| 10万病原体ゲノムプロジェクト | |
|---|---|
| プロジェクトの種類 | 学術、公共、民間のパートナーシップ |
| 間隔 | 2012年7月 – |
| Webサイト | 100kgenomes.org |
10万病原体ゲノムプロジェクトは、 2012年7月にバート・ワイマー（カリフォルニア大学デービス校）によって、学術、官民連携のパートナーシップとして開始されました。[1]このプロジェクトは、10万種の感染性微生物のゲノム配列を解読し、公衆衛生、アウトブレイク検出、細菌性病原体検出に活用するための細菌ゲノム配列データベースを構築することを目的としています。これにより、食中毒の診断が迅速化され、感染症のアウトブレイク発生期間が短縮されます。[2]
10万病原体ゲノムプロジェクトは、官民共同プロジェクトであり、10万種の感染性微生物のゲノム配列を解読します。このプロジェクトは、病原体を特定し、その起源をより迅速に追跡するための検査開発のロードマップを提供します。[3]
プロジェクト開始時に発表されたパートナーは、カリフォルニア大学デービス校、アジレント・テクノロジーズ、米国食品医薬品局（ FDA）で、米国疾病予防管理センター（ CDC）と米国農務省も協力者として挙げられていました。プロジェクトの進展に伴い、パートナーシップはこれらの創設パートナーの追加や交代へと発展しました。[3] 100K病原体ゲノムプロジェクトは、IBM/Mars Food Safety Consortiumによってメタゲノム配列解析のために選定されました。[4]
100K病原体ゲノムプロジェクトは、標的微生物のゲノムを調査するために、ハイスループット次世代シーケンシング（NGS）を実施しています。少数の微生物については、参照ゲノムとして使用するために全ゲノムシーケンシングを実施します。ほとんどの細菌株はドラフトゲノムとしてシーケンシングされ、アセンブルされますが、このプロジェクトでは、100Kバイオプロジェクトにおいて、様々な腸管病原体のクローズドゲノムも作成しています。[5]
この戦略により、重要な病原体特性に関連する遺伝子バイオマーカーセットを特定するための世界的な協力が可能になります。この5年間の微生物病原体プロジェクトは、各病原体のゲノム配列情報を含む無料の公開データベースを構築します。完成した遺伝子配列は、米国国立衛生研究所（NIH）の国立生物工学情報センター（NCBI）の公開データベースに保存されます。[6]このデータベースを利用することで、科学者は食物連鎖における病原菌を制御するための新たな方法を開発できるようになります。
参考文献
- ^ バートン、トーマス（2012年7月12日）「FDA、食品媒介細菌の遺伝子コードの追跡を目指す」ウォール・ストリート・ジャーナル。 2018年7月16日閲覧。
- ^ Curtis Allen (2012年7月12日). 「FDA、カリフォルニア大学デービス校、アジレント・テクノロジーズ、CDCが食品病原体ゲノムデータベースを公開へ」. 米国保健福祉省. 2016年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年12月2日閲覧。
- ^ ab Bailey, Pat (2012年7月12日). 「10万ゲノムプロジェクト、食中毒に狙いを定める」カリフォルニア大学デービス校. 2023年9月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2024年6月25日閲覧。
- ^ マロイ、ローレル (2015年2月6日). 「マースとIBM、DNA分析を通じて食品媒介病原体に取り組む」. Food Online . 2024年6月25日閲覧。
- ^ 「100K Food Pathogen Project」. 米国国立医学図書館. 2016年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年12月1日閲覧。
- ^ 「10万ゲノムプロジェクト開始、食品媒介・水媒介病原菌のゲノム配列を解明」 Genomeweb LLC. 2012年7月12日. 2016年12月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2016年12月2日閲覧。
外部リンク
- 10万病原体ゲノムプロジェクト
- GOLD:ゲノムオンラインデータベース
- ゲノムプロジェクトデータベース
- スーパーファミリー
- ウニゲノムデータベース
- NRCPB。
