解剖学
解剖学的データにアクセスできるインタラクティブなウェブサイト
解剖学
解剖学のロゴ。解剖学的スクリーンショット
入手可能な英語または日本語
所有者ライフサイエンスデータベースセンター
作成者大久保耕作
URLlifesciencedb.jp/bp3d
コマーシャルいいえ
発売2009年2月9日[1]
現在の状況アクティブ
コンテンツライセンス

CC-BY-SA 2.1-ja [2]
Clip では、Anatomography サーバーの機能の概要を説明します。

Anatomographyは、人体の解剖図とアニメーションの作成をサポートするインタラクティブなウェブサイトです。Anatomographyウェブサイトは、東京大学にある非営利研究機関DBCLS（ライフサイエンスデータベースセンター）によって運営されています。Anatomographyによって生成された解剖図と、ウェブサイトで使用されている3Dポリゴンデータ（BodyParts3D）は、クリエイティブ・コモンズ表示-継承ライセンスの下で自由にご利用いただけます。

説明

アナトモグラフィーは、国立遺伝学研究所日本DNAデータバンク教授である創設者兼代表取締役の大久保耕作氏によって2009年2月9日[1] に立ち上げられました。

このサイトで使用されている人体ポリゴンデータは「BodyParts3D」と呼ばれています。[3] BodyParts3Dのポリゴンデータは全身MRI画像から抽出されています。BodyParts3DのベースとなっているMRI画像セットは「TARO」と呼ばれています。「TARO」は、英語の「John」のように、日本語で男性によく使われる名前です。TAROは、国立研究開発法人情報通信研究機構（NIST）が作成した、2mm×2mm×2mmのボクセルサイズの男性用データセットです。[4] TAROは2004年11月に無料で公開されました。 [5] [6]

BodyParts3Dの構築プロセスは以下のとおりです。[3]

  • フェーズ 1: 元の TARO データに追加の解剖学的セグメンテーションが導入されました。
  • フェーズ2：次に、教科書、アトラス、 [7]、医療イラストレーターによるモックアップモデルを参考に、3D編集プログラムを使用して、不足している詳細を補完し、ぼやけた輪郭を明確にしました。
  • フェーズ 3: 十分な概念カバレッジが達成されるまで、臨床研究者と協力してさらなるセグメンテーションとデータ修正が継続されます。

BodyParts3DのポリゴンデータはOBJファイル形式で配布されています。バージョン3.0時点で、データファイル全体のサイズは127MB（ポリゴン削減時）、521MB（高品質時）です。 [ 8] BodyParts3Dに登録されている身体部位（臓器）の数は、バージョン3.0時点で1,523です。[7]

ライセンス

Anatomographyによって生成された画像とBodyParts3Dに含まれるポリゴンデータは、利用の拡大と医学知識の民主化を目的として、クリエイティブ・コモンズ・ライセンス[2]の下でライセンスされています。 [9]

資金調達

BodyParts3D/Anatomographyプロジェクトは、 2007年度から2010年度までMEXT（日本の文部科学省）の資金提供を受けていました。[10] [11] 2011年度現在、このプロジェクトはJST（日本の科学技術振興機構）の資金提供を受けています。[11]

受付

アナトモグラフィーの図は、例えばカナダの科学テレビ番組「Le code Chastenay」[12] 、インターネット百科事典「Wikipedia」、大学の講義資料、その他知識共有の場として利用されています。[9] WikipediaやWikimedia Commonsなどのウェブサイトにおけるアナトモグラフィーの利用について、開発者は「WikipediaやWikimedia Commonsのようなウェブサイトにおける匿名ユーザーによる利用の広がりは、我々が予想していた通りだ」と述べています。[9]

技術的特徴

BodyParts3D/Anatomographyプロジェクトは、Foundational Model of Anatomy （FMA）を使用しています。FMAは、ワシントン大学の構造情報学グループによって開発・保守されているオープンソースの解剖学的オントロジーです。BodyParts3Dでは、各身体部位はFMAによって定義されたFMA識別子（FMAID）によって管理されています。例えば、脊柱はFMA13478、側頭葉はFMA61825として登録されています。

バージョン履歴

  • バージョン1.0（2009年2月9日）[1]
  • バージョン2.0（2010年4月28日）[13]体の部位の総数は1,324です。[14]
  • バージョン3.0（2011年6月20日） 体の部位の総数は1,523です。[7]
  • バージョン4.0（2013年5月16日）[15]

類似サービス

  • BioDigital Human -米国ニューヨーク州ニューヨーク市に拠点を置くBioDigital , Inc.が提供する無料ウェブサービスおよび商用製品。BioDigital Humanは2011年に公開されました。このウェブサイトは2013年にSXSW Interactive Awardを受賞しました。

