| バイオルビー | |
|---|---|
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 Rails上のBioRubyシェル | |
| 安定版リリース | 2.0.2 / 2020年12月31日 ( 2020-12-31 ) |
| リポジトリ |
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| 書かれた | ルビー |
| タイプ | バイオインフォマティクス |
| ライセンス | GPL |
| Webサイト | bioruby.open-bio.org |
BioRubyは、計算分子生物学およびバイオインフォマティクスのためのクラスを含むオープンソースの Rubyコード集です。DNAおよびタンパク質配列解析、配列アライメント、生物学データベース解析、構造生物学、その他のバイオインフォマティクスタスクのためのクラスが含まれています。[1] BioRubyはGNU GPLバージョン2またはRubyライセンス[2]の下でリリースされており、コードの重複を減らすことを目的としたBio*プロジェクトの1つです。[3]
2011年にBioRubyプロジェクトはBiogemソフトウェアプラグインシステムを導入し、[4]毎月2～3個の新しいプラグインが追加されました。
BioRubyはBioRubyウェブサイトとGitHubリポジトリを通じて管理されています。[5] [6]
歴史
バイオルビー
BioRubyプロジェクトは、BioPerlやBioPythonといったバイオインフォマティクスパッケージのRuby実装として、2000年に片山俊明氏によって開始されました。最初のバージョン0.1は、貢献者によって非公式に、また組織的な「ハッカソン」イベントで頻繁に更新されました。2005年6月には、IPAから未踏ソフトウェア開発プロジェクトとして資金提供を受け、[7] 2006年2月にバージョン1.0.0がリリースされました。[8] 2009年から2012年にかけて、BioRubyはコードベースの改善を目的としたGoogle Summer of Codeプロジェクトの多くで取り上げられました。[9] BioRubyバージョン2.0.0は2019年にリリースされました。[6]
バイオジェム
Biogemは、BioRubyのコアライブラリを使用または拡張するアプリケーションやライブラリを開発したいバイオインフォマティシャン向けに、ツールセットを提供しています。また、rubygems.orgでgemとしてコードを共有することもできます。[10] Biogemフレームワークを通じて公開されたgemはすべて、biogems.infoにも掲載されています。[11]
Biogemの目的は、BioRubyパッケージへのモジュール化アプローチを推進し、ディレクトリ/ファイルのスキャフォールディング、gitリポジトリの設定プロセスを自動化し、オンラインパッケージデータベースを公開することで、モジュールの作成を簡素化することです。[12]
人気のバイオジェム
| # | バイオジェム | 説明 | バージョン |
|---|---|---|---|
| 1 | バイオ | バイオインフォマティクスライブラリ | 1.4.3.0001 |
| 2 | 生物多様性 | 学名のパーサー | 3.1.5 |
| 3 | シンプルなスプレッドシート抽出ツール | Apache poiを使用した基本的なスプレッドシートコンテンツの抽出 | 0.13.3 |
| 4 | バイオジェム | Ruby用ソフトウェアジェネレーター | 1.36 |
| 5 | バイオサムツール | Ruby用samtoolsのバインダー | 2.1.0 |
| 6 | t2サーバー | タベルナ2サーバーとのやり取りのサポート | 1.1.0 |
| 7 | バイオ ucsc API | Ruby ucsc API | 0.6.2 |
| 8 | entrez | Entrez e-utilitiesへのHTTPリクエスト | 0.5.8.1 |
| 9 | バイオガジェット | バイオインフォマティクス用ガジェット | 0.4.8 |
| 10 | シーケンスサーバー | ブラスト検索が簡単になりました！ | 0.8.7 |
参照
参考文献
- ^ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, 片山 剛志 (2010年10月). 「BioRuby: Rubyプログラミング言語向けバイオインフォマティクスソフトウェア」. Bioinformatics . 26 (20): 2617–9 . doi :10.1093/bioinformatics/btq475. PMC 2951089. PMID 20739307 .
- ^ "bioruby/README.rdoc at master · bioruby/bioruby". 2014年5月8日. 2014年11月9日閲覧。
- ^ Mangalam H (2002). 「Bio*ツールキット - 概要」. Brief Bioinform . 3 (3): 296– 302. doi : 10.1093/bib/3.3.296 . PMID 12230038.
- ^ Bonnal R, Aerts J, Githinji G, Goto N, MacLean D, Miller C, Mishima H, Pagani M, Ramirez-Gonzalez R, Smant G, Strozzi F, Syme R, Vos R, Wennblom T, Woodcroft B, 片山 T, Prins P (2012年4月). 「Biogem：バイオインフォマティクスにおけるオープンソースソフトウェア開発のスケールアップに向けた効果的なツールベースのアプローチ」.バイオインフォマティクス. 28 (7): 1035–7 . doi :10.1093/bioinformatics/bts080. PMC 3315718. PMID 22332238 .
- ^ "bioruby/bioruby". BioRubyプロジェクト. 2021年5月15日. 2021年5月25日閲覧。
- ^ ab "BioRuby". bioruby.org . 2021年5月25日閲覧。
- ^ 「IPA 情報処理推進機構：IPA：未踏IT人材育成事業（未踏事業）」.
- ^ 「[BioRuby] BioRuby 1.0.0 リリース」 2006年2月27日. 2014年9月10日閲覧。
- ^ “bioruby/documents”. GitHub . 2021年5月25日閲覧。
- ^ “RubyGems.org | コミュニティのGemホスト”. rubygems.org . 2021年5月25日閲覧。
- ^ “biogems.info - バイオインフォマティクスのための宝石”. biogems.info . 2021年5月25日閲覧。
- ^ 「プラグイン - BioRuby」。
外部リンク
- 公式サイト
