ナメクジラ類 627 XP_022103224 30.8%
ブランキオスマ・ベルケリ ナメクジラ類 ナメクジウオ目 637 XP_019630993.1 27.1%
ナメクジラ類 一般的なイエグモ クモ目 736 XP_015922370 32.8%
ミズホペクテン・イエッソエンシス ホタテ イタコ綱 736 XP_021378459 22.0%
マダコ マダコ タコ類 736 XP_029642735 19.2%
キフォミルメクス・コスタス 菌類増殖アリ 膜翅目 736 KYN04870.1 10.9%
ユーフリーセア・メキシカーナ オーキッドビー 膜翅目 736 OAD57070 10.5%
FAM89Aの相対的分岐は、急速に進化している遺伝子であるフィブリノーゲンや、ゆっくりと進化している遺伝子であるシトクロムcと比較して、FAM89Aの変異蓄積速度が速いことを示しています

進化

分子時計技術 を用いて、フィブリノーゲン遺伝子とシトクロムc遺伝子に対するアミノ酸変化の蓄積速度は、FAM89Aが急速に進化していることを示しています

相互作用タンパク質

FAM89Aは、ゴルジ体と小胞体（ER）における生合成、および細胞周期中のERの組み立てと維持に関与するアダプタータンパク質であるUBXN2B（UBXドメインタンパク質2B）と相互作用することが実験的に判明しています[45] [46]

臨床的意義

病理と疾患の関連

FAM89Aは、喫煙がアテローム性動脈硬化性プラーク負荷リスクに及ぼす影響の調節に関与していることが示唆されています。[5] 2014年に実施された研究では、喫煙頻度の異なる264人のカリブ海諸国出身のヒスパニック系コホートを対象に頸動脈プラーク負荷を評価し、頸動脈プラーク負荷に対する喫煙の影響と顕著な相互作用を示す11の一塩基多型（SNP）が特定されました。これには、FAM89A遺伝子内に位置するSNP rs6700792が含まれます。[5]

FAM89Aは発熱患者におけるウイルス感染と細菌感染の鑑別にも関与していることが示唆されている。[6] 2016年にロンドン大学インペリアル・カレッジ感染症部門で実施された研究では、血液ベースのトランスクリプトームバイオマーカーを評価し、細菌感染を伴う発熱患者でFAM89Aの発現が増加していることが明らかになった。[47] [48]

2019年に行われたFAM89Aに関する研究は、神経膠腫の原因となるメチル化部位を持つ遺伝子を対象としていました。研究者らは、FAM89Aの異常な発現が神経膠腫の遺伝子発現プロファイリング研究と相関していることを発見しました。[49]

マイクロアレイハイブリダイゼーションデータでは、気道上皮細胞のインターロイキン13への曝露とCD8+ Tリンパ球のインターロイキン10への曝露に対するFAM89A発現のわずかな減少が明らかになった。[50] [51]

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