分子グラフィックスシステムの一覧

これは高分子を視覚化するために使用される注目すべきソフトウェアシステムのリストです。[ 1 ]

名前 データ ライセンス テクノロジー 引用 コメント
アミラEM MM MRI光学SMI XRD独自仕様[ 2 ]Windows、Linux、Mac [ 3 ]OpenInventor/OpenGL をベースにしており、生命科学および生物医学科学に重点を置いています。
アスカラフデザイナーMM MD QM独自のC++[ 4 ]グラフィックス、モデル構築、分子力学、量子化学。
アビゾEM MM MRI光学SMI XRD独自仕様[ 5 ]Windows、Linux、Mac [ 6 ]Avizo は Amira から派生したもので、材料科学に重点を置いています。
アボガドロMM XRD MD無料のオープンソース、GPL C++、Qt、Pythonモジュール による拡張可能
ボール分子動力学MM NMRLGPLオープンソーススタンドアロンプ​​ログラム[ 7 ]
Cn3D無料のオープンソーススタンドアロンプ​​ログラム[ 8 ]NCBI C++ツールキット
オオバンX線回折無料のオープンソース
ガベディットXRD MM無料のオープンソースC [ 9 ]
ジェイモル無料のオープンソースJava (アプレットまたはスタンドアロンプ​​ログラム)ブラウザ用の トランスパイルされたHTML5 / JavaScript[ 10 ]独立した動きを持つ複数の分子の読み込み、表面と分子軌道、空洞の可視化、結晶の対称性などの高度な機能をサポートします。
MDLチャイム非営利目的で自由に使用可能 Windows専用 のC++ブラウザ プラグイン[ 11 ]分子および周期的システム (結晶、構造、流体など) を構築して視覚化し、軌道をアニメーション化し、分子軌道、密度、静電ポテンシャルを視覚化し、IR、NMR、誘電および光テンソルなどのグラフを視覚化します。
モルデンMM XRD独自の、無料で使用できる学術的 [ 12 ]
分子動作環境（MOE） HM MD MM NA QM SMI XRD独自のWindows、Linux、OS X; SVLプログラミング言語 低分子、高分子、タンパク質-リガンド複合体、結晶格子、分子表面、物性表面を構築、編集、可視化します。分子モデリング/創薬アプリケーションの広範なコレクションを提供するプラットフォームです。
モレケルMM XRD無料のオープンソースJava 3Dアプレットまたはスタンドアロンプ​​ログラム
モル*（モルスター）無料のオープンソースWebベース。WebGLとTypeScriptを使用 [ 13 ]RCSBおよびPDBeのウェブサイトに統合
ピモルMM XRD SMI EMオープンソース[ 14 ]パイソン[ 15 ]
ラスモル無料のオープンソースCスタンドアロンプ​​ログラム[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]
サムソンMM MD SMI MRI独自の制限付き無料版 Windows、Linux、Mac。C++ (Qt) [ 19 ]計算ナノサイエンス: 生命科学、材料など。モジュール型アーキテクチャ、SAMSON Elements と呼ばれるモジュール。
シリウス無料のオープンソースJava 3Dアプレットまたはスタンドアロンプ​​ログラム2011 年以降はサポートされなくなりました。
シグレスMM QM独自の[ 20 ]スタンドアロンプ​​ログラム[ 21 ]さまざまな分子システムを編集、視覚化、シミュレーションを実行します。
スパルタンMM QM独自の[ 22 ]スタンドアロンプ​​ログラム[ 23 ]生体分子を視覚化して編集し、PDB ファイルから結合リガンドを抽出してさらに計算分析を行う、合理化されたグラフィカル ユーザー インターフェイスを備えた完全な分子力学および量子化学計算パッケージです。
UCSFキメラXRD SMI EM MD無料のオープンソース[ 24 ]非商用利用[ 25 ]パイソン[ 26 ] [ 27 ]単一/複数配列ビューア、構造ベースの配列アライメント、統合解析のための自動配列構造クロストークが含まれています。[ 28 ]
VMDEM MD MM非営利目的での無料オープンソース[ 29 ]C++[ 30 ] [ 31 ]
もしもHM XRD学術研究者向けの プロプライエタリ、シェアウェアFortran、C、OpenGL、スタンドアロン [ 32 ]
ヤサラHM NMR XRC独自の制限付き無料版 C -アセンブリ、Windows、Linux、Mac [ 33 ]構造予測とドッキング機能を含む、フル機能の分子モデリングおよびシミュレーションプログラム。グラフィカルまたはテキストモード（クラスター）、Pythonインターフェース。

