バイオノミア

バイオノミア
利用可能な言語英語
URLbionomia.net
商用いいえ
発売2018年8月
現在の状況アクティブ

Bionomia（旧称Bloodhound Tracker [ 1 ]）は、標本収集者および標本データを決定する分類学者の名前の文字列を、標本を収集または識別した特定の人物に割り当てることを可能にするデータベースおよびデータベース入力ツールです。人物が生存している場合はORCID IDを介して、死亡している場合はWikidata識別子を介して行われます。これにより、2人以上の収集者が類似した名前を持っている場合、または1人の収集者が2つの名前で活動している場合、または1つの名前が2つ以上の方法で表記されている場合の曖昧さを解決します。Bionomiaに関連付けられ、Bionomiaで使用される標本データは、集約されたGBIFデータです。[ 2 ]

標本データに貢献するこのメカニズムは、パリの国立自然史博物館（MNHN） が2019年3月に開始したプロジェクト[ 3 ]から生まれたもので、 [ 4 ] 、「自然史コレクションの世界的な重要性は、深刻な資金不足や過小評価のために危機に瀕している。この明らかな無視の要因は、標本の収集と識別、維持、ラベルのデジタル化、データの活用、そして利害関係者によって誤りや脱落が特定された際にこれらのデータを強化するために必要な専門知識の幅と深さを定量化して示す専門家の報酬システムの欠如である。」[ 5 ]また、世界中のコレクションで標本を識別する分類学者の重要な仕事が認識されていないという事実も、このメカニズムの失敗を組織と分類学者の両方が認識していないことの原因となっている。[ 6 ] 2018年8月、BionomiaはEbbe Nielsen Challenge への応募作品として（Bloodhound Trackerという名前で）発売されました。[ 7 ]

バイオノミアの背景、根拠、目的を説明する他の論文は以下の通りである: [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]

Bionomiaにおける主要なタスクは、標本の種を同定した様々な収集家や分類学者の名前の文字列を、固有の人物へと解決することです。これが完了すると、GBIFダウンロードに含まれる植物および動物標本の記録（DOIによって永続的に参照されます）と、それらから派生した論文[ 12 ]がBionomiaの人物プロファイルにリンクされます。これにより、植物研究の基礎となる分類学的研究は、所蔵機関、分類学者、リンク機関、分類学者、そして生み出された科学研究の両方に遡って追跡できるようになります。

したがって、Bionomia は分類学者の貢献を定量化することで、標本数だけでなく科学論文の数でも分類学者の仕事をカウントできるようにしています。

貢献

Bionomiaでコレクション／識別データを帰属させ、収集者／識別者のプロフィールデータを閲覧するには、ORCID ID（できれば公開）を使用してBionomiaサイトにログオンする必要があります

コレクタープロフィールはデフォルトで非公開です。つまり、GBIFが収集した標本データに貢献した生存者のプロフィールは、特定のコレクター／識別者がプロフィールを公開するまで閲覧できません。非公開プロフィールとは、コレクターのデータが他者から閲覧または検証できないことを意味します。（ただし、標本をその個人に帰属させることは可能です。）

プロファイルの「ヘルプ／属性」をクリックすると、人物名の一部を構成する文字列を含むGBIF標本レコードが表示されます。収集者／識別子の文字列、日付、収集機関、国名から、標本がその人物に帰属することが明らかな場合もあります。しかし、多くの場合、標本について転写されたすべてのデータを調べる必要があり、また、標本自体の比較的高解像度の写真と、長年にわたるすべての注釈が存在する場合もあります。これにより、標本が人物によって収集されたものであるかどうかの判断が可能になります。標本を調べているときは、GBIFデータベース自体にアクセスしており、エラーに気付いた場合は、データを提供した機関のキュレーターにメールで問題を報告することができます。

例

生きている人々

例えば、ケビン・ティールのBionomiaでのプロフィール[ 13 ]には、彼が少なくとも12カ国から約11,291の植物標本を識別（同定）し、少なくとも4カ国から約4,797の標本を収集し、これらの標本（識別または収集）のうち21が10の発表論文で使用されていること、そして2020年6月5日時点で、彼によって収集または識別された可能性のある、あるいはそうでない標本がさらに6%残っていることが示されている。「Specialities」タブ[ 14 ]をクリックすると、彼が542のMyrtaceae標本と459のPoaceae標本を収集し、3829のDilleniaceae標本と2916のRhamnaceae標本を識別していることがわかる。「Deposited At」タブ[ 15 ]を見ると、彼が収集した標本は22の機関に分散していることがわかる。

シェリー・ジェームズのプロフィール[ 16 ]によると、彼女は少なくとも20カ国から2836の植物標本を特定し、5カ国から3522を収集し、彼女が特定または収集した標本のうち4457が33の科学論文で使用されていることが示されている。一方、スティリアノス・チャツィマノリス（甲虫分類学者）は、少なくとも38カ国から31,493の標本を特定し、少なくとも15カ国から33,667の標本を収集し、そのうち6つが3つの科学論文で使用されている。[ 17 ]

初期の収集家

西オーストラリアの先駆者であるメアリー・アン・マクハードは、フェルディナント・フォン・ミュラーのために標本を収集しました（彼女のプロフィールも公開されています）[ 18 ]。彼女は少なくとも2072点の現存する標本を収集したと見られており、これらの標本は現在も科学的知識に貢献しており、そのうち12点は科学論文に寄稿されています[ 19 ]

