ビースト2

サンプリングツリーによるベイズ進化分析
サンプリングツリーによるベイズ進化分析
安定版リリース	2.7.4 / 2023-03-20
リポジトリ	https://github.com/CompEvol/beast2
書かれた	ジャワ
オペレーティング·システム	Windows、Mac OS X、Linux
タイプ	系統学ソフトウェア
ライセンス	GNU劣等一般公衆利用許諾書
Webサイト	http://www.beast2.org/

BEAST 2は、分子配列のベイズ解析を行うクロスプラットフォームプログラムです。^[1]MCMCを用いて、様々な置換モデルや時計モデル、そして様々な樹木事前分布を用いて、根付き時間系統樹を推定します。標準的な解析（ XMLで指定）を設定するためのBEAUTiという関連ツールがあります。BEAST 2は、以前のBEASTプログラム^[2]（現在も活発に開発が進められており、最近BEASTXに改名されました）を完全に書き直したものです。^[3] BEAST 2の注目すべき特徴は、新しいモデルの実装プロセスを簡素化したパッケージングシステムです。

Taming the BEASTは、BEAST 2と関連する系統解析ソフトウェアの使い方を教えるコミュニティ主導のリソースです。^[4]

美しい

BEAUtiは「Bayesian Evolutionary Analysis Utility」の略称で、BEAST 2の入力ファイルを作成するためのグラフィカルユーザーインターフェース（GUI）です。ユーザーは、データファイル、分子進化モデル、モデルパラメータの事前分布など、系統解析に必要な様々なオプションや設定を簡単に指定できます。また、BEAUtiでは、連鎖長やサンプリング頻度といったMCMC解析のパラメータも指定できます。これにより、ユーザーがXML入力ファイルを手動で編集する必要がなくなり、BEAST 2をユーザーフレンドリーに実行できます。

BEAUtiでは、分子進化モデルや合体モデルなど、様々なパッケージを簡単にインストール・管理できます。これらのパッケージはBEAUti内から直接インストールできます。これにより、パッケージを手動でダウンロード・インストールする必要がなく、解析に新しい機能を簡単に追加できます。

CBAN

Comprehensive BEAST Archive Network (CBAN) は、BEAST 2 パッケージの公式リポジトリです。CBAN のパッケージは、BEAUti を使ってすぐにインストールできます。^[5]

リンガフィロ

関連プロジェクトとしてLinguaPhylo（LPhy）があります。^{[6] LPhyは、}OpenBUGSに類似した構文を用いて系統解析を定義するための確率的プログラミング言語です。手作業でXMLを記述することなく、BEAST 2 XMLファイル（および他の系統解析パッケージ用の同様のモデル仕様）を生成する方法を提供します。

マスター/リマスター

BEAST 2エコシステムにおいて特に重要なパッケージは、remaster ^[7]（旧称MASTER ^[8]）です。remasterは、出生・死亡モデルや合流モデルから個体群の軌跡や系統発生をシミュレートするためのツールです。シミュレーション研究において、新しい手法の検証に用いられています。

参考文献

^ Bouckaert, Remoco (2019-04-08). 「BEAST 2.5：ベイズ進化解析のための高度なソフトウェアプラットフォーム」. PLOS Computational Biology . 15 (4) e1006650. Bibcode :2019PLSCB..15E6650B. doi : 10.1371/journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209.
^ Suchard, Marc (2018-06-08). 「BEAST 1.10を用いたベイズ系統発生学および系統動態データ統合」. Virus Evolution . 4 (1) vey016. doi :10.1093/ve/vey016. PMC 6007674. PMID 29942656 .
^ 「BEAST ドキュメント」。
^ Barido-Sottani, Joëlle (2018年1月). 「Taming the BEAST—BEAST 2のためのコミュニティ教材リソース」. Systematic Biology . 67 (1): 170– 174. doi :10.1093/sysbio/syx060. PMC 5925777. PMID 28673048 .
^ 「包括的BEASTアーカイブネットワーク」。
^ Drummond, Alexei J.; Chen, Kylie; Mendes, Fábio K.; Xie, Dong (2023). 「LinguaPhylo: 再現性の高い系統解析のための確率モデル仕様言語」. PLOS Computational Biology . 19 (7) e1011226. Bibcode :2023PLSCB..19E1226D. doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .
^ Vaughan, Timothy G. (2024). 「ReMASTER: BEAST 2.7向け改良系統動態シミュレーション」.バイオインフォマティクス. 40 (1) btae015. doi :10.1093/bioinformatics/btae015. hdl : 20.500.11850/655887 . PMC 10796175. PMID 38195927 .
^ Vaughan, Timothy G.; Drummond, Alexei J. (2013). 「出生-死亡マスター方程式の確率的シミュレータと系統動態への応用」. Molecular Biology and Evolution . 30 (6): 1480– 1493. doi :10.1093/molbev/mst057. PMC 3649681. PMID 23505043 .

外部リンク

公式サイト

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[1] ^ Bouckaert, Remoco (2019-04-08). 「BEAST 2.5：ベイズ進化解析のための高度なソフトウェアプラットフォーム」. PLOS Computational Biology . 15 (4) e1006650. Bibcode :2019PLSCB..15E6650B. doi : 10.1371/journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209.

[2] Suchard, Marc (2018-06-08). 「BEAST 1.10を用いたベイズ系統発生学および系統動態データ統合」. Virus Evolution . 4 (1) vey016. doi :10.1093/ve/vey016. PMC 6007674. PMID 29942656 .

[3] 「BEAST ドキュメント」。

[4] Barido-Sottani, Joëlle (2018年1月). 「Taming the BEAST—BEAST 2のためのコミュニティ教材リソース」. Systematic Biology . 67 (1): 170– 174. doi :10.1093/sysbio/syx060. PMC 5925777. PMID 28673048 .

[5] 「包括的BEASTアーカイブネットワーク」。

[6] Drummond, Alexei J.; Chen, Kylie; Mendes, Fábio K.; Xie, Dong (2023). 「LinguaPhylo: 再現性の高い系統解析のための確率モデル仕様言語」. PLOS Computational Biology . 19 (7) e1011226. Bibcode :2023PLSCB..19E1226D. doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .

[7] Vaughan, Timothy G. (2024). 「ReMASTER: BEAST 2.7向け改良系統動態シミュレーション」.バイオインフォマティクス. 40 (1) btae015. doi :10.1093/bioinformatics/btae015. hdl : 20.500.11850/655887 . PMC 10796175. PMID 38195927 .

[8] Vaughan, Timothy G.; Drummond, Alexei J. (2013). 「出生-死亡マスター方程式の確率的シミュレータと系統動態への応用」. Molecular Biology and Evolution . 30 (6): 1480– 1493. doi :10.1093/molbev/mst057. PMC 3649681. PMID 23505043 .