コモロ諸島使徒座代理区は、インド洋のマダガスカル島とアフリカ大陸の間のコモロ諸島とマヨット島から成り、それぞれに教会がある ローマカトリック教会のラテン使徒座代理区(宣教の教区前管轄区)です。
司教座はグランドコモロ島のモロニにあります。司教座は教皇庁の管轄下にあり、どの教区にも属していません。
1975年6月5日、聖座は現在の領土にコモロ使徒座管理区を設立しました。これはマダガスカル島のアンバンジャ教区から分離したもので、同教区の最後の使徒座代理、そして後に初代司教が新たな宣教師の職に任命されました。2010年5月1日、コモロ使徒座代理区に昇格しました。
現在までに、すべての現職者は3つのラテン系教会の宣教師として活動してきました。
南緯11度42分14秒 東経43度15分09秒 / 南緯11.7038度、東経43.2524度 / -11.7038; 43.2524