1856年から1862年にかけてオーストラリアで収集活動を行ったヘルマン・ベックラー[ 20 ]は、自身が収集した標本を3179点現存しており、その一部は米国で収集されたとされている（出典：GBIF）（これは、標本のデータベース化における転写や解釈の誤りに気づき、修正できるという点で、このプロジェクト/ウェブサイトの威力を示している）。彼の標本のうち8点は、4つの科学出版物で使用されている。[ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]

参考文献

  1. ^ショートハウス、デイビッド・P.（2020年6月15日）「A Rebrand」 Bionomia.net 。 2020年6月19日閲覧
  2. ^ 「GBIFネットワーク」www.gbif.org . 2020年6月4日閲覧。
  3. ^ “DataPOC MHNH: 自然科学の研究者向けの探検家レ・リシェス・デ・ドネの製品をすべて注ぐことはできません” . datapoc.mnhn.fr 。2020 年6 月 4 日に取得。
  4. ^ Besombes, C.; Chagnoux, S.; Illien, G. (2019年6月18日). 「コレクションの人々：相互運用性の促進者？」生物多様性情報科学と標準3 e35268 . doi : 10.3897/biss.3.35268 . ISSN 2535-0897 . 
  5. ^ Shorthouse, DP 「Bionomia: Rationale」 . bionomia.net . 2020年6月4日閲覧。
  6. ^ McDade, LA; Maddison, DR; Guralnick, R.; Piwowar, HA; Jameson, ML; Helgen, KM; Herendeen, PS; Hill, A.; Vis, ML (2011). 「生物学には専門職の生産性のための現代的な評価システムが必要」 . BioScience . 61 (8): 619– 625. doi : 10.1525/bio.2011.61.8.8 . ISSN 1525-3244 . 
  7. ^ Shorthouse, David P. 「History」 . bionomia.net . 2020年6月18日閲覧。
  8. ^ Vos, R.; Biserkov, J.; Balech, B.; Beard, N.; Blissett, M.; Brenninkmeijer, C.; van Dooren, T.; Eades, D.; Gosline, G.; Groom, Q.; Hamann, T. (2014年6月16日). 「リソースおよびサービスとしての強化された生物多様性データ」 . Biodiversity Data Journal . 2 (2) e1125. doi : 10.3897/BDJ.2.e1125 . ISSN 1314-2828 . PMC 4092319. PMID 25057255 .   
  9. ^ Groom, Q.; Besombes, C.; Brown, J.; Chagnoux, S.; Georgiev, T.; Kearney, N.; Marcer, A.; Nicolson, N.; Page, R.; Phillips, S.; Rainer, H. (2019年6月13日). 「コレクションにおける人名典拠管理の進歩」 .生物多様性情報科学および標準. 3 e35074. doi : 10.3897/biss.3.35074 . ISSN 2535-0897 . 
  10. ^ Shorthouse, D.; Page, R. (2019年8月8日). 「自然史コレクションにおける人的ネットワークを通じた機関のリーチの定量化」 .生物多様性情報科学と標準. 3 e35243. doi : 10.3897/biss.3.35243 . ISSN 2535-0897 . 
  11. ^ Page, R. (2019年6月13日). 「Wikidataと生物多様性ナレッジグラフ」 .生物多様性情報科学と標準. 3 e34742. doi : 10.3897/biss.3.34742 . ISSN 2535-0897 . 
  12. ^ 「GBIF: リソース（文献）」www.gbif.org . 2020年6月8日閲覧。
  13. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「Kevin Thiele」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  14. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「Kevin Thiele: Specialties」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  15. ^ Shorthouse, DP 「Kevin Thiele: Deposited At」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  16. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「Shelley James」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  17. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「Stylianos Chatzimanolis」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  18. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「メアリー・アン・マクハード」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  19. ^ Li, M.; He, J.; Zhao, Z.; Lyu, R.; Yao, M.; Cheng, J.; Xie, L. (2020年3月9日). 「気候変動下におけるクレマチス属Fruticella属の分布予測モデルは、最終氷期極大期における分布拡大を明らかにする」 . PeerJ . 8 e8729. doi : 10.7717/peerj.8729 . ISSN 2167-8359 . PMC 7067196. PMID 32195054 .   
  20. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「ヘルマン・ベックラー」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
  21. ^ Shorthouse, DP (2020年6月5日). 「Hermann Beckler: Citations」 . bionomia.net . 2020年6月5日閲覧。
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  23. ^ Li, M.; He, J.; Zhao, Z.; Lyu, R.; Yao, M.; Cheng, J.; Xie, L. (2020年3月9日). 「気候変動下におけるクレマチス属Fruticella属の分布予測モデルは、最終氷期極大期における分布拡大を明らかにする」 . PeerJ . 8 e8729. doi : 10.7717/peerj.8729 . ISSN 2167-8359 . PMC 7067196. PMID 32195054 .   
  24. ^ Ringelberg, JJ; Zimmermann, NE; Weeks, A.; Lavin, M.; Hughes, CE (2020). Moles, A. (編). 「進化の舞台としてのバイオーム：大陸横断多肉植物バイオームにおける収束と保守性」 .地球生態学と生物地理学. 29 (7): 1100– 1113. Bibcode : 2020GloEB..29.1100R . doi : 10.1111/geb.13089 . hdl : 20.500.11850/419357 . ISSN 1466-822X . 
  25. ^ Karger, DN; Kessler, M.; Conrad, O.; Weigelt, P.; Kreft, H.; König, C.; Zimmermann, NE (2019). Grytnes, J.-A. (編). 「島嶼部の樹木限界線が低い理由 ― 気候と生物地理学的影響がその答えを握っている」 .地球生態学と生物地理学. 28 (6): 839– 850. Bibcode : 2019GloEB..28..839K . doi : 10.1111/geb.12897 . ISSN 1466-822X . S2CID 91900199 .  
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