AMAP

AMAP
開発者	アリエル・シュワルツ（カリフォルニア大学バークレー校）、リオル・パクター（カリフォルニア大学バークレー校）
安定版リリース	2.0
オペレーティングシステム	UNIX、Linux、Mac
タイプ	バイオインフォマティクスツール
ライセンス	オープンソース
ウェブサイト	AMAPダウンロード

AMAPは、配列アニーリングに基づく多重配列アライメントプログラムです 。 ^[1]このアプローチは、一度に1つの一致ごとに多重アライメントを構築することで、プログレッシブアライメントの多くの問題を回避します。AMAPパラメータは、感度と特異性のトレードオフを調整するために使用できます。

このプログラムは、AMAP Web サーバー経由で使用することも、ソース コードとともにインストールできるスタンドアロン プログラムとして使用することもできます。

入出力

このプログラムはFASTA形式の配列を受け入れます

出力形式には、FASTA 形式、Clustal などがあります。

参考文献

1. S. Schwartz, A.; Pachter, L. (2007年1月19日). 「配列アニーリングによる多重アライメント」.バイオインフォマティクス. 23 (2): e24 – e29 . doi :10.1093/bioinformatics/btl311

外部リンク

• AMAPウェブサーバー