その他

Anatomographyの使い方に関するチュートリアルビデオがYouTubeでいくつか公開されています。[16]外部リンクを参照してください。

追加画像

参照

参考文献

  1. ^ abc リリースノート (日本語). DBCLS. 2012年10月12日閲覧。
  2. ^ ab FAQs - クレジット. (日本語) DBCLS. 2012年10月12日閲覧。
  3. ^ ab 三橋 暢; 藤枝 健; 田村 剛; 川本 誠; 高木 剛; 大久保 健 (2009). 「BodyParts3D: 解剖学的概念のための3D構造データベース」. Nucleic Acids Research . 37 (データベース号): D782–5. doi :10.1093/nar/gkn613. PMC 2686534.  PMID 18835852  .オープンアクセスアイコン
  4. ^ 長岡 剛; 渡辺 誠; 桜井 健; 國枝 英二; 渡辺 誠; 滝 正; 山中 勇 (2004). 「平均身長・体重の日本人成人男女を対象とした、リアルな高解像度全身ボクセルモデルの開発と、その無線周波電磁界ドシメトリへの応用」.物理学と生物学. 49 (1): 1– 15. Bibcode :2004PMB....49....1N. doi :10.1088/0031-9155/49/1/001. PMID  14971769.
  5. ^ 日本人の数値人体モデルDB「TARO」と「HANAKO」2004/11/10公開。アイティメディア。 2012 年 10 月 12 日に取得。
  6. ^ 報道発表:日本人平均成人男女の数値人体モデルデータベース公開のお知らせ 2004-11-10.国立研究開発法人情報通信研究機構2012 年 10 月 12 日に取得。
  7. ^ abc BodyParts3D リリースノート (リリース 3.0、2011/6/20) [リンク切れ] DBCLS. 2012年10月15日閲覧。
  8. ^ ダウンロード - BodyParts3D DBCLS。2012年10月15日閲覧。
  9. ^ abc 三橋信孝、藤枝香、今井紫緒、武藤勇、田村卓郎、川本祥子、高木利久、大久保公策 「BodyParts3DとAnatmography:医学での情報共有を「動機付け」素材」[永久リンク切れ]シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ～10年先のデータベースを考える～」 / 三橋信貴、藤枝香織、今井志緒、武藤勇、田村卓郎、川本祥子、高木敏久、大久保耕作 「BodyParts3Dと解剖学：医療における情報共有を動機付ける材料」 2010年10月5日に東京大学で開催された「シンポジウム：生命科学の未来に向けて～10年後のデータベースを考える～」にてポスター発表。 2012 年 10 月 12 日に取得。
  10. ^ BodyParts3Dデータベースの説明 生命科学データベースアーカイブ. 2012年10月19日閲覧。
  11. ^ ab FAQ - ライフサイエンスデータベースセンター（DBCLS）について Archived 2013-01-30 at the Wayback Machine DBCLS. 2012-10-19 取得。
  12. ^ 「LE CODE CHASTENAY」Emission 48 Archived 2016-03-04 at the Wayback Machine , aired 2010-01-19
  13. ^ 「BodyParts3D/Anatomography」更新アーカイブ（2010年6月5日、Wayback Machine） 2010年4月28日掲載。DBCLS。2012年10月16日閲覧。
  14. ^ BodyParts3D リリースノート (リリース 2.0、2010/4/28) DBCLS. 2012年10月15日閲覧。
  15. ^ 「BodyParts3D リリースノート v4.0」。2015年11月18日閲覧。
  16. ^ 河野 誠; 小野 秀; 高木 剛; 坊野 秀 (2012). 「バイオインフォマティクスリソースのチュートリアルビデオ：日本におけるオンライン配信トライアル「TogoTV」」. Briefings in Bioinformatics . 13 (2): 258–68 . doi :10.1093/bib/bbr039. PMC 3294242. PMID 21803786  . オープンアクセスアイコン
  17. ^ 東京大学で開催された「科学における知的財産保護とデータ共有の両立」会議（2009年10月5日）。大久保氏の日本語プレゼンテーションは、ローレンス・レッシグ氏の講演の直前に、2013年6月10日にWayback Machineにアーカイブされています。各講演のビデオは、会議ウェブサイトのプログラムスケジュールページで視聴可能です（一部日本語、一部英語）。2013年2月4日にWayback Machineにアーカイブされています。
ウィキメディア コモンズには、解剖学に関連するメディアがあります。
  • 解剖学
  • BodyParts3Dポリゴンデータ
  • YouTubeでの BodyParts3D / Anatomography の紹介
  • YouTubeでBodyParts3D / Anatomography 2010の使い方
  • ライフサイエンスデータベースセンター
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