アルヴァ説明

アルヴァ説明
AlvaDescのメインユーザーインターフェース
開発者	アルバサイエンス
オペレーティング·システム	Windows、macOS、Linux
プラットフォーム	x86-64、Appleシリコン
入手可能な	英語
タイプ	ケミインフォマティクス
ライセンス	独自の
Webサイト	www.alvascience.com/alvadesc/​​​​

AlvaDesc ^{[ 1 ] [ 2 ]}は、分子記述子、フィンガープリント、構造パターンの計算と解析を行う商用ソフトウェアアプリケーションです。Alvascience社によって開発されたalvaDescは、ケモインフォマティクスや定量的構造活性相関（QSAR）モデリングにおいて分子構造を数値的に記述するために使用され、化学特性予測や機械学習アプリケーションを支援します。^{[ 3 ] [ 4 ]}

概要

分子記述子と分子指紋^{[ 5 ] [ 6 ]}は化合物の数学的表現として機能し、計算モデルによる生物活性、毒性、溶解度などの特性の予測を可能にします。

特徴

AlvaDesc は、複数のカテゴリにわたる 分子記述子とフィンガープリントの計算をサポートしています。

• 0D–3D分子記述子：構成指標、位相指標、接続指標、幾何学的記述子、ファーマコフォア記述子、電荷記述子などを含む。^{[ 7 ]}
• 分子特性: LogP (オクタノール-水分配係数)、モル屈折率、極性表面積 (PSA)、溶媒アクセス表面積(SASA)、水素結合供与体/受容体など。
• 分子指紋：MACCSキー、拡張接続指紋（ECFP）、^{[ 8 ]}パスベース指紋を含む。
• 構造パターン検出: alvaDesc は、 SMARTSベースのマッチングを使用して分子内の構造パターンを識別し、官能基、サブ構造、化学モチーフの分析を可能にします。
• 3D座標計算：alvaDescは、1D/2D表現から3D分子構造を生成できます。3D座標計算は、距離幾何法（DG）と力場（FF）最適化を用いて行われます。
• 記述子分析ツール:主成分分析(PCA)、t-SNE 分析、相関分析、変数削減など。
• 切断された構造のサポート:塩、混合物、イオン液体、金属錯体を処理します。
• クロスプラットフォームの互換性: Windows、macOS、Linuxで使用でき、グラフィカル ユーザー インターフェイス(GUI) とコマンド ライン インターフェイス(CLI) の両方をサポートします。
• KNIMEとPython の統合: alvaDesc は、KNIME 分析プラットフォームとPython スクリプトを使用して、ケモインフォマティクス ワークフローに統合できます。

参照

• 分子記述子
• トポロジカルインデックス
• 定量的構造活性相関（QSAR）

参考文献

1. Mauri, Andrea (2020). 「alvaDesc: 分子記述子とフィンガープリントの計算・分析ツール」. Methods in Pharmacology and Toxicology . ニューヨーク: Springer US. pp.  801– 820. doi : 10.1007/978-1-0716-0150-1_32 . ISBN 978-1-0716-0149-5. ISSN  1557-2153 . S2CID  213896490 .
2. Mauri, Andrea; Bertola, Matteo (2022). 「Alvascience: 血液脳関門透過性解析のためのQSARワークフロー向け新ソフトウェアスイート」 . International Journal of Molecular Sciences . 23 12882. doi : 10.3390/ijms232112882 . PMC 9655980. PMID 36361669 .  
3. Scienomics alvaDesc プラグイン、SCIENOMICS LLC、ジョージア州アトランタ（米国）
4. OCHEM alvaDesc統合、モデリング環境を備えたオンライン化学データベース
5. Todeschini, Roberto; Consonni, Viviana (2000).分子記述子ハンドブック. 医薬化学における方法と原理. Wiley. doi : 10.1002/9783527613106 . ISBN 978-3-527-29913-3。
6. Todeschini, R., & Consonni, V. (2009). ケモインフォマティクスのための分子記述子. ケモインフォマティクスのための分子記述子 (Vol. 41). Wiley. https://doi.org/10.1002/9783527628766
7. alvaDesc （Alvascience srl、レッコ、イタリア）によって計算された分子記述子のリスト
8. Rogers, D., & Hahn, M. (2010). 拡張接続性フィンガープリント. Journal of Chemical Information and Modeling, 50(5), 742–754. https://doi.org/10.1021/ci100050t