バーバラ・エンゲルハート
アメリカのコンピューター科学者
バーバラ・エンゲルハート
生まれる
バーバラ・エリザベス・エンゲルハート
母校スタンフォード大学（理学士、理学修士） 、カリフォルニア大学バークレー校（博士号）
受賞歴オーバートン賞（2021年）
科学者としてのキャリア
フィールド統計遺伝学、
ベイズ統計、
機械学習
、統計的推論
、ゲノミクス[1]
機関プリンストン大学
シカゴ大学
ジェット推進研究所
論文タンパク質分子機能の予測 （2007年）
博士課程の指導教員マイケル・I・ジョーダン[2]
Webサイトwww.cs.princeton.edu/~bee/

バーバラ・エリザベス・エンゲルハートは、アメリカのコンピュータ科学者であり、バイオインフォマティクスの専門家です。スタンフォード大学の教授として、潜在変数モデル、ゲノムデータの探索的データ解析、QTLに関する研究を行っています。[1] 2021年には、国際計算生物学会よりオーバートン賞を受賞しました。

教育

エンゲルハートはスタンフォード大学で記号システムの理学士号とコンピュータサイエンスの理学修士号を取得しました。2008年にはカリフォルニア大学バークレー校でマイケル・I・ジョーダンの指導の下、博士号を取得しました。[3] 

キャリアと研究

エンゲルハートは、2008年から2011年までシカゴ大学人類遺伝学科でマシュー・スティーブンスと共に博士研究員として勤務しました。[4] 2011年にデューク大学の生物統計学・バイオインフォマティクス学科の助教授に  就任しました。2014年にはプリンストン大学の助教授に就任し、2017年には終身在職権を持つ准教授に昇進しました。[5] 2022年8月にカリフォルニアに移り、現在はスタンフォード大学とグラッドストーン・データサイエンス・バイオテクノロジー研究所の教授を務めています。[6] [7]

スタンフォード大学を卒業後、エンゲルハートはジェット推進研究所の人工知能グループに2年間勤務し、自律宇宙船の計画とスケジューリングに取り組みました。[8]バークレー大学の大学院生として、彼女はタンパク質機能注釈のための統計モデルとオントロジーの推論のための統計フレームワークを開発しました。[9] [10]博士研究員として、彼女は集団構造のためのスパース因子分析モデル[11]と関連性検定のためのベイズモデルを開発しました。[12]

教授としてのエンゲルハートの研究の大部分は、ゲノムデータの潜在変数モデルと探索的データ解析の開発、[13]と発現QTLの関連性検定の統計モデルの開発に集中していました。[14]遺伝子型組織発現（GTEx）コンソーシアムのメンバーとして、彼女のグループはGTEx v6 [15]とv8データにおけるトランスeQTLの発見と解析を担当していました。[16]

エンゲルハートのテニュアリング終了後、これらの潜在変数モデルに関する研究は、単一細胞シーケンシングを含むように拡大し、特に空間トランスクリプトミクスに焦点を当てています。[17]  また、彼女は文脈的多腕バンディットを用いたベイズ実験設計に関する研究も行っており、この研究を新規種問題に適用することで、アトラス構築のための単一細胞データ収集に役立てています。[18]彼女の研究は、電子医療記録のための機械学習にも広がっています。[19] [20]

エンゲルハートの研究はQuanta Magazineで特集されています。2017年にはTEDxで「何ではなくなぜ：ゲノミクスを理解するための機械学習」と題した講演を行いました。 [21]

栄誉と賞

エンゲルハートの研究は、国立衛生研究所（NIH）の2つのR01助成金とその他多くのメカニズムを通じて資金提供を受けています。エンゲルハートは、計算生物学におけるアルフレッド・P・スローン・フェローシップ[22] 、国立科学財団CAREER賞[23] 、ヒト細胞アトラスのための2つのチャン・ザッカーバーグ・イニシアチブ助成金[24]、そしてCOVID-19に関する最近の研究に対するファスト助成金[25]など、数々の賞を受賞しています。2021年には、国際計算生物学会からオーバートン賞を受賞しました。[26]

エンゲルハートのポスドク研究はNIH NHGRI K99助成金[27]によって部分的に資金提供され、博士号取得はNSF大学院研究フェローシップと2005年のGoogle Anita Borg奨学金によって部分的に資金提供された。[28]彼女は2004年にSMBEのウォルター・M・フィッチ賞を受賞した。[29]

