バイオサイトマップは、生物医学研究機関や組織が、情報技術システムやネットワークを通じて生物学的情報がどのように分布しているかを示すための手段です。この情報は、他の組織や研究者と共有することができます。
バイオサイトマップは、ウェブブラウザ、クローラー、ロボットが容易に情報にアクセスし、処理して他のシステム、メディア、計算フォーマットで利用できるようにします。バイオサイトマップのプロトコルは、バイオサイトマップのウェブハーベスターに手がかりを提供し、バイオサイトマップシステムのインターリンク全体にわたってリソースやコンテンツを見つけることを可能にします。つまり、人間や機械のユーザーは、バイオサイトマップシステム全体にわたって、あらゆるトピックに関するあらゆる関連情報にアクセスし、それを自身のシステムに取り込んで統合または分析することができます。
ファイルフレームワーク
情報は通常、biositemap.rdfまたはbiositemap.xmlファイルに保存されます。これらのファイルには、組織が提供または保有するデータ、ソフトウェア、ツール、資料、サービスに関する情報のリストが含まれています。情報はメタフィールドで提示され、biositemapsオンラインエディターなどのサイトを通じてオンラインで作成できます。[1]
この情報はサイトマップとRSSフィードを組み合わせたもので、情報モデル（IM）と生物医学リソースオントロジー（BRO）を用いて作成されています。IMはメタフィールドに格納されるデータの定義を担当し、BROはresource_typeフィールドに格納されるデータの用語を管理します。BROは、他の組織や第三者による検索と検索結果の絞り込みにおける双方向性を支援する上で非常に重要です。
データ形式
バイオサイトマッププロトコル[2]は、生物医学および情報科学データのモデリング、ソフトウェアツール開発、分析に携わる科学者、エンジニア、センター、機関が、最新の計算生物学リソース（データ、ソフトウェアツール、Webサービス）に関する情報を世界に発信することを可能にします。バイオサイトマップのコンセプトは、効率的で自動化されたWebリソースハーベスティング[3]と クローラーフレンドリーなWebサーバー[4]のアイデアに基づいており、サイトマップとRSSフィードの機能を分散型メカニズムに統合することで、計算生物学者と生物情報科学研究者が生物医学リソースに関するメタデータを公開的に発信および取得できるようにします。
これらのサイト、機関、または研究者固有のバイオサイトマップ記述は、 RDF形式でオンラインで公開され、ウェブ検索エンジン、バイオサイトマップおよびオントロジーに特化したウェブアプリケーション、そしてバイオインフォマティクスおよび生物医学研究調査のための最新または新規のリソースの発見に関心を持つその他のアプリケーションによって検索、解析、監視、解釈されます。バイオサイトマップのメカニズムは、生物医学リソースの提供者（研究者または機関）とリソースコンテンツの消費者（研究者、臨床医、報道機関、資金提供機関、教育研究イニシアチブ）を分離します。
バイオサイトマップは、特定の研究グループまたはコンソーシアムの生物医学およびバイオインフォマティクスリソースをリスト化したRDFファイルです。これにより、生物医学リソースの開発者は、それぞれのソフトウェアツール、データベース、またはウェブサービスの機能と使いやすさを記述することができます。[2] [5]
バイオサイトマップは、データ、ツール、およびサービスの配信のための既存の枠組みを補完するものであり、置き換えるものではありません。バイオサイトマップを使用しても、リソースが検索インデックスに含まれることを保証するものではなく、ツールのランキングやコミュニティによる認識に影響を与えるものでもありません。バイオサイトマップ・プロトコルは、すべてのバイオサイトマップ・ウェブハーベスターに対し、様々なサイトにおける生物医学リソースの存在と内容を示す手がかり、情報、および指示を提供することを目的として機能します。
バイオサイトマップ情報モデル
バイオサイトマッププロトコルは、生物医学リソースの特性評価に一般的に使用され、必要な 特定のプロパティ[6]を含む拡張可能な情報モデルに依存しています
- 名称
- 説明
- URL
- 開発段階
- 組織
- リソースオントロジーラベル
- キーワード
- ライセンス
情報モデルに関する最新のドキュメントは、Biositemapsウェブサイトで入手できます
参照
参考文献
- ^ Biositemapsオンラインエディター 2010年7月30日アーカイブ、Wayback Machine
- ^ ab Dinov ID, Rubin D, Lorensen W, et al. (2008). 「iTools：計算生物学リソースの分類、カテゴリー化、統合のためのフレームワーク」. PLOS ONE . 3 (5) e2265. Bibcode :2008PLoSO...3.2265D. doi : 10.1371/journal.pone.0002265 . PMC 2386255. PMID 18509477 .
- ^ ML Nelson、JA Smith、del Campo、H. Van de Sompel、X. Liu (2006). 「効率的で自動化されたWebリソース収集」(PDF) . WIDM'06 .
- ^ Brandman O; Cho J; Garcia-Molina H ; Shivakumar N (2000). 「クローラーフレンドリーなWebサーバー」. ACM SIGMETRICSパフォーマンス評価レビュー. 28 (2): 9– 14. CiteSeerX 10.1.1.34.7957 . doi :10.1145/362883.362894. S2CID 5732912.
- ^ Cannata N, Merelli E, Altman RB (2005年12月). 「バイオインフォマティクス・リソースオーガナイズの時間」. PLOS Comput. Biol . 1 (7) e76. Bibcode :2005PLSCB...1...76C. doi : 10.1371/journal.pcbi.0010076 . PMC 1323464. PMID 16738704 .
- ^ Chen YB, Chattopadhyay A, Bergen P, Gadd C, Tannery N (2007年1月). 「ピッツバーグ大学健康科学図書館システムのオンラインバイオインフォマティクスリソースコレクション—オンラインバイオインフォマティクスデータベースとソフトウェアツールへのワンストップゲートウェイ」. Nucleic Acids Res . 35 (データベース号): D780–5. doi :10.1093/nar/gkl781. PMC 1669712. PMID 17108360 .
外部リンク
- 公式ウェブサイト
- 生物医学リソースオントロジー
- バイオサイトマップオンラインエディター
