| バイオPHP | |
|---|---|
| 原作者 | ホセバ・ビカンディ博士 |
| 書かれた | PHP |
| プラットフォーム | クロスプラットフォーム |
| タイプ | バイオインフォマティクス |
| ライセンス | GNU GPLバージョン2 |
| Webサイト | biophp.org |
BioPHPは、DNAおよびタンパク質配列解析、アライメント、データベース解析、その他のバイオインフォマティクスツールのためのクラスを含むオープンソースの PHPコード集です。BioRubyはGNU GPLバージョン2ライセンス[1]の下でリリースされており、コードの重複を削減するために設計されたBio*プロジェクトの1つです。[2]オープンソースのバイオインフォマティクスプロジェクトであるBioPHPは、 Open Bioinformatics Foundationに加盟しています。[3]
歴史
BioPHPプロジェクトは、2003年にSerge Gregorio氏によって開始されたGenePHPから発展しました。GenePHPは、BioPerl、BioPython、BioRubyといった類似のバイオインフォマティクスパッケージのPHPベースの実装として構想されました。BioPHPは、2005年12月にスペインのバスク大学のJoseba Bikandi氏によってGenePHPの拡張として開発されました。GenePHPは現在BioPHPを構成する4つのプロジェクトのうちの1つです。[1]
プロジェクト
BioPHPは4つの「プロジェクト」に分かれています。GenePHPプロジェクトは他のBio*プロジェクトと同様の構造を持ち、DNAやタンパク質の配列、配列アライメントなどを表現するクラスが多数存在します。各クラスは、多くのBioPHPプロジェクトで使用できるよう汎用性を持たせて設計されています。同様に、Functionsプロジェクトは、クラスオブジェクトに対してタスクを実行するための関数を多数作成し、プロジェクト間のコード重複を削減することを目的としています。MinitoolsプロジェクトとToolsプロジェクトは、小規模で反復的なタスク用のPHPスクリプト群を生成することを目的としています。Toolsプロジェクトのスクリプトは、通常、PHP以外のスクリプトやコード（例えばPerlやCで記述されたもの）とのインターフェースなど、特別な要件を備えています。[1]
参照
参考文献
外部リンク
- 公式サイト
- オブジェクト指向のBioPHP
- リー・カッツの略歴