奉仕とリーダーシップ

エンゲルハートは、Women in Machine Learningの理事会（2014～2017年）および上級諮問委員会（2017年～現在）に所属していました。[30]彼女は、国際機械学習会議（ICML、2018～2022年）の多様性と包括性の共同議長です。[31] 2019年には、NIHの人工知能ワーキンググループディレクター諮問委員会のメンバーでした。[32]

参考文献

  1. ^ ab Google Scholarに索引付けされたBarbara Engelhardtの出版物
  2. ^ 数学系譜プロジェクトのバーバラ・エンゲルハート
  3. ^ 「マイケル・I・ジョーダンのホームページ」. people.eecs.berkeley.edu . 2021年1月11日閲覧。
  4. ^ “Stephens Lab”. stephenslab.uchicago.edu . 2021年1月11日閲覧。
  5. ^ 「新たな職務を割り当てられた11人の女性教員」『Women In Academia Report』2018年3月8日。 2021年1月11日閲覧。
  6. ^ 「Barbara Elizabeth Engelhardtのプロフィール | Stanford Profiles」. profiles.stanford.edu . 2022年8月27日閲覧。
  7. ^ "barbara.engelhardt@gladstone.ucsf.edu". gladstone.org . 2022年8月27日閲覧。
  8. ^ “3cs | AIG”. sensorwebs.jpl.nasa.gov . 2021年1月11日閲覧。
  9. ^ Engelhardt, Barbara E.; Jordan, Michael I.; Muratore, Kathryn E.; Brenner, Steven E. (2005-10-07). 「ベイズ系統ゲノム解析によるタンパク質分子機能予測」. PLOS Computational Biology . 1 (5) e45. Bibcode :2005PLSCB...1...45E. doi : 10.1371/journal.pcbi.0010045 . ISSN  1553-7358. PMC 1246806. PMID 16217548  . 
  10. ^ Engelhardt, Barbara E.; Jordan, Michael I.; Srouji, John R.; Brenner, Steven E. (2011-11-01). 「大規模かつ多様なタンパク質ファミリーのゲノムスケール系統学的機能アノテーション」. Genome Research . 21 (11): 1969– 1980. doi :10.1101/gr.104687.109. ISSN  1088-9051. PMC 3205580. PMID 21784873  . 
  11. ^ エンゲルハート, バーバラ E.; スティーブンス, マシュー (2010-09-16). 「集団構造の分析：スパース因子分析に基づく統一的な枠組みと新たな手法」. PLOS Genetics . 6 (9) e1001117. doi : 10.1371/journal.pgen.1001117 . ISSN  1553-7404. PMC 2940725. PMID 20862358  . 
  12. ^ Mangravite, Lara M.; Engelhardt, Barbara E.; Medina, Marisa W.; Smith, Joshua D.; Brown, Christopher D.; Chasman, Daniel I.; Mecham, Brigham H.; Howie, Bryan; Shim, Heejung; Naidoo, Devesh; Feng, QiPing (2013年10月). 「スタチン依存性のGATM発現QTLはスタチン誘発性ミオパチーと関連する」. Nature . 502 (7471): 377– 380. Bibcode :2013Natur.502..377M. doi :10.1038/nature12508. ISSN  1476-4687. PMC 3933266. PMID 23995691  . 
  13. ^ Gao, Chuan; McDowell, Ian C.; Zhao, Shiwen; Brown, Christopher D.; Engelhardt, Barbara E. (2016-07-28). Zhou, Xianghong Jasmine (ed.). 「ベイズ的バイクラスタリングによるコンテキスト特異的かつ差異的な遺伝子共発現ネットワーク」. PLOS Computational Biology . 12 (7) e1004791. Bibcode :2016PLSCB..12E4791G. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004791 . ISSN  1553-7358. PMC 4965098. PMID 27467526  . 
  14. ^ Dumitrascu, Bianca; Darnell, Gregory; Ayroles, Julien; Engelhardt, Barbara E (2019-01-15). Hancock, John (編). 「定量的特性研究における分散効果の検出のための統計的検定」. Bioinformatics . 35 (2): 200– 210. doi :10.1093/bioinformatics/bty565. ISSN  1367-4803. PMC 6330007. PMID 29982387  . 
