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SLiM（Selection on Linked Mutations）は、生態進化シナリオの遺伝的シミュレーションを時間的に前進的に実行するために設計されたソフトウェアです。研究者は、ライト・フィッシャーモデルと非ライト・フィッシャーモデルの両方に対応した複雑な集団遺伝学モデルのシミュレーションを行うことができます。GoogleScholar （特にバージョン3 ^[1] ）によると、1,000件を超える科学論文がSLiMのリリース論文の1つを引用しています（そして、おそらくシミュレーションにこのソフトウェアが使用されていると考えられます）。

SLiMは、突然変異、組み換え、移住、遺伝的浮動、^[2]繁殖力または生存の選択、 ^{[3]を含むさまざまな進化プロセスをサポートし、ユーザーが1つまたは複数の集団や種のさまざまな}選択圧や人口動態イベントの下でのゲノムの動態を探索できるように設計されています。^[4]

SLiMはスクリプト言語Eidosも提供しており、進化パラメータや集団内および集団間の相互作用を定義するためのカスタマイズオプションを提供します。EidosとSLiMに関するほぼすべての情報は、SLiM ^{[5]およびEidosのマニュアル[6]}に記載されています。

参考文献

1. Haller, Benjamin C.; Messer, Philipp W. (2019). 「SLiM 3: Wright–Fisherモデルを超える順方向遺伝シミュレーション」. Molecular Biology and Evolution . 36 (3): 632– 637. doi :10.1093/molbev/msy228. PMC  6389312. PMID  30517680 .
2. Haller, Benjamin C.; Messer, Philipp W. (2017). 「SLiM 2：柔軟でインタラクティブな順方向遺伝シミュレーション」. Molecular Biology and Evolution . 34 (1): 230– 240. doi :10.1093/molbev/msw211. PMID  27702775.
3. Haller, Benjamin C.; Messer, Philipp W. (2019). 「SLiM 3: Wright–Fisherモデルを超える順方向遺伝シミュレーション」. Molecular Biology and Evolution . 36 (3): 632– 637. doi :10.1093/molbev/msy228. PMC 6389312. PMID  30517680 . 
4. Haller, Benjamin C.; Messer, Philipp W. (2023). 「SLiM 4: 多種生態進化モデリング」. The American Naturalist . 201 (5): E127 – E139 . doi :10.1086/724133. PMC 10793872. PMID  37130229 .  
5. Haller, BC; Messer, PW (2016). 「SLiM: 進化型シミュレーションフレームワーク」(PDF) . 2024年8月26日閲覧。
6. Haller, BC (2016). 「Eidos: シンプルなスクリプト言語」(PDF) . 2024年8月26日閲覧。