タンパク質NMR帰属検証のための確率的アプローチ
| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | タンパク質化学シフトの再参照 |
| キャプチャされたデータの種類 | データ入力: BMRB、NEF、SHIFTX、またはSHIFTY形式の化学シフト割り当て;データ出力: 参照補正された化学シフト割り当て |
| 接触 | |
| 研究センター | アルバータ大学 |
| 研究室 | デビッド・S・ウィシャート |
| 主な引用 | [ 1 ] |
| アクセス | |
| Webサイト | http://panav.wishartlab.com |
| その他 | |
| キュレーションポリシー | 手動でキュレーション（最終更新：2015年） |
タンパク質 NMR 割り当て検証のための確率的アプローチ( PANAV ) は、タンパク質の化学シフトの再参照に使用される、無料で利用できるスタンドアロン プログラムです。[ 1 ]化学シフトの参照は、タンパク質の核磁気共鳴において問題であり、報告されたNMR化学シフト割り当ての 20% 以上が不適切に参照されているようです。[ 1 ]特定の核 (特に 13C および 15N) では、これらの参照の問題により、1.0 ～ 2.5 ppm の系統的な化学シフト エラーが発生する可能性があります。この程度の化学シフト エラーがあると、タンパク質間の NMR 化学シフト割り当ての比較が非常に困難になることがよくあります。また、化学シフトを構造的に解釈することも非常に困難になります (つまり、二次構造を特定したり、化学シフトの改良を実行したりすること)。他のほとんどの化学シフト再参照ツールとは異なり[ 2 ] [ 3 ] [ 1 ]つまり、PANAV では、化学シフト参照エラーを修正する前にタンパク質の構造を知る必要はありません。このため、PANAV は、構造がまだ決定されていない新規または新たに割り当てられたタンパク質を含む NMR 研究に特に役立ちます。実際、このシナリオは、生体分子 NMR における割り当てケースの大部分を占めています。PANAV は、正しく参照されたタンパク質 (RefDB [ 2 ]にあります) の短い (3-6 残基) フラグメントに対して計算された残基固有および二次構造固有の化学シフト分布を使用して、誤って割り当てられた共鳴を識別します。具体的には、PANAV は、最初の (つまり、観測された) 化学シフト割り当てを、ローカル配列と期待される/予測される二次構造に基づく予想される化学シフトと比較します。このようにして、PANAV は誤って参照された化学シフト割り当てを識別し、再参照することができます。PANAV は、誤って割り当てられた可能性のある共鳴も識別できます。 PANAVは、既存の多数の再参照または誤割り当て検出プログラム（その多くは構造ベースのもの）と広範囲にテストおよび比較されています。これらの評価は、PANAVが既存のアプローチと同等か、あるいは優れていることを示しています。
参照
参考文献
- ^ a b c d Wang, B; Wang, Y.; Wishart, DS (2010). 「タンパク質NMR化学シフト割り当ての検証のための確率的アプローチ」J. Biomol. NMR . 47 (2): 85– 99. doi : 10.1007/s10858-010-9407-y . PMID 20446018. S2CID 22564072 .
- ^ a b Zhang H, Neal S, Wishart DS (2003). 「RefDB: 統一的に参照されたタンパク質化学シフトのデータベース」J. Biomol. NMR . 25 (3): 173– 195. doi : 10.1023/A:1022836027055 . PMID 12652131 . S2CID 12786364 .
- ^ Wushart, DS (2011年2月). 「タンパク質化学シフトデータの解釈」. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc . 58 ( 1–2 ): 62–87 . doi : 10.1016/j.pnmrs.2010.07.004 . PMID 21241884 .