  15. ^ アゲ、フランソワ;ブラウン、アンドリュー A.カステル、ステファン E.デイビス、ジョー R.彼、ユアン。ジョー、ブライアン。モハマディ、ペイジマン。パク・ヨソン。パルサナ王子。セグレ、アイエレット V.ストロバー、ベンジャミン J. (2017 年 10 月) 「ヒト組織全体の遺伝子発現に対する遺伝的影響」。自然。550 (7675): 204–213。書誌コード:2017Natur.550..204A。土井：10.1038/nature24277。ISSN  1476-4687。PMC 5776756。PMID  29022597。 
  16. ^ GTExコンソーシアム (2020年9月11日). 「GTExコンソーシアム ヒト組織における遺伝子調節効果のアトラス」. Science . 369 (6509): 1318–1330 . Bibcode :2020Sci...369.1318.. doi :10.1126/science.aaz1776. ISSN  0036-8075 . PMC 7737656. PMID  32913098. 
  17. ^ Verma, Archit; Engelhardt, Barbara E. (2020-07-21). 「単一細胞RNA-seqデータのための堅牢な非線形低次元マニフォールド」. BMC Bioinformatics . 21 (1): 324. doi : 10.1186/s12859-020-03625-z . ISSN  1471-2105. PMC 7374962. PMID 32693778  . 
  18. ^ Camerlenghi, Federico; Dumitrascu, Bianca; Ferrari, Federico; Engelhardt, Barbara E.; Favaro, Stefano (2020年12月). 「単一細胞実験デザインのためのノンパラメトリックベイズ多腕バンディット法」Annals of Applied Statistics . 14 (4): 2003– 2019. arXiv : 1910.05355 . doi :10.1214/20-AOAS1370. ISSN  1932-6157. S2CID  204509422.
  19. ^ Cheng, Li-Fang; Dumitrascu, Bianca; Darnell, Gregory; Chivers, Corey; Draugelis, Michael; Li, Kai; Engelhardt, Barbara E. (2020-07-08). 「オンライン医療時系列予測のためのスパースマルチ出力ガウス過程」. BMC Medical Informatics and Decision Making . 20 (1): 152. doi : 10.1186/s12911-020-1069-4 . ISSN  1472-6947. PMC 7341595. PMID 32641134  . 
  20. ^ Cheng, Li-Fang; Prasad, Niranjani; Engelhardt, Barbara E. (2019). 「集中治療室における患者検査の最適ポリシー」. Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing . 24 : 320–331 . arXiv : 1808.04679 . ISSN  2335-6936. PMC 6417830. PMID 30864333  . 
  21. ^ 「ゲノムの真実を統計的に探る」2018年2月27日。
  22. ^ 「バーバラ・エンゲルハート教授、アルフレッド・P・スローン財団研究フェローシップ受賞｜プリンストン大学コンピュータサイエンス学部」www.cs.princeton.edu . 2021年1月11日閲覧。
  23. ^ 「バーバラ・エンゲルハート氏が高次元ゲノムデータの研究でCAREER賞を受賞｜プリンストン大学コンピュータサイエンス学部」www.cs.princeton.edu . 2021年1月11日閲覧。
  24. ^ 「助成金」.チャン・ザッカーバーグ・イニシアチブ. 2021年1月11日閲覧。
  25. ^ 「Fast Grants」. fastgrants.org . 2021年1月11日閲覧。
  26. ^ 「オーバートン賞」www.iscb.org .
  27. ^ 「NHGRI、若手研究者7名の研究者キャリアパスを支援」Genome.gov . 2021年1月11日閲覧。
  28. ^ 「2005 Google Anita Borg Memorial Scholarship Winners Announced – News announcements – News from Google – Google」. googlepress.blogspot.com . 2021年1月11日閲覧。
  29. ^ 分子生物学・進化学会. 「ウォルター・M・フィッチ賞」. www.smbe.org . 2020年8月12日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2021年1月11日閲覧。
  30. ^ “Senior Advisory Council”. 2021年1月13日時点のオリジナルよりアーカイブ。2021年1月11日閲覧。
  31. ^ “2021 Conference”. icml.cc . 2021年1月11日閲覧。
  32. ^ 「ACD人工知能ワーキンググループ」。NIH所長諮問委員会。2021年1月11日閲覧。
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