鍵

以下の表は、各システムで視覚化できるデータの種類を示しています。

参照

参考文献

  1. ^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, et al. (2010年3月). 「高分子構造の可視化」 . Nature Methods . 7 (3 Suppl): S42-55. doi : 10.1038/nmeth.1427 . PMC  7097155. PMID  20195256 .
  2. ^ Amira商用ライセンス
  3. ^ 「Amira for Life & Biomedical Sciences」 . 2019年2月28日. 2019年2月28日閲覧。
  4. ^ 「アスカラフ」. 2009 年9 月 24 日に取得。
  5. ^ Avizo商用ライセンス
  6. ^ 「Avizo：科学・産業データ向け3D可視化・分析ソフトウェア」 2018年9月26日. 2010年8月5日閲覧。
  7. ^ Hildebrandt, Andreas (2010年10月25日). 「BALL - 生化学アルゴリズムライブラリ 1.3」 . BMC Bioinformatics . 11 531. doi : 10.1186/1471-2105-11-531 . PMC 2984589. PMID 20973958 .  
  8. ^ Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (2000年6月). 「Cn3D: Entrezの配列と構造の表示」. Trends in Biochemical Sciences . 25 (6): 300–2 . doi : 10.1016/S0968-0004(00)01561-9 . PMID 10838572 . 
  9. ^ 「Gabedit 計算化学パッケージのグラフィカルユーザーインターフェース」。
  10. ^ 「Jmol: 3D化学構造を表示するオープンソースのJavaビューア」 。 2009年9月24日閲覧。
  11. ^ "Chime Pro" . Symx . 2009年9月24日閲覧。
  12. ^ 「分子と電子構造の可視化プログラムMolden」。
  13. ^デヴィッド・セーナル;ビットリッチ、セバスチャン。デシュパンデ、マンダール。スヴォボドヴァ、ラドカ。ベルカ、カレル。バズギエ、ヴァーツラフ。サミール州ヴェランカー。バーリー、スティーブン K.コチャ、ヤロスラフ。ローズ、アレクサンダー S. (2021-07-02)。「Mol* Viewer: 大きな生体分子構造の 3D 視覚化と分析のための最新の Web アプリ」。核酸研究。49 (W1)：W431～ W437。土井：10.1093/nar/gkab314。ISSN 1362-4962。PMC 8262734。PMID 33956157。   
  14. ^ 「PyMOLライセンス」 . GitHub . 2010年1月8日. 2023年3月27日閲覧。
  15. ^ 「PyMOL分子ビューア」 。 2009年9月24日閲覧。
  16. ^ Sayle RA, Milner-White EJ (1995年9月). 「RASMOL: すべての人のための生体分子グラフィックス」. Trends in Biochemical Sciences . 20 (9): 374– 376. doi : 10.1016/S0968-0004(00)89080-5 . PMID 7482707 . 
  17. ^ Bernstein HJ (2000年9月). 「RasMolの最近の変更点、変異体の組み換え」. Trends in Biochemical Sciences . 25 (9): 453–5 . doi : 10.1016/S0968-0004(00)01606-6 . PMID 10973060 . 
  18. ^ 「RasMolとOpenRasMolのホームページ」 。 2009年9月24日閲覧。
  19. ^サムソンコネクト
  20. ^ Scigress商用ライセンス
  21. ^ "Scigress" . fqs.pl. 2014年9月12日.
  22. ^ Spartan のウェブページ
  23. ^ Spartan チュートリアル & ユーザーズガイドISBN 1-890661-38-4
  24. ^ 「UCSF Chimeraコードリポジトリ」www.rbvi.ucsf.edu . 2023年3月27日閲覧。
  25. ^ UCSFキメラライセンス
  26. ^ Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (2004年10月). 「UCSF Chimera - 探索的研究と分析のための可視化システム」. Journal of Computational Chemistry . 25 (13): 1605–12 . Bibcode : 2004JCoCh..25.1605P . CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . doi : 10.1002/jcc.20084 . PMID 15264254. S2CID 8747218 .   
  27. ^ 「UCSFキメラ」 。 2009年9月24日閲覧。
  28. ^ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (2006年7月). 「UCSF Chimeraを用いた統合配列構造解析ツール」 . BMC Bioinformatics . 7 339. doi : 10.1186/1471-2105-7-339 . PMC 1570152. PMID 16836757 .  
  29. ^ Visual Molecular Dynamicsライセンス
  30. ^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (1996年2月). 「VMD：視覚分子動力学」. Journal of Molecular Graphics . 14 (1): 33–8 , 27–8 . doi : 10.1016/0263-7855(96)00018-5 . PMID 8744570 . 
  31. ^ 「VMD - Visual Molecular Dynamics」 . 2009年9月24日閲覧。
  32. ^ 「WHAT IF ホームページ」 。 2009年9月24日閲覧。
  33. ^ 「YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application」 。 2009年9月24日閲覧。
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