ARGマイナー

生物学データベース
ARGマイナー
コンテンツ
説明複数のソースから取得した ARG のクラウドソース キュレーションに重点を置いたデータベース。

キャプチャされたデータの種類
抗菌薬耐性
生物細菌
アクセス
Webサイトbench.cs.vt.edu/argminer
その他
ブックマーク可能な
エンティティ
はい

ARGminerは、 CARDARDB、NDARO、DeepARG、Uniprot ResFinder SARGなどの複数のソースから抽出された抗生物質耐性遺伝子(ARG)の手動キュレーションではなく、クラウドソーシングによるキュレーションという新しい方法に焦点を当てたデータベースです。 [1]さらに、 Mobile Genetic Elements (MGE)の存在により、ARGminerはPATRICおよびACLAMEともインターフェースします。 [1] ARGminerは、遺伝子名、抗生物質カテゴリー、耐性メカニズム、可動性の証拠、臨床的に重要な細菌株での発生を使用して遺伝子に注釈を付けました。[1]クラウドソーシングのキュレーターには2つのグループがあります。1つはAmazon Mechanical Turkで雇用され、金銭的報酬で注釈を付けることができるクラウドソーシングの専門家と非専門家の幅広いオーディエンスを提供しています。専門知識が混在しているため、各ユーザーは最大20の注釈のみを許可されています。もう1つのグループは、大学院レベルの微生物学クラスです。[1]

参照

参考文献

  1. ^ abcd チャン、L.;ヴァイクスランド、ペンシルベニア州;プルデン、A .ルイジアナ州ヒース。リケルメ、MV;ガーナー、E.グロン、GKP。ジョージア州アランゴ・アーゴティ (2019-03-06)。 「ARGminer: 抗生物質耐性遺伝子をクラウドソーシングベースでキュレーションするための Web プラットフォーム」。bioRxiv 274282.doi : 10.1101 / 274282


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