| シリウス | |
|---|---|
| 開発者 | サンディエゴスーパーコンピュータセンター |
| 最終リリース | 1.2 / 2008年11月18日 （2008年11月18日） |
| オペレーティング·システム | クロスプラットフォーム: Windows、Linux、macOS |
| タイプ | 分子モデリング |
| ライセンス | 学術的、非営利目的のプロプライエタリフリーウェア |
| Webサイト | ウェブ |
Siriusは、サンディエゴ・スーパーコンピュータ・センターで開発された分子モデリングおよび解析システムです。Siriusは、低分子やタンパク質の単純な表示にとどまらない、高度なユーザー要件に対応するように設計されています。Siriusは、高品質のインタラクティブ3Dグラフィックス、構造構築、タンパク質またはDNA一次配列の表示、リモートデータソースへのアクセス、分子動力学の軌跡の可視化をサポートしています。科学的な可視化と解析、そして化学と生物学の教育 に利用できます。
このソフトウェアは 2011 年現在サポートされていません。
主な特徴
Sirius は、次のような一連の機能を備えたさまざまなアプリケーションをサポートしています。
- フラグメントライブラリを使用した化学構造の構築と編集
- タンパク質構造と配列アライメント
- 既存のRasMolスクリプトと完全に互換性のあるコマンドラインインタープリタとスクリプトサポート
- 分子動力学軌道可視化の完全サポート
- タンパク質データバンクとUniprotデータベースで直接BLAST検索
- ロードしたデータの一部を移動し、残りを固定する機能
- 水素結合、立体衝突、ラマチャンドランプロットのインタラクティブな計算
- すべての主要な構造および配列形式をサポート
- フォトリアリスティックな画像を作成するためのPOV-Rayをバンドル
- 個々の視覚化コンポーネントにわたる統合された選択と色付け
Siriusは分子生物学ツールキットの一部として開発された分子グラフィックスコードとデータ構造に基づいています。[ 1 ]
RasMol互換スクリプト
Siriusは、構造の外観と向きを素早く操作できるコマンドラインインタープリターを備えています。コマンドセットはRasMolをモデルにしているため、既存のスクリプトと完全に互換性があります。Siriusに導入された追加コマンドは、複数の構造を同時に読み込んだ操作をサポートし、より柔軟な選択を可能にします。
既存のRasMolスクリプトをSiriusにインポートして実行することで、エンコードされた分子シーンの高品質な表現を作成できます。RasMolはSiriusとは異なる座標系を使用しているため、RasMolスクリプトをインポートする際には内部変換が行われ、方向の変化が正しく表示されます。ただし、手動で入力されたコマンドはSiriusの座標系に従って実行されます。[ 2 ]
Sirius は、いくつかの定義済みの原子残基セットとカラー スキームをサポートし、コマンド パネル インターフェイスを使用してスクリプトを編集できます。また、論理演算子と括弧を使用して複雑な選択コマンドを作成することもできます。
分子動力学の軌跡の可視化
Siriusには、フル機能の分子動力学可視化コンポーネントが搭載されています。AMBERおよびCHARMMシミュレーションの出力ファイル（圧縮ファイルおよびAMBER出力ファイルを含む）を読み込むことができます。軌道に沿ったRMSDの変化は、ユーザー定義の原子サブセットを用いて計算され、インタラクティブに更新されるグラフに表示されます。メモリ使用量を削減するため、大規模なマルチファイルシミュレーションはバッファモードで読み込むことができます。シミュレーションにタンパク質フォールドの変化が含まれる場合、Siriusは表示されている二次構造の特徴をリアルタイムで追跡・再計算するように設定できるため、構造の変化を観察する便利な方法となります。軌道全体または選択したフレームは、QuickTimeビデオまたはPOV-Rayシーンスナップショットセットとしてエクスポートでき、後で高品質のムービーに変換できます。
アクセスしてダウンロード
Siriusは、プロジェクトのウェブサイトから学術機関や非営利団体に所属する個人に無料で配布されています。[ 3 ]ネイティブデスクトップアプリケーションインストーラーは、 Windows、Linux、macOSで利用できます。
参照
参考文献
外部リンク
